В 1617 г. Джулио Ванини бежит из Парижа в знакомый уже ему город. Тулуза была в прошлом столицей отдельного графства Связанное со Средиземным морем на юго-востоке и через Гаронну с Атлантическим океаном на северо-западе, это графство было одной из наиболее развитых в экономическом и культурном отношениях областей Франции. Еще в XIII в Тулузское графство было охвачено антикатолическим движением катаров, получившим здесь по имени города Альби название альбигойской ереси Армия французских феодалов и католических монахов огнем и мечом расправилась с этим движением, присоединив Тулузское графство к Французскому королевству Еще в XIII в в целях борьбы за «чистоту» католического учения в Тулузе был организован университет, который скоро стал знаменитым и привлекал видных профессоров разных европейских стран. Тогда же здесь начала действовать инквизиция, боровшаяся за искоренение вольнодумства.
В университете боролись прогрессивное и реакционное направления. Иногда в нем появлялись такие профессора, как Джордано Бруно, который читал там в течение двух лет в качестве ординарного профессора лекции по философии Однако реакционная часть профессуры и студентов заставила Бруно покинуть университет и город. В высшей школе Тулузы тогда насчитывалось до десяти тысяч студентов, которые принимали участие в управлении университетом и избирали профессоров Университет был своеобразной автономной республикой в городе.
Гражданские войны XVI в. во Франции, борьба гугенотов и католиков обострили борьбу двух лагерей и в Тулузе. Вплоть до 1586 г. в Тулузе действовал закон о веротерпимости Профессора-вольнодумцы могли выступать перед студентами Тулузы, не выполняя никаких церковных обрядов и находясь фактически вне религии. Отмена этого закона католической Лигой привела к осложнению обстановки в Тулузе. Не изменил положения и Нантский эдикт 1598 г., признавший равноправие гyгенотов и католиков; тем не менее после гражданских войн в Тулузе начинается период католической реакции и город становится одним из главных бастионов католицизма на Юге Тулуза находилась под влиянием партии Гизов и испанского двора.
Джулио Ванини стремился уехать как можно дальше от Парижа, где общеевропейский «ученый» центр ортодоксального католицизма — Сорбонна фактически объявила его еретиком. Причины, побудившие Ванини поехать в Гулузу, установить трудно. Скорее всего, он искал хоть относительно спокойное и безопасное место. Но такого места Ванини не мог бы найти ни в одном из уюлков Европы. Имя Джулио Ванини было уже настолько известным, что в Тулузе ему пришлось скрываться под именем Лючилио или Помпео Училио.
Его судья Габриель Грамон писал, что некоторое время Ванини жил скрытно, но затем постепенно завел знакомства. Благодаря своему уму и красноречию он стал воспитателем детей первого президента тулузского парламента Лемазюрье. Можно предположить, что приглашение в дом Лемазюрье было сознательной провокацией со стороны властей. Вскоре он начал также преподавание медицины, философии и теологии широкому кругу тулузской молодежи. По свидетельству Грамона, он «вызывал восхищение молодежи, которая подражала ему и следовала за ним». В примечаниях к книге Грамона, написанных в первой половине XVII в., сказано, что Ванини в Тулузе «выдавал себя за ортодокса, будучи убежденным атеистом». По свидетельству ученого голландца Боррикиуса, Ванини выступал однажды в Тулузе перед небольшой аудиторией наиболее ученых и влиятельных людей города. Грамон говорит, что Ванини продолжал «догматизировать» в Тулузе.
Деятельность Ванини в Тулузе продолжалась лишь несколько месяцев. Летом 1618 г. в Тулузу явился некий молодой дворянин по имени Франкоп (или Франкони), которого иезуит Гарасс называл «знатным и благочестивым». Он примкнул к кружку Ванини, слушал его и, как и другие его ученики, восхищался им. Можно полагать, что направленность речей Ванини не отличалась от теорий и мыслей, изложенных в «Диалогах»: «Он не признавал бога, приписывал все случаю, был совратителем с пути истинного неопытной молодежи, с восхищением называя природу творческим началом и матерью всего существующего» 150. Фрапкон сыграл роковую роль в судьбе Ванини. Восхищаясь блеском ума и глубиной теорий своего учителя, он сблизился с ним, что, возможно, подтолкнуло Ванини на более откровенные высказывания в его присутствии. Дело закончилось тем, что Франкон написал на Ванини донос. Можно предполагать, что Франкон был подослан инквизицией и фактически был ее агентом. Не случайно судья Грамон, рассказывая о деле Ванини, именует доносчика Франкона «благородным, превеликой честности горожанином». Иезуит Гарасе пишет, что Франкон собирался вначале убить Ванини кинжалом, а затем донес па пего. Нет сомнений, что рука Франкона направлялась католическими кругами, решившими так или иначе покончить со смелым и непокорным философом-атеистом. Даже иезуит Дюран пишет, что дело Ванини было спровоцировано и организовано инквизицией и по ее указке проведено тулузским парламентом