Известность «Диалогов» растет, но в то же время они вызывают все большее подозрение в кругах католических властей. «Диалоги» в значительно большей степени, чем «Амфитеатр», давали право римским церковникам рассматривать их автора как атеиста и богохульника. Двум профессорам Сорбонны было поручено дать свое заключение, и они определили «Диалоги» как книгу «злобную и отвратительную, напечатанную на виду у христиан и к их большому стыду», как книгу, воскрешающую старую безбожную теорию «о трех обманщиках» — Моисее, Христе и Магомете, которым обязаны своим происхождением три мировые религии — иудаизм, христианство и ислам. Доктора Сорбонны вынесли решение о необходимости сожжения «Диалогов» Ванини. Католическая энциклопедия сообщает о том, что 16 июля 1620 г. обе книги Ванини были конфискованы, запрещены для чтения и сожжены «за опасный и отвратительный атеизм».
Из сочинений Ванини сохранилось несколько экземпляров двух последних его книг — «Амфитеатра» и «Диалогов». Кроме этих двух основных философских трактатов, Ванини были написаны еще 12 произведений. Часть из них, очевидно, не была опубликована вообще, а увидевшие свет не сохранились. Не исключено, что к ним приложили руку блюстители католического благочестия из инквизиции. Об этих произведениях кое-где мимоходом говорит сам Ванини, а также его современники, видевшие или даже читавшие их. Среди них были «Философские комментарии», в которых Ванини, в частности, доказывал, что существует единая материя. О своей книге «Физико-магические метаморфозы» Ванини упоминает в «Амфитеатре» и «Диалогах» несколько раз. Она состояла из 38 глав. В ней, между прочим, говорилось о влиянии наследственности, о том, что побочные дети должны быть умнее, красивее и сильнее детей законнорожденных. В «Диалогах» Ванини, продолжая эту мысль, говорит о том, что он хотел бы быть побочным ребенком, чтобы иметь еще более живой темперамент и более острый ум. В этой работе Ванини останавливался на вопросе превращения материи из одного вида в другой. «Обращаясь к превращению материи, — писал он, — я основательно доказал, что человек не может стать ослом, но осел может образоваться из материи человека»89. В этом трактате можно было найти, наряду с античными представлениями о превращении одного организма в другой, саркастические замечания в адрес церковного учения о происхождении человека, попытки осмыслить превращение материи из одного вида в другой.
В трактате «О презрении к славе», о котором Ванини упоминает в своих «Диалогах», он, рассуждая о тщетности славы, критикует богословские вымыслы. Якобы выступая против рассуждений атеистов о том, что Христос искал славы всю жизнь, вплоть до своей казни, он рассеивает ореол безропотного мученичества, созданный вокруг имени основателя христианской религии.
В «Апологии иудейской и христианской веры» развивается та же линия разоблачения церковных легенд. Под видом критики «физиков, астрономов и политиков», критики атеистов Джулио Ванини излагает их положения, направленные против христианских догм и прежде всего против учения о бессмертии души, используя доводы Кардано и Помпонацци. В этом трактате он пытается найти естественные причины для объяснения библейских историй: Моисей, — говорится в трактате, — не мог бы перейти через Красное море со Своими людьми, если это не происходило в период отлива. В «Апологии иудейской и христианской веры», среди различных вопросов, Ванини рассматривает некоторые проблемы психологии: например, о «влиянии воображаемых предметов на кровь и душу», т. е. на физическое и психическое состояние человека. Среди его рассуждений находим следующее: «атеизм — это насмешка над основателями религии, а также над правителями и их чудесами». И тут же Ванини замечает: «.. философы говорят много вещей, в которые они не верят» 90. Таким образом «Апология» и «Диалоги» сходны по методу изложения: Ванини объявляет, что его «Апология иудейской и христианской веры» направлена против атеистов91. В действительности же она является атеистическим трактатом. Иезуит Дюран говорит об «Апологии»: «Безусловно, в нем все делается для того, чтобы использовать лишний случай высказать против христианской веры все, что он знает». В этом трактате Ванини уже прибегает иногда к эзоповскому языку, в полной мере использованному при написании «Амфитеатра» и «Диалогов». Не случайно он обращается к этому своему произведению на многих страницах обеих сохранившихся книг.