Из Голландии Ванини едет в Швейцарию — страну реформаторов Цвингли и Кальвина. Многие итальянские мыслители, приверженцы швейцарского реформатора Цвингли и вольнодумцы разных направлений, побывали здесь. Наиболее сильная волна итальянской эмиграции приходится на 40–60 годы XVI в. Студенты и их учителя, монахи-вольнодумцы и образованные городские аристократы, вступившие в конфликт с римским престолом, находили себе приют в таких швейцарских городах, как Женева, Цюрих, Базель, а также в крупных центрах других стран — Лондоне, Страсбурге, Кракове. Там они основывали итальянские землячества, которые нередко существовали дольше, чем религиозные учения. Цюрих был колыбелью реформаторского движения в Швейцарии. В этом движении можно отметить не только цвинглианское направление, но и более радикальное — анабаптистское, близкое значительной части итальянских протестантов. В швейцарских реформаторах итальянцы видели инициаторов борьбы за религиозную свободу. Главой цюрихских реформаторов был Буллингер. Он возглавлял цюрихскую высшую школу, где было хорошо поставлено обучение древним языкам. На его работы сильное влияние оказал Эразм Роттердамский. Гуманистическая направленность трудов цюрихского реформатора привлекала итальянцев, его знали и читали в Италии, особенно в Неаполе, и считали вдохновителем реформационного движения.
Много итальянских эмигрантов жило в Базеле, одном из наиболее популярных университетских центров и прославленном центре книгопечатания. За Базелем сохранялась слава города гуманистов и религиозной веротерпимости.
Однако в течение XVI в. кальвинизм постепенно становится нетерпимым к проявлению передовой мысли. В жизни и обучении начинает господствовать девиз: «Страх божий есть начало всяческой мудрости».
В Женеве в середине XVI в. крупным аристократом-протестантом Галеаццо Караччоли было организовано итальянское землячество. Караччоли бежал из Южной Италии, где он участвовал в движении против испанского ига. Богатые итальянские кальвинисты при поддержке Кальвина организовывали в Женеве сукнодельческие, шелкоткацкие и часовые мануфактуры. Итальянское землячество в Женеве во главе с проповедником Чельзо Мартиненго из Бреши было тесно связано с Италией. В землячестве шла борьба между богатыми владельцами мануфактур и кальвинистской беднотой, возглавлявшейся гуманистом Себастьяпо Кастелио. Он выступал против кальвинистской тирании. Кальвинистские власти с большим подозрением относились к итальянским эмигрантам, недаром они чаще всего оказывались жертвами кальвинистской инквизиции, начавшей свою карательную деятельность в Женеве с 1542 г. Еще за три десятилетия до приезда в Швейцарию Джулио Ванини и его друга Джиноккио, из Женевы вынужден был бежать Джор дано Бруно, отказавшийся принять кальвинистскую религию.
Поэтому итальянские эмигранты начала XVII в. находят убежище не в кальвинистской Швейцарии, а в Англии, Франции, а также таких славянских странах, как Польша и Моравия. И все же Ванини направился в Швейцарию, чтобы лично ознакомиться с тем, как живет и чему учит соседняя с Италией протестантская страна, поднявшая когда-то знамя борьбы против католической реакции.
Религиозная нетерпимость, преследование всякой свободной мысли не могли не привести Ванини к столкновению с кальвинистами Швейцарии. Свое отношение к официальным теологическим учениям Ванини выразил следующими словами: «Когда я обучался теологии, я представлял себе, что некий демон утаил способы помешать продвижению и развитию человека, чтобы затем обмануть его в присутствии всего народа с целью удержать народ в идолопоклонничестве и толкнуть его на гибель»50. Богословие Ванини считал тормозом в развитии человеческой личности. Поэтому в Швейцарии его диспуты проходили в такой накаленной атмосфере, что однажды в Женеве он чуть ли не стал жертвой одного из участников спора.
Из Женевы Джулио Ванини едет во Францию. Это было трудное и опасное путешествие для прогрессивного философа, исколесившего почти всю протестантскую Европу. На каждом шагу его могли подстерегать агенты инквизиции. Во Франции только что отгремела тридцатилетняя гражданская война, проходившая под знаменами гугенотской религии — кальвинизма. В 1598 г. был подписан Нантский эдикт, который установил некоторое равноправие между католическим Парижем и гугенотским Югом и в какой-то степени смягчил религиозные страсти. Теперь от преследования гугенотов католические власти перешли к преследованию атеистов и вольнодумцев. Иезуит Мерсени пугал своих современников тем, что в Европе насчитывается более 60 тысяч атеистов.