В своих записях он отметил: „В первый раз, произведя трансмутацию, я применил порошок проекции ко ртути, превратив примерно полфунта этого металла в чистое серебро более высокого качества, чем то, которое добывают в рудниках… Это произошло в понедельник 17 января 1382 года около полудня. Присутствовала только Пернелла“. Вскоре, судя по его записям, он смог превратить ртуть и в золото. На чем основываются эти выводы, неизвестно… Некоторые исследователи отмечают, что именно в этот период благосостояние семьи Фламель резко возросло. Соседи были заинтригованы, видя, что писарь, хоть и преуспевший, начал расходовать значительные средства на благотворительность. В 1407 г. якобы по его заказу был построен дом, в котором Фламель устроил приют для бедных странников. Правда, ходили сплетни, что в приюте проживали алхимики.
Также пожилые супруги, которые уже не надеялись иметь детей, оказывали помощь вдовам и сиротам, основали больницу, пожертвовали крупную сумму на восстановление портала церкви Сент-Женевьев-дез-Ардан, финансировали создание приюта Тридцати пяти. Алхимические опыты Николя Фламель описал в нескольких книгах, которые издавались с 1395 по 1414 г. Однако никому из его последователей не удалось по приведенным в книгах рецептам воссоздать философский камень.
Умер Фламель в 1417 г. и был похоронен рядом с супругой в мавзолее, который построил для нее.
Правда, некоторые утверждают, что эта смерть была всего лишь ловкой инсценировкой, которая должна была скрыть главную тайну Фламеля — его бессмертие.
После смерти алхимика прошло два века. Исследователи решили вскрыть его могилу и обнаружили… что она пуста. В то же время появились интересные свидетельства людей, которые утверждали, что видели Фламеля и его жену в добром здравии. Так, в XVII в. известный путешественник Поль Люка рассказывал о странном случае, который произошел с ним возле мечети в городе Брусса. Якобы тогда он познакомился с человеком, который назвал сеубя лучшим другом четы Фламелей и сообщил, что видел их три месяца назад в Индии. Также он рассказал, что Фламель инсценировал смерть своей жены, а позже и собственную, бежал в Швейцарию, а оттуда отправился странствовать по миру. Если это утверждение правдиво, но в тот момент возраст Фламеля составлял около 300 лет.
Спустя сто лет священник Сир Морсель заявил, что видел Николаса Фламеля в подземной лаборатории, расположенной в центре Парижа, где он, как оказалось, продолжал свою работу. В 1761 г. несколько свидетелей утверждали, что видели его в парижской опере. На этот раз он был с женой и сыном, которого, по слухам, супругам удалось произвести на свет в Индии. Сохранились записи о том, что в мае 1818 г. некий человек» проживавший на улице Клери, 22, предлагал богатым любителям, готовым заранее выложить 300 тысяч золотых франков, курс герметической науки. По его словам, выпускники курса смогли бы превращать металлы в серебро и золото и изготовить эликсир молодости. Однако загадочный «учитель» исчез, как только его делом заинтересовалась полиция.