После кончины преподобного Макария 7 сентября 1860 года отец Амвросий переселился в домик вблизи скитской ограды, справа от колокольни. На западной стороне его была сделана пристройка, называемая «хибаркой», сюда к старцу за советом приходили женщины: в скит их не пускали. Более тридцати лет про жил здесь преподобный Амвросий, самоотверженно служа ближним.
Повседневная жизнь преподобного Амвросия начиналась с келейного правила. Он вставал в четыре часа утра, приходили келейники и прочитывали утренние молитвы, двенадцать избранных псалмов и первый час. После непродолжительного отдыха старец слушал часы: третий, шестой с изобразительными и, смотря по дню, канон с акафистом Спасителю или Божией Матери, которые он выслушивал стоя. Вечернее молитвенное правило состояло из малого повечерия, канона Ангелу Хранителю и вечерних молитв.
За советом, и утешением к старцу обращались не только простые люди, но и известные общественные деятели и писатели: Ф.М. Достоевский, В.С. Соловьев, К.Н. Леонтьев, Л.Н. Толстой, М.Н. Погодин, Н.Н. Страхов и другие. Старец принимал всех с одинаковой любовью, благорасположением и сердечной простотой. Чем же так привлекал к себе сердца людей преподобный Амвросий? На нем очевидно для всех почивала благодать Божия. Преподобный Амвросий стяжал дары Святого Духа: старческую рассудительность, евангельскую любовь, прозорливость, дар исцелений. Познав на личном опыте спасительность смирения, старец стремился научить этому и своих духовных детей. Часто он говорил поучения в простой форме поговорок или присказок. Так, на вопрос «Как жить, чтобы спастись?» преподобный давал такие ответы: «Нужно жить нелицемерно и вести себя примерно, тогда дело наше будет верно, а иначе будет скверно» или «Жить – не тужить, никого не осуждать, никому не досаждать, и всем – мое почтение».
Несмотря на множество посетителей и постоянное свое недомогание, старец Амвросий оказывал посильную помощь преподобному Макарию в книгоиздательстве. Но если при преподобном Макарии издавалась только святоотеческая аскетическая литература, то при старце Амвросии стали печататься еще и церковно-исторические труды Оптиной Пустыни.
Особое внимание уделялось жизнеописаниям и творениям оптинских старцев и святых отцов. Изданные книги рассылались по библиотекам монастырей, академиям, семинариям, епархиальным архиереям и раздавались богомольцам. Оценивая издательскую деятельность Оптиной Пустыни, святитель Игнатий (Брянчанинов) писал: «Все русское монашество обязано особенною благодарностью Оптиной Пустыни за издание многих творений святых отцов…»
Особенное попечение старец имел о Шамординской женской обители, устроенной в 1884 году по его благословению недалеко от Оптиной пустыни. В обитель, в отличие от других монастырей, принимали неимущих и больных женщин. Заботами, трудами и молитвами старца Амвросия обитель постоянно росла. Для непосредственного наблюдения за хозяйством преподобный Амвросий приезжал в Шамордино ежегодно. Много внимания уделял старец общине: духовным беседам с сестрами и настоятельницей. Именно здесь суждено было преподобному Амвросию встретить свою кончину.
2 июня 1890 года он, по обыкновению, выехал в Шамординскую обитель на лето. Старец посетил постройки в Руднево, беседовал с настоятельницей о насущных делах, принимал сестер. Пробыв более двух недель, он стал собираться обратно в Оптину. Был назначен и день отъезда, но старец почувствовал такую слабость, что не смог покинуть обитель. Он три раза пытался вернуться в Оптину, но по причине своего нездоровья задержался здесь более чем на год.
К осени 1891 года болезнь так усилилась, что старец потерял слух и голос. 8 октября преподобный Иосиф его пособоровал, а на следующий день причастил. 10 октября 1891 года, в половине двенадцатого, вздохнув и с трудом перекрестившись, старец Амвросий мирно и тихо отошел ко Господу.
15 октября 1891 года тело старца Амвросия было предано земле с юго-восточной стороны Введенского собора рядом с его учителем, преподобным Макарием.
Письма старца Амвросия к духовным чадам – как драгоценное свидетельство духовной мудрости и опытности; появились в печати сразу после смерти старца и неоднократно переиздавались. Они представляют из себя ответы на самые разнообразные вопросы: богословские, нравственные, житейские. Для всех находились необходимые и важные слова, укрепляющие в вере, вновь поднимающие на духовную брань, возвращающие надежду на спасение.