Кажется, автор склонен разделить воззрение Шатаницкого на глубинный смысл истории как на взаимодействие равнозначных начал света и тьмы. Это взаимодействие олицетворено в романе явным противостоянием засланного на землю ангела Дымкова и дьявола Шатаницкого, строящего против человеческого рода свои бесовские козни. Козни дьявола обоснованы изначальным несовершенством природы человека. Этим Леонов выводит осмысление бытия за рамки Православия и тем обесценивает всю свою философско-теологическую мудрость. Православие учит, что первозданная природа человека совершенна, о. Матвей же исповедует скорее католический догмат об изначальном несовершенстве этой природы.
При таком подходе к проблеме у автора как будто правомерен ропот части ангелов, над которыми «самоуправством» Творца оказался вознесённым несовершенный человек. Леонов всерьёз рассматривает такую апокрифическую версию. Смысл истории проявляется в кознях этих возревновавших ангелов (т. е. бесов), вознамерившихся уничижить человека, показать невозможность его вознесения. Сама история, собственно, движется логикой "божественной размолвки, давшей толчок мирозданью. Вне зависимости, произошла ли она из-за противодействия ангелов ближайшего окружения действительно странному намерению Творца навязать себе на шею род людской, или же появление последнего рассматривать как наглядное возмездие отверженному ангельскому клану, в обоих случаях движущим фактором является его ревнивая любовь к Отцу. И не в том ли заключена их коварная деятельность, чтобы мнимым покровительством своим соперникам, потачкой их похоти, лестью их уму низвести в предельное ничтожество, чтобы тот увидел возлюбленных своих в омерзительной ярости самоистребленья, с апофеозом гниющей пирамиды в конце, и ужаснулся бы — ради кого отвергнул одних и кому предпочёл других".
Жизнь человечества и превращается здесь в гнилую пирамиду.
На «небесах» уже как будто является мысль ниспровергнуть человека (об этом идут разговоры между персонажами романа), прекратить его существование. Уже брезжит вопрос: кто заменит человека в иерархии, в пирамиде бытия? Роман пронизан силовыми линиями эсхатологических предчувствий, апокалиптическими образами, иносказательными пророчествами грядущей всеобщей гибели и — полного уничтожения человечества не только в земном, но и во внеземном его существовании.
Дьявол провоцирует человечество на строительство гнилой пирамиды, которая должна развенчать человечество в глазах Творца и по отношению к которой сам Леонов занимает позицию беспощадную, — пирамиду коммунистической доктрины. Наперекор вселенской иерархии люди стремятся выстроить именно эту, собственную свою пирамиду, сооружение не просто бесполезное, но способное лишь усугубить земное зло. Пирамида, сооружаемая людьми, есть их движение "к звёздам", их намерение достичь собственными усилиями предела могущества и счастья.
Пирамида имеет вершину, но за вершиной следует лишь скольжение, а затем и падение вниз. Изначальное состояние рвущегося ввысь человечества (которое автор подробно описывает и характеризует как бездумное и даже безумное), обрекает его именно на падение. "Памятная крутизна подъёма сулила лавинную скорость предстоящего спуска".
В безнравственном обществе падение неизбежно — вот мудрость, выводимая из многих рассуждений о бытии человечества. Ибо при достижении материального прогресса общество начнут раздирать противоречия изначального неравенства между людьми. Такой закон выводит у Леонова Сталин, включённый в систему персонажей романа. Сталин намеревается использовать в своих планах бесовские козни, догадавшись попутно о несовместимости этих планов с христианством. Однако пытаясь осуществить сооружение гигантской пирамиды, Сталин на деле становится лишь подручным дьявола в намерениях опорочить человечество в глазах Творца, ибо начинает воздвигаться именно та самая "гнилая пирамида", которую задумывает возроптавшая часть ангелов.
