Малолетним сыновьям Василия Ивану и Юрию удалось бежать, и они вместе с князьями Ряполовскими укрылись в Муроме. Однако Шемяке удалось обманом выманить их из города и отправить к родителям в Муром.
Злоключения Василия Темного и его семьи вызвали большое сочувствие к нему духовенства, изгнанных Шемякой из Москвы в Литву князей, служилых людей и простых москвичей. К тому же сам Шемяка не пользовался авторитетом среди населения Московского княжества. В результате вновь собранное большое войско разбило отряды Шемяки, и в 17 февраля 1447 года Василий II снова занял свой престол.
К удивлению всех знавших великого князя, теперь это был совсем другой человек. После выпавших на его долю злоключений Василий изменил характер своего княжения.
Пребывая в полном здравии, Василий был самым ничтожным государем, но с тех пор, как он потерял глаза, все его правление стало отличаться твердостью, умом и решительностью.
Усевшись в Москве, слепой великий князь назначил своим соправителем старшего сына Ивана, который с тех пор стал называться, как и отец его, великим князем.
Иван родился 22 января 1440 года и, как мы уже видели, перенес вместе с отцом немало лишений и опасностей. В то время взрослыми считались лишь женатые мужчины, и чтобы закрепить за ним престол, Василий в двенадцать лет женил его на дочери тверского князя Бориса Александровича Марии.
С 1451 года Иван в официальных документах уже именовался великим князем. Именно тогда началась и постепенно расширялась политическая деятельность Ивана. Достигнув совершенного возраста, он вместо слепого родителя еще при жизни его руководил совершавшимися событиями, которые клонились к укреплению Москвы.
Однако не все было так просто. Шемяка, вынужденный дать «проклятую грамоту», в которой клятвенно обещал отказаться от всяких покушений на великое княжение, не смирился.
Духовенство писало Шемяке увещательную грамоту, Шемяка не слушал нравоучений, и московское ополчение, напутствуемое благословениями Ионы, двинулось на Шемяку в Галич вместе с молодым великим князем.
Шемяка потерпел поражение и бежал в Новгород, где новгородцы дали ему приют. Галич со своей волостью был вновь присоединен к Москве.
Шемяка продолжал бороться против Василия, взял Устюг, но молодой великий князь Иван Васильевич выгнал его оттуда. Шемяка опять бежал в Новгород.
Митрополит Иона объявил Шемяку отлученным от церкви, запретил есть и пить с ним и обвинил новгородцев в том, что они приняли его к себе.
Но ничто не помогало, новгородцы не думали расставаться с Шемякой, и тот продолжал свою враждебную деятельность против Москвы.
Вот тогда-то в Москве решили убить Шемяку, и одним из инициаторов его убийства выступил будущий государь Иван III. Сложно сказать, насколько это правда, но, по некоторым сведениям, молодой князь сам отправился в Великий Новгород.
Там он сошелся с когда-то обиженным Шемякой и с тех пор ненавидевшего его лютой ненавистью с дьяком Степаном Бородатым.
Прощупав почву и убедившись, что Степан именно тот человек, который ему нужен, Иван откровенно рассказал ему о цели своего приезда. Обрадованный возможностью не только отомстить своему врагу, но и стать помощником в столь деликатном деле будущему правителю Московского княжества, дъяк сразу же согласился.
Теперь оставалось только найти исполнителя. При посредничестве тоже недовольного Шемякой и близкого к нему боярина Ивана Котова заговорщикам удалось подкупить (или запугать) его повара положить ему яд в куриный суп.
Тот подложил, и в 1453 году Шемяка умер от отравления. Его союзник князь Иван Андреевич Можайский, не дожидаясь прибытия московского войска, бежал в Литву. Так было покончено с главным врагом московских великих князей.
Исполненный чувством радости от исполненного долга Иван вернулся домой, и уже тогда многим стало ясно, что будущий великий князь не остановится ни перед чем в достижении своих целей.
И далеко не случайно известный российский историк Костомаров писал о нем: «Это был человек крутого нрава, холодный, рассудительный, с черствым сердцем, властолюбивый, непреклонный в преследовании избранной цели, скрытный, чрезвычайно осторожный; во всех его действиях видна постепенность, даже медлительность; он не отличался ни отвагою, ни храбростью, зато умел превосходно пользоваться обстоятельствами; он никогда не увлекался, зато поступал решительно, когда видел, что дело созрело до того, что успех несомненен.