Ванини и Джиноккио расстались. Джиноккио отправился в Италию, а Ванини поехал во Францию, так как он в значительно большей степени, чем его друг, имел основания опасаться инквизиции. В Париже Ванини был вхож к нунцию Роберто Убальдини. Знакомство со знаменитым философом было интересно не только нунцию, но могло принести пользу и католической церкви. Ванини в это время работал над книгой о Тридентском соборе, который проходил под знаменем контрреформации. Убальдини предоставил в его распоряжение всю свою библиотеку, желая повлиять на содержание подготовляемой Ванини книги и одновременно изучить истинные настроения философа. Возможно, что это было прямым заданием инквизиции. Поэтому нет ничего странного в том, что своеобразное покровительство папского нунция еретику завершилось, благодаря секретной рекомендации Убальдини, разрешением опубликовать эту книгу, а ее автору — ехать в Италию. Любопытно, что венецианский посол в Париже Зено характеризовал Убальдини как лицемера.
Ванини избрал Геную, где жили его друзья Джиноккио, Спинола и Дорио. Здесь он продолжал деятельность неутомимого ученого-исследователя и пропагандиста новых идей. В «Амфитеатре» он вспоминает о том времени, когда он «публично преподавал философию в славном городе Генуе». Вокруг него собирались лучшие представители молодежи. Философ интересуется жизнью человеческого организма. Ванини ищет естественные причины, порождающие различные уродства. Он находит их в физических недостатках организма человека, а некоторые объясняет влиянием небесных светил, что, с его точки зрения, тоже является естественной причиной. Уроды, — рассуждает дальше Ванини, — бывают вместе совершенны в других своих проявлениях. Здесь он приводит слова итальянского поэта: «Природа красива своим разнообразием». От причин естественных он переходит к потусторонним, к роли бога, подчеркивая, что в нем надо искать причину появления на свет всех созданий, в том числе и уродов и чудовищ. «Восхваляя» бога, как «замечательного мастера разнообразия», он делает более чем смелый намек, приводя богословский тезис о том, что бог создал человека по своему образу и подобию. Каким же должен быть бог, создающий уродов и чудовищ! Он наблюдает различные явления в области человеческой психики: потерю сознания, эпилепсию и т. д. Если древние приписывали эпилепсию влиянию богов, — говорит Ванини, — то и самые христианнейшие народы приписывают ее влиянию святых, как, например, во Франции — св. Иоанну Предтече. Подобно Гиппократу, Ванини считает, что это — лишь результат невежества 70.
Говоря о причинах, которые приводят человека к потере сознания, Ванини рассказывает о таком случае: «Кармелитский теолог Григорий Спинола рассказывал мне в Генуе, что он упал из открытого окна и после этого в течение целого дня находился без чувств, ничего не видел, хотя его глаза были открыты, и не ощущал боли от раскаленного железа, которое к его коже прикладывали медики». Ванини объясняет это так: Спинола лишился чувств и дара речи из-за того, что его мозговая оболочка была сжата 71.
Такой материалистический, противоречивший богословским нормам характер публичных лекций и отдельных бесед Ванини в Генуе вызвал злобный протест в ортодоксальных католических кругах. Иезуит Дюран говорит, что Ванини основывал свои лекции в Генуе на главных принципах аверроизма, поэтому на него был сделай донос и Ванини вынужден был бежать из Италии.
В 1615 г. Ванини снова появляется во Франции, в Лионе, где он бывал еще до отъезда в Англию. Ванини писал: «Без пользы и несчастливо, в скитаниях и при дворах власть имущих прошла лучшая часть моей жизни» 72.
Однако он никогда не отказывался от борьбы, а искал новые ее методы, новые пути. О людях, подобных Ванини, А. И. Герцен говорил:
«…гонимые, скитальцы из страны в страну, окруженные опасностями, они не зарыли из благоразумного страха истины, о которой были призваны свидетельствовать; они высказывали ее везде; где не могли высказать прямо — одевали ее в маскарадное платье, облекали аллегориями, прятали под условными знаками, прикрывали тонким флером, который для зоркого, для желающего ничего не скрывал, но скрывал от врага: любовь догадливее и проницательнее ненависти. Иногда они это делали, чтоб не испугать робкие души современников; иногда — чтоб не тотчас попасть на костер» 73.