Эта зависимость, однако, держалась на личной верности Симеона Ивану. В будущем ситуация могла измениться. Симеон имел сыновей, следовательно, существовала возможность учреждения новой тверской княжеской династии, которую нельзя было сбрасывать со счетов.
Для устранения подобной возможности правительство Федора потребовало, чтобы Симеон официально объявил себя подданным царя Федора — в политических терминах Московии его холопом. Не имея никаких политических амбиций, Симеон согласился и начал называть себя так в своих посланиях Федору.
Новый царь Федор, после своей торжественной коронации в Москве 31 мая 1584 года, возвел Бориса Годунова, своего шурина, в чин конюшего. Иван IV в свое время упразднил этот чин, казнив последнего конюшего, но боярские правители восстановили должность, которую издавна занимали представители нескольких знатных фамилий. Это назначение, проведенное вопреки воле Грозного, ввело Годунова в круг правителей государства и расширило его влияние. По его наставлению дума провела ревизию казны и обнаружила столь большие хищения, что боярский суд вынужден был приговорить казначея Головина, имевшего поддержку регентов Мстиславского и Шуйского, к смерти.
Новый царь Федор самостоятельно управлять не мог и нуждался в руководстве. Советниками Федора стали те же влиятельные члены Боярской Думы, которые отвечали за управление в последние годы царствования Ивана IV: боярин Никита Романович Юрьев (дядя Федора), старший член Боярской Думы князь Иван Федорович Мстиславский (троюродный брат Федора) и боярин Борис Федорович Годунов. Близко к этому правящему кругу стояли князья Шуйские.
После отъезда Бельского, в Совете осталось четыре члена. Первое время преобладающую власть сохранял за собой Никита Романович, в этом ему помогали преданность и способность двух его подчиненных, дьяков Щелкаловых, Василия и Андрея.
Однако уже в августе следующего года Никита Романович умер. Именно тогда начала восходить звезда Бориса Годунова, и этим восхождением он был обязан своей сестре.
Царица Ирина была женщина с ясным умом, разумная и решительная. Она нежно любила брата и во всем поддерживала его. Она редко разделяла ложе своего вечно недомогавшего и целомудренного супруга, зато часто она являлась соучастницей его правления или даже заменяла его в исполнении верховной власти. На самом же деле это было уже правление Бориса, с подачи которого действовала его сестра.
Ни опекунам, ни другим знатным боярам это не нравилось. В результате знатные семейства Мстиславских, Воротынских, Головиных и Колычевых попали в опалу.
Обстоятельства, вызвавшие эту опалу, остаются темными. Один летописец упоминает о заговоре на жизнь Бориса, которого собирались убить его на пиру у Ивана Феодоровича Мстиславского.
Так или иначе, но в 1585 году старый вождь московского боярства был заточен в монастырь и вскоре там и скончался. Один из Головиных — Михаил Иванович — отправился в Польшу увеличивать кучку политических «отъездчиков», последователей знаменитого Курбского.
К той же оппозиционной партии принадлежали и Шуйские. В ту пору их пощадили, но через два года они получили свое. Летопись рассказывает о тех происках, к которым они прибегали, чтобы склонить Феодора к разводу с Ириной, потому что она бесплодна.
Усилиям Шуйских помогало и ставшее силой благодаря политике Грозного сословие московских купцов, которые устраивали буйные зрелища перед Грановитой палатой.
Но с помощью братьев Щелкаловых и митрополита Дионисия Борис укротил бурю. И Шуйские, проворно менявшие направление, стали сторониться от своих единомышленников, пытаясь лицемерно примириться с царским любимцем.
«Вы примирились нашими головами!» — крикнул им один возмущенный купец. Этот несчастный исчез в следующую же ночь, но и Шуйские недолго пользовались плодами своей подлой трусости.
Донос подкупленного слуги послужил предлогом к новым и более строгим гонениям. Борис, которому теперь предоставлено было действовать по его усмотрению, будучи более уверен в послушании своего венценосного питомца, не задумался нанести решительный удар.
Знаменитый воин Иван Петрович Шуйский был сослан на Белоозеро, а двоюродный брат его, Андрей Иванович, в Каргополь, и оба они были задушены.
Восемь купцов сложили свои головы на плахе, а сотни их, действительных и подозреваемых сообщников, или были заключены в тюрьмах, или разосланы по разным областям.
Митрополит Дионисий и архиепископ Варлаам — глава важной Крутицкой епархии — тоже рассорились с временщиком и понесли за это кару. Оба священнослужителя были заточены в монастырь.