Но вскоре потерпевших кораблекрушение ждало новое испытание — их опознали местные жители, не раз подвергавшиеся набегам пирата. Коссу и его друзей схватили и заточили в подвал какого-то дворца. Оказалось, что дворец принадлежит Папе Урбану VI, который вел в то время борьбу с коалицией светских и духовных князей, противников его избрания. Сама судьба привела Коссу в папский дворец. Пират оказался именно тем человеком, который мог быть полезен Папе в борьбе с врагами. Ведь ситуация, сложившаяся в Европе, была очень запутанной. Дело в том, что 7 апреля 1378 г. конклав собрался в Риме в Ватикане, чтобы избрать нового главу католической церкви. До этого более семидесяти лет Папу избирали в Авиньоне, из кардиналов-французов. Однако, согласно церковным законам, новый Папа должен быть избран там, где почил предыдущий. Предшественник Урбана VI, Григорий XI, прибыл из Авиньона в Рим по приглашению Екатерины Сиенской, известной своей святостью женщины. Он не собирался надолго задерживаться в Вечном городе и спешил вернуться в Авиньон, но так и умер, не осуществив своего намерения.
На конклаве в Ватикане среди кардиналов оказалось только четверо итальянцев. Все остальные были французами, стремившимися вернуться в Авиньон. Но перед дворцом, где заседал конклав, собрался почти весь город. Итальянцы требовали назначить Папой римлянина. Чтобы утихомирить народ, кардиналы-французы заключили тайный договор с итальянцами и решили избрать временно на папский престол итальянца, который даже не был кардиналом. Их выбор пал на архиепископа Бари, Бартоломео Приньяно. Он и стал Папой Урбаном VI. Однако скоро кардиналы увидели, что совершили роковую ошибку, избрав понтификом этого человека, пусть даже и временно. Урбан VI оказался властным, строгим церковником, твердым в выполнении своих решений. Он предпочел остаться в Италии, тогда как кардиналы горели желанием вновь увидеть Авиньон. Понимая, что святая коллегия настроена против него, новый Папа удостоил кардинальского звания многих преданных архиепископов, обеспечивая тем самым собственную безопасность.
Противники понтифика наняли гасконские, английские и наваррские войска и послали их против сторонников Урбана VI. По всей Италии началась резня. Восставшие жители Рима убивали всех иностранцев, считая их ставленниками авиньонцев. В то же время французы собрали еще один конклав и избрали угодного им Папу — Роберта Женевского, известного бандита и убийцу, который, будучи еще папским легатом, вырезал все население Чезены. Он принял имя Климент VII.
Так в Европе стало два Папы. Урбана признали в Германии, Анпши, Венгрии, Польше и в большей части государств и княжеств Италии. Климент VII был признан Францией, Шотландией, Неаполитанским королевством, Савойей и Испанией. Веледующем году Папы поочередно предавали друг друга анафеме и старались при любом удобном случае во всеуслышание заявить о грязных и скандальных делах противника.
Разумеется, Косса не остался в стороне. Для Урбана VI он стал настоящей находкой. Бальтазар послужил Папе и словом и шпагой, его ждала блестящая карьера, которой, как оказалось, не смогла помешать даже смерть покровителя. Избранный после Урбана VI Папа Петр Томачелли, принявший имя Бонифация IX, был другом семьи Косса и ровесником Бальтазара. Он немедленно назначил пирата архидиаконом в собор Святого Евстафия, для того чтобы такой бесценный во всех отношениях помощник и советчик был всегда при нем. 27 февраля 1402 г. Папа возвел своего друга в сан кардинала. Даже современники Коссы, привыкшие к, мягко говоря, свободе нравов в Ватикане, пришли в ужас. Секретарь Папы Дитрих фон Ним писал: «Неслыханные, ни с чем не сравнимые „дела“ творил Косса во время своего пребывания в Риме. Здесь было все: разврат, кровосмешение, измены, насилия и другие гнусные виды греха, против которых обращен был когда-то гнев Божий». И далее: «Только в Болонье Коссе удалось совратить более 200 женщин. Он поехал туда по поручению Папы для решения различных вопросов, касающихся Церкви и политики, но не забыл при этом и своих любовных дел. Любовницами его были замужние женщины, вдовы, девушки и монашки, жившие в монастырях. Некоторые из них любили его и добровольно становились его любовницами, но некоторые были грубо изнасилованы прямо в монастырях». В Болонью Косса отправился по поручению Бонифация IX, чтобы разведать политическую обстановку в регионе. Оттуда он уехал в Феррару, где встал во главе армии, и вскоре войско под его предводительством заняло Болонью, Реджо и Парму, которые ранее находились под властью местных феодалов. В это время Косса проявил себя не только как отличный воин, но и как хитроумный политик и превосходный дипломат, ловко плетущий интриги и не выбирающий средства для достижения успеха. В результате его деятельности 25 августа 1403 г. Болонья, Перуджа и Ассизи — самые богатые папские приходы — перешли во владение кардинала Бальтазара Коссы. Во всех военных походах Бальтазара сопровождали его верные друзья-пираты — Ринери Гуинджи и Гуиндаччо. Первый благодаря Коссе получил сан епископа Фано.