Число погибших иранских воинов (по греческим данным) составило 6400 человек. Афиняне потеряли 192 воина.
Такое кажущееся несоответствие в количестве убитых в двух противоборствующих армиях неудивительно. Следует учитывать, что греческая тяжелая пехота была облачена в защитные доспехи. В этом случае трудно нанести воинам тяжелый урон копьями и мечами, если только их строй не будет опрокинут[13].
Афиняне похоронили своих павших прямо на поле битвы. Это противоречило тогдашним обычаям, согласно которым кости погибших за родину ежегодно хоронили в общем склепе под названием Керамикус. Но на этот раз было решено воздать погибшим при Марафоне особые почести, так как их заслуги превосходили заслуги всех воинов, погибших за Афины в прежние времена. На Марафонской равнине был насыпан холм Сорос, под которым были погребены останки всех воинов Афин, погибших в сражении. Там же, на видном месте поставили десять колонн, символизировавших каждую из афинских фил, чьи представители приняли участие в битве. (В основу государственной организации Афин был положен территориальный принцип. Не народ подвергался делению, а территория. Вся Аттика была разделена на 100 участков (демов). Каждые 10 участков составляли филу («племя», но никакого отношения к родоплеменному или клановому делению это не имело). – Ред.) На каждой из колонн были выбиты имена тех, кто прославил себя, погибнув в великой битве за свободу. В течение шестисот лет после битвы должны были зачитываться выгравированные на колоннах имена[14].
Колонны давно исчезли, но холм Сорос до сих пор возвышается над местностью, повествуя о великом подвиге воинов Античности.
Отдельный курган был воздвигнут для погибших воинов Платей, для представителей других полисов, а также рабов, принимавших участие в битве в качестве легких пехотинцев[15].
Отдельный склеп был сооружен как место захоронения великого полководца, благодаря гению которого была достигнута победа. Мильтиад ненадолго пережил победу при Марафоне, однако он успел испытать оборотную сторону той славы и фортуны, которая достается героям. Как только иранцы покинули западное побережье Эгейского моря, он предложил Народному собранию Афин снарядить и выделить в свое распоряжение семьдесят триер с соответствующим количеством воинов и снаряжения на борту. Мильтиад не сказал, куда он собирается отплыть, но пообещал всем, что в случае, если он получит требуемое в свое полное распоряжение, он отправится с этим войском в некие земли, где очень много золота, которое легко можно будет захватить. Скорее всего, афиняне предположили, что недавний победитель в битве при Марафоне, служивший когда-то у Дария I, намерен организовать секретную экспедицию против неких богатых незащищенных городов Персидской империи. Корабли и снаряжение были выделены. Они отплыли от побережья Аттики на восток. Никто не догадывался о месте назначения, кроме самого Мильтиада. Только после того, как корабли достигли острова Парос, все узнали об истинной цели похода. Когда-то давно, еще будучи тираном в Херсонесе Фракийском, Мильтиад поссорился с одним из вождей Пароса, который оклеветал его в глазах персидского сатрапа Гидарна. С тех пор жажда мести затаилась в сердце Мильтиада. Теперь для того, чтобы отомстить старому врагу, он атаковал остров под предлогом того, что жители острова помогали Датису, снарядив для персов военную галеру. Жители Пароса сделали вид, что готовы к переговорам о сдаче, но воспользовались полученной отсрочкой для того, чтобы привести в боевую готовность городские укрепления. После этого они оказали афинянам сопротивление, и те начали осаду. После безуспешной осады, по свидетельству Геродота, стороны примирились. Но спустя годы жители острова создали собственную версию тех событий. Согласно легенде, захваченная в плен жрица храма богини земли пообещала Мильтиаду помочь ему захватить город. Поверив ей, афинский полководец ночью в одиночку отправился в заброшенный храм у городских ворот (остается непонятным, с какой целью). Там на него напало чудовище в облике совы; отражая нападение, Мильтиад упал и повредил ногу. Впоследствии оракул запретил наказывать жрицу, совершившую святотатство и предательство, поскольку «было заранее предопределено судьбой, что Мильтиад должен был найти здесь бесславный конец, а жрица была только орудием, которое вело его к этому». Такую версию событий Геродот услышал в Паросе. Установлено, что Мильтиад действительно повредил или сломал ногу в безуспешной осаде города и вернулся домой тяжелобольным. Войско афинян было разбито.
Негодование афинян было столь же бурным, как их энтузиазм и надежды в начале похода. Глава одной из самых влиятельных фил полиса Ксантипп настоял на том, чтобы Мильтиад предстал перед высшим судом города по обвинению в обмане сограждан. Вина полководца была неоспоримой, и суд собирался вынести соответствующий вердикт. Но память о Лемносе и Марафоне и вид поверженного полководца, который мог только лежать перед членами суда, заставил афинян сжалиться. Вместо смерти Мильтиад был приговорен к штрафу в пятьдесят талантов. Штраф уплатил прославившийся впоследствии сын Мильтиада Кимон, а сам полководец вскоре скончался от раны, полученной на острове Парос[16].