Однако Бог, хотя и упоминается нередко, но в космологической системе, выстраиваемой в романе Леонова, Его как бы и нет. Он просто не ощущается за всем происходящим. Действуют во всём скорее некие космические силы. Поэтому понятие Промысла Божия в основе воззрений писателя отсутствует, и постановка вопроса о судьбах мира и человека от начала и до конца так и остаётся неправославной.
Правда, можно сказать, что автор не отвечает за несовершенство понятий своих персонажей, но на это есть возражение: все суждения их есть лишь ответвления потока именно авторского осмысления бытия, лишь облечённые в некую условную, порою индивидуализированно чуждую самому автору оболочку.
Можно усмотреть и некоторое противоречие в непрояснённых до конца взглядах писателя. Он остаётся всё же на общегуманистических позициях, хотя и верно осознаёт пагубность гуманизма, противостоящего христианству и даже готового переложить собственную вину за несовершенство бытия на Христа Спасителя:
Немудрено, если бы Сын Божий отважился вторично навестить земных деток своих, то на основе достигнутого гуманизма они тотчас присудили бы его если не к высшей мере, то к общественному порицанию — за плохую работу по совокупности скопившихся несчастий".
Отношение к Богу было у Леонова и прежде не вполне приязненное. Но если в советские времена это ещё можно было объяснить идеологическими условиями жизни, то на исходе ведь века противостоянию хуле на Духа ничто не препятствовало.
По мысли А. Любомудрова, роман Леонова "это — обвинительный акт Богу-Творцу. Доказательство вины Бога — безусловно центральная философская задача романа. Это его лейтмотив". Богу в романе приписывается будущее злодеяние — уничтожение человечества как ненужного свидетеля Его вины. Матвей не просто предполагает, но давно уверен в непременном примирении Бога и сатаны. И об этом же несколько раз говорит посланный на землю ангел Дымков, которому открыто будущее…"
Способ проявления вовне потока авторского сознания определяет весьма затейливое построение романа. Эта затейливость обозначена и самим жанром произведения: «Пирамида» — роман-наваждение. Леонов нашёл точное слово: именно наваждением становятся все события, автором измышленные. Это как бы и естественно: всякое произведение искусства порождено фантазией художника, является в определённом смысле именно наваждением; но у Леонова всё это возводится в степень, складывается в сложную систему, когда каждый персонаж, включая самого автора-рассказчика, становится вымыслом-наваждением кого-либо из окружающих. Так, всё романное пространство с его ландшафтом, топографией и топонимикой, населённое многолюдством персонажей, есть мир, вызреваемый в грёзах рассказчика непосредственно на глазах читателя. Процесс миротворения обнажается как приём, обволакивается любопытными подробностями. Например, ещё только пытаясь вызнать хоть что-то о незнакомых обитателях несуществующего в реальности Старо-Федосеева, автор уже пред-знает их имена… и т. д. Он пытается, не всегда успешно, проникнуть в нафантазированное пространство, укрыться в нём от тревожной реальности собственной жизни. Среди его созданий — дочь о. Матфея Дуня, которая, в свою очередь, вызывает своим воображением к бытию не только ангела Дымкова, но и некоторую потустороннюю реальность, обретаемую ею за нарисованной железной дверью на одной из колонн старофедосеевского храма. В этой реальности, не менее реальной для неё, чем обыденная действительность, Дуня также пытается укрыться от пугающей жизни, но сама мнимая реальность пребывает не только за железной дверью (реально пребывает, поскольку отчасти доступна и для окружающих, так что однажды Дуня, чтобы скрыть ото всех свой потаённый мир, даже пытается замазать изображение двери на колонне), но и во внутреннем мире девушки одновременно: "Налицо представлялся заурядный по тем временам случай, когда гонимая нестерпимым страхом свирепой будущности особь человеческая бежала в необозримые просторы самой себя, в иную реальность, полную миражных видений, недосягаемую для боли земной, мнимую и тем не менее явную".