Марфа призывает новгородцев не падать духом, оставаться твердыми и спокойными: «Вольность и Марфа одно знаменовали в великом граде».
Войско московского князя осадило вольный город. Начался голод, и «в первый раз народ не хотел уже внимать словам ее, не хотел умолкнуть… Враги Посадницы дерзали называть ее жестокою, честолюбивою, бесчеловечною… Она содрогнулась». И вновь битва — и вновь поражение новгородцев. Посадник вместе со знатными горожанами вручает московскому князю ключи от Новгорода. Воевода Холмский отправляется в дом Борецкой и допрашивает Марфу о ее связях с Литвою и Казимиром.
Заключенная в своем доме под стражу, Марфа с горестью говорит о неблагодарном народе, который еще недавно «славил Марфу и вольность», а теперь приветствует «государя всея России и Великого Новаграда». Марфа готова к смерти по примеру доблестных древних героев. «Князь московский считает меня достойною погибнуть вместе с вольностию новогородскою!» — восклицает она.
Ночью на Ярославовом дворище был воздвигнут эшафот. Московские воины стояли рядами, воеводы сидели на конях перед своими дружинами. Наконец растворились ворота дома Борецких, и оттуда вышла Марфа «в златой одежде и в белом покрывале.
Старец Феодосий несет образ перед нею. Бледная, но твердая Ксения ведет ее за руку». Марфа сорвала покрывало с головы и громко сказала: «Подданные Иоанна! Умираю гражданкою новогородскою!»
Казнь совершилась, труп Марфы прикрыли черным покрывалом. Ксения упала рядом замертво. Холмский прочитал послание Иоанна, где тот обещал Новгороду «благоустройство, правосудие и безопасность» как «три столпа гражданского счастия». Перед казнью «народ и воины соблюдали мертвое безмолвие». После казни и чтения Холмского, как пишет Карамзин, «народ еще безмолвствовал» (видимо, от Карамзина эти слова перешли к Пушкину в его трагедию «Борис Годунов»), пока «граждане наконец воскликнули: „Слава государю российскому!“» Старец Феодосий один похоронил тела Марфы и Ксении на берегу Ильменя-озера. Так кончается повесть Карамзина.
В действительности Марфа Борецкая не была казнена перед своими согражданами, а увезена в Москву, и потом ее следы навсегда затерялись.
У Карамзина в повести Марфа говорит, что «только слабые, хладные следы бытия моего останутся в преданиях суетного любопытства». С горечью можно признать, что образ знаменитой новгородской мятежницы так вытравлялся из памяти потомков, так поносился московскими книжниками, что даже «слабых следов бытия» Марфы-Посадницы до наших дней не уцелело. Вот уже полтысячи лет историки стремятся доказать, что Иван III был прав, присоединяя Новгород к Москве и, следовательно, Марфа Борецкая действовала антиисторически, а поэтому мы должны осудить ее. Однако пришло время быть нам свободнее в своих взглядах и оценках и, не подвергая сомнению необходимость объединительной политики Ивана III, воздать должное характеру и самобытной личности Марфы Борецкой, стремившейся отстоять независимость Новгородской Республики. Нет сомнения, что это была женщина героическая.
Когда Карамзин напечатал свою повесть, более 200 лет назад, на него немедленно был написан донос: «Какой республиканский дух и какая пустая выдумка, имеющая целью только воспалять духом республиканским». Слово «республиканская» было прочно приклеено к образу Марфы-Посадницы. Тема существования Новгородской Республики, пусть и с засильем боярской аристократической партии в последние десятилетия ее существования, тема борьбы вольного города за свои права стала особенно важной и ценной для декабристов.
Карамзин писал: «Я не верю той любви к отечеству, которая презирает его летописи или не занимается ими; надобно знать, что любить; а чтобы знать настоящее, должно иметь сведения о прошедшем». Декабристы преклонялись в русской истории перед «шестисотлетним», как они считали, существованием республиканского, а не монархического правления на Русской земле. В этом они видели залог возможного будущего устройства русской жизни. Тема Новгорода, его вольностей, наконец образ Марфы-Посадницы проходит через творчество многих декабристов. Рылеев посвятил ей думу, оставшуюся, правда, неоконченной. В этой думе Марфа «детей, свободу и свое имение — все родине в жертву принесла».
Декабрист Владимир Раевский, посаженный в крепость, вспоминает великие новгородские имена — Вадима и Марфу-Посадницу — «бессмертные имена». Поэт-декабрист Александр Одоевский создал «новгородский» цикл, где в стихотворении «Зосима» рассказал о пире у Марфы-Посадницы и видении старца, когда ему померещилось, что шестеро бояр за столом Борецкой были без голов. Все они были казнены Иваном III. Марфа на этом пиру пророчествует: