Ванини и Джиноккио испытали на себе религиозную нетерпимость и жестокость представителей протестантской веры и открыто заявили, что англиканская вера не лучше католической. В январе 1614 г. они были схвачены и как отступники от веры переданы в руки архиепископа Кентерберийского, которого венецианский посол в Лондоне Антонио Фоскарини характеризовал как человека пылкого и непримиримого в вопросах религии. Архиепископ приказал заключить Ванини и Джиноккио в башню лондонской крепости Тауэр, где они томились в течение 49 дней. Из заключения их поодиночке водили на допрос.
Новые документы, обнаруженные в 1932 г., дают представление о содержании этих допросов. На первом допросе Ванини подтверждал свое твердое решение об отречении «от католицизма, папизма и учений папской курии», а также о том, что он якобы «хочет жить и умереть в англиканской вере». Возможно, последняя фраза носила характер самозащиты от англиканского церковного судилища. На втором допросе Ванини вынужден был пояснить, для чего он прибыл в Англию: он боялся преследований со стороны генерала ордена кармелитов Энея Сильвия, который мог подвергнуть его строжайшему наказанию за резкие выступления в Венеции. Когда Ванини был в Венеции, генерал ордена действительно требовал его возвращения в Неаполь, и английский посол Карлтон тогда еще считал, что Ванини угрожал костер. Причины приезда Ванини в Англию были известны и английским судьям, поэтому целью второго допроса, очевидно, являлось выяснить «скрытые намерения» обвиняемого, которых в действительности у него не было. У Ванини были враги и среди итальянцев, живших в Лондоне, бывших фактически агентами архиепископа Кентерберийского Одним из основных виновников осуждения Ванини и Джиноккио являлся проповедник и настоятель итальянской церкви капуцин фра Фульгенцио (он же Асканис Гаэтано или Асканио Болиано). Определенную роль в осуждении Ванини и Джиноккио сыграл второй их соотечественник, бывший монах Камилло Маркетти.
Материалы третьего допроса дают основания предполагать, что на Ванини и Джиноккио был сделан донос и что автором его был фра Фульгенцио: «Я нашел, — говорится в донесении, — судя как по самим книгам, так и по их собственным речам, что их (Ванини и Джиноккио) главным занятием на протяжении многих месяцев было изучение трудов Аретино и Маккиавелли»64. Этим обвинением доносчик хотел подтвердить вольнодумство и безбожие Ванини и его друга. Ванини держался весьма стойко: обращаясь к этому эпизоду своей жизни, Ванини говорит, что он на себе испытал, чего стоит борьба за идеи, которые он защищал «ценой своей крови».
Обоих друзей присудили к смертной казни. Спасти Ванини и Джиноккио от расправы удалось лишь с помощью друзей, обратившихся к официальным влиятельным лицам. В Лондоне у Ванини был друг и исповедник Джироламо Морави, духовник венецианского посла в Лондоне Фоскари. Последний относился к вопросам религии достаточно индифферентно. Благодаря этому Морави удалось помочь заключенным в крепости Ванини и Джиноккио. В их судьбу вмешался также испанский посол дон Диего Сармиенто де Лупа. О нем ходили слухи как о вольнодумце. Во всяком случае Ванини и его друг были освобождены и покинули Англию. Вместе с иллюзией о свободной жизни на Британских островах была утрачена и мечта о разумной религии и веротерпимости церкви. Друзья стояли перед суровой истиной: от окружавшего их религиозного фанатизма некуда было уйти. Было лишь два выхода из положения: смириться с обстоятельствами, вернуться в лоно католической церкви и служить ей или продолжать борьбу, но уже отбросив юношеские мечты о какой-то стране свободы и счастья.
Ванини вернулся на континент измученный духовно и физически. Папские агенты инквизиции хорошо знали, в каком нелегком положении находится человек, избежавший гибели в английской тюрьме и стоящий у порога католической. Его легче всего можно было сломить и подчинить или уничтожить. Ванини предстояло выбирать между спокойной жизнью католического теолога и костром…