Евангелист Марк, несомненно, принадлежит к святым первого ранга, а кроме того, он был гораздо больше связан с этой местностью, чем предыдущий покровитель Венеции — греческий воин Феодор, церковь его имени войдет в более позднюю базилику в качестве одного из приделов. Считалось, что Марк проповедовал Евангелие в Верхней Адрии, где впоследствии и началось строительство Венеции. И вот однажды ему явился ангел и изрек: «Мир тебе, Марк, евангелист мой. Твое тело упокоится здесь». (На латыни это звучало: «Pax tibi, Marce evangeista meus. Hic requescet corpus tuum». Первые пять из этих слов можно прочитать в открытой книге, которую держит знакомый нам лев на Пьяцце.) Под этим предлогом, который, конечно же, отчасти дорабатывали уже впоследствии, в 829 году святое тело евангелиста похитили из Александрии. Похищение оправдывали не только тем, что Египет удерживали в своих руках «неверные» мусульмане, но и тем, что будто бы Венеция открыто и напрямую его не совершала. Дело предоставили, гласит хроника Мартино да Канале, трем предприимчивым венецианским купцам. Они были готовы предложить мусульманам, охранявшим тело, хорошие деньги за то, чтобы просто забрать святого. Однако, по словам Мартино, это было легко сказать, но сложно сделать, потому что «язычники ценили его неимоверно» и скорее порубили бы купцов на куски, чем отдали им тело. Венецианцы придумали оригинальное решение: они положили Святого Марка в корзину, прикрыли капустой и свининой, надели его одежды на другие мощи и снова запечатали могилу.
Ощутив сладчайший аромат, разлившийся от мощей Марка по всему городу, язычники насторожились и обыскали могилу, но успокоились, увидев одежду на теле, которое сочли телом святого Марка. Правда, неугомонные александрийцы все же заподозрили, что венецианцы задумали неладное, и пришли с обыском на корабль. Похитители тем временем прикрепили святого Марка к мачте, между двумя четвертями свиной туши. Увидев свинину, неверные закричали «Hanzirl Hanzirl» — «Свинина! Свинина!» и бежали с судна. Купцы спешно уплыли прочь, и с помощью святого экспедиция вскоре достигла Венеции. (Вот, кстати, первое проявление благосклонности Марка к венецианцам: в минуту опасности он разбудил капитана и сказал, что они вот-вот сядут на мель, если немедленно не спустить паруса.) Примерно ту же историю рассказывают мозаичные изображения, размещенные над одной из дверей главного фасада.
Базилика IX века, пострадавшая, но не разрушенная пожаром 976 года, была немедленно отремонтирована и частично перестроена. Что касается масштабных работ по переустройству, они начались в 1063 году и привели к созданию той церкви, освященной в 1094-м дожем Витале Фальером, какой мы знаем ее сегодня. Работы по реконструкции закончились, и вскоре после освящения чудесным образом вернулось тело святого Марка, которое пропало, очевидно, после того, как его отправили в безопасное место во время пожара 976 года (о возвращении тела повествует фрагмент мозаики 1303 года, расположенный в конце правого трансепта). В новой церкви кирпичные своды пришли на смену деревянной крыше, появился новый притвор и склеп. Святого похоронили в склепе, где его мощи и оставались до 1836 года, пока их не перезахоронили под высоким алтарем.
И снова церковь Святых Апостолов в Константинополе стал основным образцом, и теперь у Венеции доставало и средств, и мастерства, чтобы скопировать оригинал с большей точностью. Правда, в наши дни сравнивать их довольно сложно, поскольку церковь Святых Апостолов была разрушена в XV столетии. Базилика Сан-Марко соединила в себе западные и византийские традиции: на него оказали влияние самые разные аспекты римских и православных обрядов, что проявилось, в первую очередь, во внутреннем убранстве. Мозаика, например, отличается более линейным, повествовательным характером построения и более широким спектром сюжетов, чем это позволяла греческая традиция, а главный алтарь находится не в центре, а на востоке. Архитектор, вероятнее всего, был грек, но работу выполняли и контролировали, похоже, итальянские каменщики, художники по мозаике и другие. У базилики пять куполов полусфер, один в центре и четыре по сторонам, вместе они образуют греческий крест. Сами купола — их видно изнутри церкви — сохранили изначальную форму, но примерно в 1230 году поверх них надстроили еще одни — меньшего размера, покрытые свинцом. Вдохновением для этого нового украшения, должно быть, послужила исламская традиция — скорее всего египетская.