Однако к тому времени, когда развернулись радиевые гонки, он уже не состоял в звании профессора Московского университета. В самом начале 1911 года правительство разгромило кадетское гнездо.
Началось все в ноябре 1910 года, когда большая группа студентов участвовала в похоронах Льва Толстого. Поступок студентов министерское начальство посчитало предосудительным, поскольку Толстой официально был отлучен от церкви. Нравственно опекавшие студентов «просветители» выразили неудовольствие и запретили им впредь участвовать в демонстрациях. Те, уже вдохнувшие воздух свободы, ответили забастовкой и, как обычно, сходками в университете. Попечитель округа вызвал войска, занявшие входы и выходы из здания на Моховой. Пошли допросы и аресты.
Администрация считавшегося автономным университета была поставлена, как писал Вернадский, в весьма унизительное положение, поскольку ее отстранили от управления. Автономия, как и вся лукавая игра двора в демократию, оказалась пустым звуком. И тогда ректор А. А. Мануйлов, помощник ректора М. А. Мензбир и проректор П. А. Минаков подали в совет университета прошение об отставке, продолжая, однако, выполнять свои обязанности. Но тут вмешалось министерство и в нарушение «Временных правил» удалило всех троих без всякого их прошения не только от административных должностей, но и из числа профессоров.
«Эта мера поразила как громом Московский университет, — писал по этому поводу Вернадский. — Студенческие волнения отошли на задний план, и на первое место выступил вопрос об автономии университета и человеческом достоинстве управлявшей университетом коллегии. Все управление велось проф. Мануйловым и его помощниками все года при постоянном контроле Совета и совещании с советской комиссией; все меры многократно утверждались Советом, сама отставка была Советом принята. Президиум Совета пострадал не за себя, а за исполнение поручений Совета»21.
В знак протеста и возмущения он и еще 20 профессоров подали в отставку. За ними на другой день последовали приват-доценты и другие преподаватели, числом более ста. Ушла сразу треть преподавательского корпуса. Случай, неслыханный в истории высшей школы.
Так неожиданно сам собой решился вопрос о выборе между Москвой и Петербургом, между преподаванием и чистой наукой.
Чуть более двадцати лет продолжалась его преподавательская карьера. Одновременно исполнилось и 25 лет научной деятельности. Когда начинал, в кабинете состояли в штате один профессор и один ассистент. А в 1911 году преподавали минералогию четыре преподавателя и в кабинете работали пять ассистентов. В музее собралось уже 20 тысяч экспонатов, были сделаны каталоги предметный, инвентарный и географический, он стал одним из лучших в России по оснащению и постановке дела. Недаром профессор называл свой кабинет вместе с работавшим при нем минералогическим кружком словом Институт.
В декабре 1910 года прошло его семьдесят седьмое занятие. Как выяснилось, последнее. Учеников Вернадский начал понемногу, по мере возможности, перетаскивать за собой. В 1912 году перевел в музей Александра Ферсмана.
К юбилею преподавания и научной деятельности ученики приготовили мэтру подарок. Они напечатали сборник своих работ, на титульном листе которого значилось: «В честь двадцатипятилетия научной деятельности Владимира Ивановича Вернадского». Одна из учениц по женским курсам Анна Брониславовна Миссуна назвала его именем открытый ею ископаемый организм.
О другом юбилее он вспомнил сам. 2 сентября 1911 года пишет из Берлина: «Моя дорогая Натуся, завтра 3.IX. — 25 лет нашей дорогой мне, близкой жизни. Я не люблю годовщин и юбилеев и всякие приуроченные к внешним фактам или явлениям воспоминания, но мне хотелось бы в этот день быть возле тебя, моей дорогой, горячо любимой. Нежно тебя обнимаю. Поцелуй Нинулю нашу»22.
В середине сентября он вернулся из-за границы, и они отметили серебряную свадьбу памятной фотографией. Это один из редких снимков, где они рядом и одни.
Двадцать первого сентября в письме Вернадский называет свой новый адрес: Васильевский остров, 14-я линия, дом 45. Так ровно через 25 лет они с Наталией Егоровной вернулись в места своей молодости.
Все повседневные интересы теперь сосредоточились здесь: Академия наук, рядом Геологический и Минералогический музеи; далее в Биржевом переулке — «куинджиевская» лаборатория; альма-матер с Обществом естествоиспытателей, которое ему особенно близко, и другими обществами. К тому времени он уже состоял не менее чем в двадцати научных обществах.