В «Диалогах» итальянский мыслитель рассказывает о следующем эпизоде. Когда Ванини и Джиноккио покидали Страсбург, они заметили ворона, летавшего над кораблем. Джиноккио захотел остаться, но Ванини настоял на отплытии. Путешествие закончилось благополучно. Заканчивая рассказ об этом эпизоде, Ванини замечает: «мне помогает разум и то, что я строю свою жизнь по законам природы, поэтому истинные философы не ропщут на меня, но многие люди — осуждают» 45. Он вспоминает в «Диалогах», что видел в Германии человека, который слушал службу в особой часовне из-за боязни заразиться какой-нибудь болезнью при посещении церкви. Этот пример Ванини приводит, когда говорит о вреде сборищ во время церковной службы.
Посетив Страсбург, Кельн и другие немецкие города, молодые итальянские философы направились в Прагу. В Праге существовал национальный университет, основанный еще во времена гуситских войн. Это была единственная славянская страна, которую посетил Ванини.
Давно уже было подавлено движение гуситов. Чехия утратила свою независимость и попала под иго Австрии; началась католическая реакция, иезуиты взяли контроль над образованием в свои руки. Страной правил Матвей— ярый католик, поддерживавший мероприятия пражского архиепископа Логелия, направленные на борьбу с протестантами. Несмотря на разгул католической реакции в Чехии, научная мысль там стояла на высоком уровне. Чехия была в это время страной выдающихся ученых: астрономов, математиков, биологов. В годы пребывания в Чехии Ванини и Джиноккио там работал прославленный биолог Адам Залужанский, продолжала свою деятельность «Община чешских братьев» — хранительница революционных традиций чешского народа. Ванини проводит несколько диспутов с представителями умеренного анабаптистского направления — мемнонитами 46. В Италии сильней был радикальный анабаптизм, с которым, безусловно, был знаком Ванини.
Описывая свои богословско-философские диспуты в различных городах Европы, Ванини, желая оградить свои книги от нападок цензуры, а себя — от преследований инквизиции, нередко вкладывал свои мысли в уста противников по научным спорам. На многочисленных встречах с мемнонитами, как рассказывает сам Ванини, шла речь о том, что христиане спорят между собой о ничтожных предметах, стоимость которых не более стоимости козьей шерсти. Речь шла, очевидно, о догматических спорах между лютеранами и католиками, кальвинистами и анабаптистами и т. д. «Они не имеют никаких прав, — говорит Ванини, — предавать друг друга анафеме» 47. Таким образом, велись дискуссии о веротерпимости и бессодержательности догматических споров. Даже среди такого относительно демократического течения, как анабаптизм, Ванини не мог найти веротерпимости. В споре с одним анабаптистом он высказался весьма двусмысленно по адресу католической церкви, заявив, что «римские католики так же далеки от еретиков, как ложь от истины»48.
Не найдя общего языка с лютеранами Германий и анабаптистами Чехии, Джулио Ванини решает ехать в Нидерланды, страну Тиля Уленшпигеля, где под знаменами кальвинизма и анабаптизма победила буржуазная революция и была основана республика. Здесь, в Голландии, он попадает в крупный хозяйственный и культурный центр Амстердам, а затем посещает Флиссинген, Гент и Брюссель.
Ванини мог воочию убедиться в том, какого процветания достигли Нидерланды в результате буржуазной революции и освобождения от ига католической Испании, хотя обратной стороной медали являлась беспощадная эксплуатация трудового народа. Ванини проводит здесь множество диспутов и получает большую известность как ученый. В своих «Диалогах» он говорит о спорах с атеистами, в действительности вкладывая свои мысли в уста этих атеистов. В то время в Нидерландах была широко распространена книга, доказывавшая, что бог — это при рода. Иезуит Дюран писал, что если это и не была книга самого Ванини, то он ею безусловно воспользовался. Можно полагать, что жизнь в Нидерландах дала Ванини много нового. Многое получили от Ванини и его слушатели — нидерландцы. Как и везде, Ванини не только дискутирует и проповедует, но и продолжает свои научные изыскания. Собрав большой фактический материал, он приходит к выводу, что излечение человеческого организма зависит не от божественной воли, а от принятия необходимых медицинских мер. Во Флиссингене он видел однажды, как человек, укушенный бешеной собакой, бежит к морской воде, желая излечиться. По этому поводу Ванини саркастически замечает: «бог проявляет свою силу при помощи чудес, которые совершают святые, но я очень боюсь, что это только сказка»49. Такие высказывания, относящиеся к периоду его пребывания в Нидерландах, говорят о том, что Ванини выступал здесь не против атеистов, а против католических легенд.