Когда же в декабре 1941 года и начале 1942 года Красная Армия начала громить фашистских оккупантов под Москвой, Флегонтов был уже самым теснейшим образом связан со многими партизанскими отрядами Подмосковья, координировал их деятельность в оказании помощи регулярным частям нашей армии.
В это же время Алексей Кандидьевич начал вынашивать идею создания специальной кавалерийской части, которую можно было бы направить в тыл врага для боевых действий. Он начал подбирать добровольцев. В свою кавалерийскую группу Флегонтов выбирал наиболее смелых, отважных людей. Одно время он сам занимался и обучением бойцов-кавалеристов.
Конному партизанскому отряду дали название «Боевой». Отряд имел несколько эскадронов и взводов. После подготовки был направлен в тыл врага на территорию Белоруссии. Переходы отряд совершал преимущественно ночью. Незамеченный перешел линию фронта через так называемые «Витебские ворота» и стал продвигаться по Витебской области.
Центральный штаб партизанского движения поставил перед конным отрядом весьма важную задачу: своими действиями, боевым примером, умелой постановкой партийно-политической работы среди местного населения всячески содействовать развертыванию партизанского движения в Белоруссии. Эту задачу отряд успешно выполнял. Уже в пути к месту назначения «Боевой» провел несколько операций в тылу врага.
10 сентября 1942 года отряд прибыл в Лепельский район. Партизанская разведка донесла, что местечко Камень занято штабом гитлеровской дивизии. Флегонтов принял смелое решение — разгромить штаб. Осуществление этой операции было поручено взводу И. В. Жохова. Утром 12 сентября группа партизан прибыла в назначенное место, заминировала шоссе и замаскировалась в 50 метрах от дороги. Налет был рассчитан на внезапность. Отряду это удалось. В результате операции было уничтожено 12 автомашин с боеприпасами, 80 солдат, 3 офицера и генерал. Были также захвачены ценные документы штаба дивизии.
Через несколько дней отряд вступил на территорию Червенского района Минской области. 17 сентября кавалеристы прибыли в деревню Зенаполье.
В семи километрах от деревни, на лесном участке Рассохи, партизаны облюбовали место для своего лагеря. Началось строительство хозяйственных построек, госпиталя. А потом пошла обычная партизанская жизнь в лесу. Небольшими группами почти каждый день партизаны выходили отсюда на боевые задания.
Выполняя ответственную задачу штаба Минского партизанского соединения, конный отряд Флегонтова все время проводил большую организационную работу по укреплению партизанских подразделений. В скором времени отряд Флегонтова перерос в бригаду. В нее вошли партизанские отряды Тихомирова, Ливенцева, Филиппских и Кузнецова. Бригада стала грозной, хорошо вооруженной и мощной боевой единицей. Она имела постоянную радиосвязь с Москвой. Это дало возможность Центральному штабу партизанского движения систематически обеспечивать бригаду необходимым вооружением, боеприпасами, взрывчаткой. С каждым днем ширились боевые операции бригады, все больше и больше проводилось крупных операций против фашистских войск.
В конце ноября 1942 года кавалеристы под командованием Бобкова вместе с отрядом Тихомирова уничтожили фашистский эшелон в районе станции Талька Пуховичского района. Операция была детально продумана и подготовлена. Место для операции было подобрано на перегоне Верейцы — Талька. Лесной массив в этом месте и скрытые подходы к железной дороге содействовали успеху партизан. Под прикрытием своих товарищей подрывники Агафонов и Кузнецов быстро и умело заминировали железнодорожное полотно.
Так был уничтожен эшелон, в котором крупная воинская часть гитлеровцев направлялась к фронту.