В ноябре 1406 г. Коссе стало известно о том, что в Риме скоропостижно скончался Папа Иннокентий VII, преемник Бонифация IX. Ходили слухи, что Иннокентий VII завидует успехам своего легата и требует, чтобы тот передал ему управление Болоньей. Поэтому внезапная смерть Папы навела на мысль, что это дело рук Бальтазара Коссы. Однако, едва узнав о смерти Папы, Бальтазар немедленно отправился в Ватикан.
15 июня 1409 г. 24 кардинала собрались в Пизе, чтобы низложить обоих Пап и вместо них избрать одного, который сможет удержать власть и объединить (силой или хитростью) враждующие лагеря. Как ни странно, большинство кардиналов выдвинули кандидатуру Коссы. Но у кардинала были иные планы, и он, поблагодарив собравшихся за высокую честь, предложил на пост понтифика критянина Петра Филарга, кардинала и профессора Парижского университета, известного своей образованностью и высокими моральными качествами. Конклав согласился, и Петр Филарг взошел на престол святого Петра под именем Александра V
Теперь римско-католическую церковь возглавляли три Папы! Естественно, каждый из них поспешил провозгласить соперников лжепапами и предать их анафеме. Но не у каждого Папы был такой советчик, как Косса. Он щедро обеспечивал Александра V финансами, то есть держал в полной и беспрекословной зависимости. Фактически он и управлял Церковью, прикрываясь именем Александра V. Но 3 мая 1410 г. Папа умер. А уже 17-го вновь собравшийся конклав провозгласил Коссу своим избранником, и через неделю бывший пират и головорез взошел на папский престол под именем Иоанна XXIII. Четыре года прошли вполне благополучно, но затем отношения Иоанна XXIII с неаполитанским королем Владиславом резко ухудшились. В результате Папская область подверглась неожиданному нападению неаполитанской армии, и в ночь на 8 июня 1414 г. Рим был взят штурмом. Папе чудом удалось бежать из захваченного города.
В ноябре 1414 г. в городе Констанц под председательством Папы Иоанна XXIII открылся церковный собор, на котором от понтифика потребовали отречения. Он согласился, но на условиях, при выполнении которых отречение от папского сана становилось сугубо формальным, — вся власть и финансы все равно оставались под контролем Коссы. Тогда конклав объявил о низложении Папы, аргументировав свое решение длиннейшим списком тяжких грехов, совершенных Папой. Иоанн был арестован во Фрейбурге, посажен в тюрьму и там был вынужден отказаться от своего звания. Освободившись, бывший пират совершил хитрый стратегический ход — добровольно явился к новому Папе Мартину V, который назначил его епископом Тускуланским. Эта должность давала Бальтазару власть практически прежнего масштаба. И уже в ноябре 1416 г. конклав прислушался к совету Коссы при избрании нового Папы — Анджело Коррарио, который принял имя Григория XII. Первым протокол об избрании нового понтифика подписал… Бальтазар Косса.
Нового Папу, как, впрочем, и его предшественников, тяготила зависимость от всесильного кардинала. Но выбора не было. Григорий XII во всем советовался с Коссой, оставил его своим легатом в Болонье — то есть передал ему наиболее значительный пост в папском государстве. Косса стал первым из кардиналов. Но со временем Григорий XII стал назначать новых кардиналов и епископов, чтобы ослабить влияние Коссы на высших священнослужителей. Отношения между Папой и кардиналом резко ухудшились, и вскоре Григорий XII предал Бальтазара Коссу анафеме и лишил звания и прав легата. Однако Косса сдаваться не собирался — он объявил себя независимым властелином областей, которыми он ранее управлял от имени Папы, и призвал к объединению под своими знаменами всех представителей церковной и светской власти, недовольных правлением Григория XII. К сожалению, мы практически ничего не знаем о том, как сложилась дальнейшая жизнь этого неординарного человека. Известно только, что он жил в одном из прекрасных дворцов Флоренции и умер 22 декабря 1419 г. На могиле бывшего пирата и Папы воздвигнута величественная часовня — выдающееся произведение Донателло. На могильной плите лежит бронзовая позолоченная маска Коссы, ниже — герб Иоанна XXIII. Надпись на гробнице гласит: «Здесь покоится прах Бальтазара Коссы, бывшего Папы Иоанна XXIII».