Лишь в одном исключительном случае вопрос о сохранении советского военного присутствия в странах Балтии стал реальной проблемой - установка радара раннего предупреждения в Скрунде в Латвии. В этом случае Соединенные Штаты, которые были настроены на сотрудничество с Россией по взаимным стратегическим системам раннего предупреждения, а также стремились помочь организовать вывод войск из Прибалтики, помогли принять компромиссное решение, согласно которому Советский Союз мог продолжать эксплуатацию станции в течение четырех лет после вывода своих войск.
В 1992 году большая часть бывших советских вооруженных сил в "ближнем зарубежье" была передана в состав армий новых независимых республик (все, кроме Черноморского флота на Украине, и большинство сил в Беларуси, Казахстане, Кыргызстане и Туркменистане). Остальные были приняты в состав новых российских вооруженных сил, созданных в мае 1992 года (после отказа от планов создания единых вооруженных сил СНГ): силы в Германии и Польше, странах Балтии, Закавказья, Таджикистане и часть сил в других государствах Центральной Азии. Вывод этих сил в 1992-93 годах был завершен в Польше, Литве и Азербайджане и продолжался в Латвии, Эстонии, Армении и Беларуси.
Локальные сепаратистские или гражданские войны развивались в пяти местах: Нагомо-Карабах, армянский анклав в Азербайджане; Южная Осетия в Грузии; Абхазия в Грузии; Приднестровье (Днестровская Республика) в Молдове; и Таджикистан. Ни в одном из этих случаев бывшие советские вооруженные силы не начинали боевых действий, хотя в конечном итоге они стали хотя бы косвенно вовлечены в них. В ситуации с Нагомо-Карабахом и Азербайджан, и Армения получили часть вооружений бывших советских войск, расположенных в этих республиках. В Грузии правительство получило часть оружия из расформированных российских частей, а различные стороны гражданской войны получили часть бывшего советского оружия, в основном путем налетов на гарнизоны. В Южной Осетии по соглашению сторон небольшие совместные российско-грузино-осетинские миротворческие силы эффективно поддерживали перемирие после прекращения огня. В Абхазии абхазы при неофициальной или замаскированной российской помощи (и помощи антироссийски настроенных горных племенных иррегуляров) разгромили грузин в 1993 году. Грузия попросила российскую военную помощь для стабилизации собственной ситуации и согласилась оставить в Грузии около 20 000 российских военных (включая две небольшие дивизии, которые оставались вдоль турецкой границы). В Таджикистане, после первоначального нейтралитета в гражданской войне в Таджикистане, одна дивизия российской армии и пограничники стали ядром миротворческих сил СНГ (вместе с узбекскими, казахскими и киргизскими подразделениями). В Молдове российские части на левом берегу были выведены, часть вооружений передана Молдове, но штаб и одна малочисленная дивизия российской (бывшей советской) 14-й армии остались в отделившейся самопровозглашенной Приднестровской республике и оказывали ей косвенную, а иногда и прямую поддержку. Это был самый вопиющий случай вмешательства во внутренние дела другой страны (при том, что Россия признала Молдову в границах 1991 года, и даже если местный российский командир действовал в основном по своей воле).
Политические интересы России в ближнем зарубежье не привели бы к отправке вооруженных сил за ее пределы, но их присутствие там способствовало если не местной напряженности, то беспокойству. Однако главный интерес России в ближнем зарубежье - не экспансионистский, а приспособление к последствиям внезапного распада Советского Союза и российской империи. Экономические связи остаются, и они даже более важны для других республик, чем для России, хотя это связи взаимозависимости. Внезапно были разорваны связи между людьми, имевшими одну национальную историю, иногда на протяжении многих поколений. Около 25 миллионов россиян живут за пределами Российской Федерации (и большое количество украинцев и других людей также живут за пределами своих республик). Хотя это не дает России права претендовать на территории, где они живут, или права на вмешательство, для нового российского государства, определяющего свою идентичность, естественно желать, чтобы его соотечественники за рубежом не подвергались дискриминации.