Первым председателем Военной коллегии Верховного Суда СССР стал В. А. Трифонов — профессиональный революционер, видный военный организатор, принимавший активное участие в создании и формировании Красной Армии. Находясь в течение двух лет в должности председателя Военной коллегии, он много сделал для совершенствования деятельности военно-судебных органов, для укрепления их связи с командованием и политорганами армии и флота.
Борьба с врагами социалистического государства с окончанием гражданской войны не была снята с повестки дня. Открытые и тайные враги, надеявшиеся на скорую гибель Советской власти, отчаянно сопротивлялись и мешали строить новую жизнь. Против них и было направлено в те годы острие репрессии Военной коллегии Верховного Суда СССР.
В июле 1922 года рассматривалось уголовное дело по обвинению главаря вооруженного мятежа в Ярославле бывшего полковника царской армии Перхурова. Вооруженные выступления белогвардейщины в 1918 году в Ярославле, Рыбинске и Муроме были инспирированы и материально поддержаны иностранной буржуазией в целях облегчения высадки англо-французских войск в Архангельске и последующего продвижения их к Москве.
В августе 1924 года Военная коллегия рассмотрела дело Савинкова — одного из самых непримиримых и активных врагов Советской власти. Организация вооруженных восстаний, заговоры и мятежи, террор, диверсии и вредительство и во всем этом полное единение с махровой белогвардейщиной и монархистами, а затем и с иностранными разведками — таков путь этого социалиста-революционера в борьбе с Советской Республикой.
В апреле 1926 года в Баку выездная сессия Военной коллегии рассмотрела дело Фунтикова, принимавшего участие в организации восстаний против Советской власти в Закаспии и террористических актов, жертвами которых стали 26 бакинских комиссаров.
В Ярославле мятежники во главе с Перхуровым разгромили местные Советы, убили их руководителей, более ста коммунистов и советских работников утопили в Волге. Перхурову после подавления мятежа удалось бежать к Колчаку, где он «отличился» и был произведен в генерал-майоры. Но впоследствии он был задержан и разоблачен. Военная коллегия приговорила его к высшей мере наказания.
Были рассмотрены также дела бывшего капитана 2-го ранга царской армии Ставраки — убийцы лейтенанта П. П. Шмидта и других руководителей революционного восстания на крейсере «Очаков»; епископа Филиппа и других смоленских священников, обвинявшихся в контрреволюционном выступлении против Советской власти.
В 1927 году перед судом Военной коллегии предстали атаман Анненков и его подручный Денисов, бандитские отряды которых вели в Сибири вооруженную борьбу с Советской властью, убивали ее представителей на местах, чинили зверства и насилия над мирным населением.
Большое политическое значение имели судебные процессы по делам о контрреволюционных группах, пытавшихся путем заговоров, террористических актов, диверсий и вредительства изнутри подорвать Советскую власть. Военно-судебные органы решительно пресекали вылазки классовых врагов, стремившихся сорвать строительство социализма в нашей стране, а также вели настойчивую борьбу с преступными элементами, подрывающими правопорядок в армии и на флоте. Вся деятельность этих органов была направлена на усиление обороноспособности страны и боевой мощи Красной Армии, укрепление воинской дисциплины и единоначалия, повышение политико-морального состояния личного состава армии и флота. Это достигалось правильным сочетанием судебной деятельности с общественно-политической и профилактической работой, проводимой в воинских частях и соединениях среди красноармейцев, и командиров.
С началом Великой Отечественной войны вся жизнь страны была подчинена нуждам фронта, целям разгрома фашистской Германии. На военно-судебные органы были возложены трудные и ответственные задачи по борьбе с вражескими, преступными элементами. В соответствии с принятыми в первые дни войны законодательными актами подсудность военных трибуналов была значительно расширена; в местностях, объявленных на военном положении, и в районах военных действий все дела о преступлениях, направленных против обороны, общественного порядка и государственной безопасности, передавались на рассмотрение военных трибуналов. Приговоры военных трибуналов кассационному обжалованию не подлежали и могли быть отменены или изменены лишь в порядке надзора военными трибуналами фронтов. В связи с этим возрастала ответственность Военной коллегии Верховного Суда СССР за обеспечение правильности судебной деятельности военных трибуналов, что достигалось проверкой и рассмотрением дел в порядке надзора. К тому же в Военную коллегию немедленно сообщалось о каждом приговоре к высшей мере наказания, что давало возможность контролировать и проверять законность и обоснованность применения военными судами этой исключительной меры наказания.
Военно-судебные органы быстро перестроили свою работу в соответствии с требованиями военной обстановки и успешно выполняли возложенные на них задачи. Сурово наказывая лиц, совершивших тяжкие преступления, военные суды в то же время за менее тяжкие преступления широко применяли предусмотренную законом отсрочку исполнения приговоров с отправкой осужденного в действующую армию, с тем чтобы он в боях с врагом искупил свою вину.
Многие лица, к которым была применена такая отсрочка, проявили храбрость и отвагу в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками и впоследствии были освобождены от отбывания наказания со снятием судимости.
Несмотря на сложную боевую обстановку на фронтах уголовные дела рассматривались военными трибуналами в строгом соответствии с требованиями закона; судьи быстро и четко разбирались в материалах уголовных дел, давали правильную политическую и юридическую оценку содеянному, назначали справедливые наказания. Военные трибуналы фронтов и Военная коллегия остро реагировали на случаи нарушения законов.
Многие члены военных трибуналов сами непосредственно участвовали в боевых операциях; немало военных судей пало смертью храбрых в боях за Родину. Подавляющее большинство офицеров военных судов было награждено орденами и медалями за самоотверженный труд во время войны, за боевые подвиги на фронте.
Всей своей деятельностью в период Великой Отечественной войны, неустанной борьбой с врагами Родины, с нарушителями дисциплины и правопорядка в армии и на флоте военно-судебные органы внесли свой вклад в дело победы над фашизмом.
После победоносного завершения Великой Отечественной войны деятельность военно-судебных органов была перестроена применительно к условиям мирного времени. Произошли организационные изменения, значительно сократилась подсудность дел военным трибуналам, были отменены процессуальные ограничения, вызванные условиями военного времени, восстановлены все демократические принципы деятельности военных судов. Основные усилия военно-судебных органов сосредоточивались на борьбе с общеуголовными и воинскими преступлениями.
Однако с окончанием Великой Отечественной войны не отпала необходимость борьбы с врагами и предателями, совершившими злодеяния на нашей земле. Справедливость требовала, чтобы свершилось правосудие и военные преступники, все до единого, были сурово наказаны.
В послевоенные годы Военная коллегия и военные трибуналы провели ряд открытых судебных процессов над немецкими военными преступниками и их пособниками.
В 1946 году Военной коллегией были осуждены руководители антисоветских белогвардейских организаций на Дальнем Востоке и агенты японской разведки атаман Семенов, генералы белой армии Бакшеев, Власьевский и др. Белогвардейские части Семенова, Бакшеева и Власьевского еще в 1918-1920 гг. вели ожесточенную борьбу против Красной Армии и партизанских отрядов в Забайкалье, организовывали карательные экспедиции, учиняли массовые расправы.
После разгрома белогвардейцев и японских интервентов Семенов и его подручные бежали в Маньчжурию, где по заданию японской разведки создали ряд антисоветских организаций и белогвардейских воинских формирований для борьбы против СССР.