После того как Новгород утратил свою независимость в 1478 году, роль руководителя строительства перешла к великому князю Московскому. Самое позднее — в начале XVI века изрядно обветшавшая стена была превращена в земляной вал, который до сих пор удивляет своими размерами. Он был увенчан бревенчатой стеной с крытыми галереями для стрелков и оборудован воротной башней из камней и бревен.
Подобно большинству других древнерусских городов Новгород имел обнесенный стеной внутренний город, кремль. Древнейшее летописное известие об укреплении цитадели относится к 1044 году, но оно является полулегендарным и не было подтверждено. Первые более конкретные сведения относятся к 1331 году, когда стена ремонтировалась со стороны реки. Результаты этой работы можно идентифицировать также археологическим путем. После этого ремонт стены упоминается неоднократно до 1437 года, когда мы узнаем о том, что стена была разрушена.
Свой современный облик и свои современные башни кремль приобрел впервые в 1484–1490 годах, когда московский великий князь Иван Васильевич перестроил всю стену. При современных реставрационных работах цитадель пытаются восстановить в том виде, в каком она была в XVI веке. Эта задача трудна, поскольку почти вся верхушка стены была перестроена при Петре I. Крытые галереи тогда были перестроены в батарейные места, и в башнях были сделаны амбразуры для тяжелых орудий. От романтических башенок XVI века в оригинале осталась лишь пара фрагментов в стене XVIII века.
В XVII веке кремль был обнесен построенным в соответствии с бастионным принципом внутренним поясом из земляных укреплений, а также эспланадой, которая в конце XVIII века выровнялась в парковую зону.
Во время самостоятельности Новгорода кремль, очевидно, не играл сколько-нибудь значительной роли. Конечно, внутри его стен находились Софийский собор и резиденции воеводы и митрополита, но настоящий центр города находился на другой стороне реки на Ярославове дворище. Там жил князь, во всяком случае, со времени Ярослава (978–1054) до государственного переворота 1136 года, когда князь был детронизирован и стал чисто номинальным господином. Там собиралось народное собрание, и там была канцелярия административных органов. Вокруг Ярославова дворища находились патронажные церкви купеческих гильдий с их складскими помещениями, и, кроме того, там были Готский и Любский дворы.
В 988 году великий киевский князь Владимир принял крещение, и уже в 989 году в Новгороде был поставлен первый епископ. Прямых сведений или остатков первых деревянных церквей не сохранилось. Епископская церковь Софийский собор, церковь Премудрости Божьей, была построена в 1045–1052 годах и несомненно похожа на построенный в 1037 году Софийский собор в Киеве, основой которого является крест с высоким куполом над центром креста. Из-за пристроек и изменений церковь много утратила от своего первоначального облика, но все-таки со своим позолоченным куполом, абсидами и приделами все еще является замечательным памятником архитектуры. Тем больше бросается в глаза контраст между ее прискорбным образом лишенным драгоценного убранства интерьером и сверкающим свежепобеленным известью экстерьером. Остатки убранства собраны в небольшом музее в находящейся вблизи Грановитой палате, а из недвижимой отделки сохранились двое всемирно известных врат. Западные врата сделаны в Магдебурге в начале XII века и, вероятно, первоначально находились в Плоцке в Мазурии, а в XIVвеке были привезены ганзейскими купцами в Новгород. 28 квадратных клейм иллюстрируют библейскую историю в литых фигурах, которые являются прекраснейшими из того, что дало романское церковное искусство. Другие врата стоят внутри церкви слева от иконостаса. Согласно традиции эти врата были вывезены в 1187 году из разграбленной Сигтуны. Рамы врат украшены ренессансным орнаментом, но орнамент шести их филенок выглядит как орнамент XI века. Орнамент все же византийский, а не скандинавский.
Возле Софийского собора находится колокольня, построенная в 1436 году по псковскому образцу.
В городе и его ближайших окрестностях находятся 72 церкви и десяток монастырей. Все монастыри пусты, а из церквей действующей является только построенный в 1113 году Никольский собор. Все остальные лишены своего убранства и стоят со своими беленными известкой стенами как пустая яичная скорлупа. Многие наиболее известные новгородские церкви лежат к востоку от города, и большая их часть сегодня в руинах — они разрушены немецкой артиллерией во время последней войны. Линия фронта проходила по окраинам города. Внутри города и на левом берегу Волхова церкви сохранились лучше — вероятно, русская артиллерия получила приказ пощадить церкви.