Он решительно отказался воспользоваться помощью врачей и сказал, что хочет отдать себя в руки Божии и Пресвятой Богородицы. Через четыре часа он почувствовал облегчение, поднялся и вкусил немного хлеба. Но избиение не прошло бесследно: подвижник навсегда остался сгорбленным и мог ходить, опираясь на посох.
Через пять месяцев старец вернулся в свою отшельническую келью. Прощаясь с игуменом, он просил, чтобы преступников не наказывали, иначе он навсегда покинет Саров.
Спустя год умер игумен монастыря. Братия просили преподобного Серафима принять игуменство. Но преподобный отклонил это избрание и наложил на себя новый аскетический подвиг — молчание.
Три года жил старец в совершенном молчании. Он ни с кем не говорил, даже с монахом, приносившим ему хлеб. Когда в лесу кто-нибудь к нему приближался, он падал ниц на землю.
Молчание, однако, было только ступенью к еще более высокому аскетическому подвигу. Вечером 8 мая 1810 года Серафим снова появился в обители и стоял за вечерним богослужением. На другой день — это был день святителя Николая Чудотворца — старец пришел к ранней литургии, причастился святых Христовых Тайн и получил благословение игумена. После этого он вернулся в свою монастырскую келью и там затворился. Так начал Серафим новый аскетический подвиг — затворничество.
Сперва он спал только в сидячем положении на деревянном полене. Позже — в сделанном своими руками гробе, который постоянно должен был напоминать ему о смерти. Тело его, как и прежде, было отягощено веригами; для того чтобы больше себя утомить, он перетаскивал дрова с одной стороны кельи на другую. Стоя или на коленях преподобный молился умом в сердце; часто читал он вслух Священное Писание: каждый день по евангелисту, апостольское Послание и Деяния святых апостолов. По воскресным и праздничным дням он причащался святых Христовых Тайн, которые ему по благословению игумена подавались через окошечко в двери после ранней литургии. Он никого не принимал. Когда епархиальный архиерей, обозревая Саровскую обитель, пришел к его келье, двери ее остались закрытыми и для него.
Пятнадцать с половиной лет продолжалось его затворничество, закончившееся 25 ноября 1825 года. Затем началось служение миру — старчество.
Внешний мир снова пришел с ним в соприкосновение; теперь старец принимал всех посетителей с равной любовью и вниманием. Бедный или богатый, крестьянин или дворянин, мужчина или женщина, приходившие к нему, — все бывали приняты с одинаковой приветливостью. Целыми днями беседуя с людьми, старец творил непрестанную умную молитву и тому же учил и посетителей: «В этом да будет все твое внимание и обучение: ходя и сидя и в церкви до богослужения стоя, входя и исходя, сие непрестанно держи в устах и в сердце твоем. С призыванием таким образом имени Божия ты найдешь покой и вселится в тебя Святой Дух».
Часто после беседы старец полагал свою епитрахиль на голову посетителя, произносил разрешительную молитву и помазывал крестообразно его лоб маслом из постоянно горящей лампады пред келейной иконой Божией Матери «Умиление», затем давал испить святой воды, целовал его на прощанье со словами: «Христос воскресе, радость моя!»
Особо заботился старец об устроении Дивеевской обители, попечение о которой вручила ему при своей кончине основательница обители Агафия Симеоновна Мельгунова, в монашестве Александра. Преподобный говорил, что все в Дивеево он делает только по указанию Божией Матери.
Последние восемь лет жизни преподобного Серафима, когда он старчествовал, были одним смиренным делом любви.