Три недели спустя фон Браун был арестован агентами гестапо. Он и несколько его подчиненных, включая младшего брата Магнуса, обвинялись в измене государственным интересам. Гестапо заявило, что фон Браун и его люди мечту о космических полетах ставят выше важной работы по созданию ракеты «Фау-2» для рейха. Арестованных продержали в застенках в Штеттине в течение двух недель, до того момента, пока вмешательство Вальтера Дорнбергера и ходатайство Альберта Шпеера не открыли им путь на свободу.
Фон Браун невольно оказался втянутым в разборки между вермахтом и СС, и после ареста его репутация у нацистов пошатнулась. Даже после освобождения многие из высокопоставленных нацистов были уверены в том, что для него исследования космоса имеют более высокий приоритет, чем служение делу национал-социализма. Но после окончания войны тот случай, когда гестапо объявило фон Брауна врагом Третьего рейха, стал для него спасательным кругом.
В истории с арестом фон Брауна и его коллег есть немало загадочного. Гестаповские палачи обычно не церемонились с арестованными, и даже с генералами вермахта. Обычно их пытали не только с целью выбить признание, но и для того, чтобы получить информацию о реальной подрывной деятельности в Третьем рейхе. Однако с Брауном и его людьми, если верить отчетам гестапо, в тюрьме обращались очень хорошо. В этих отчетах не было ни слова о том, что аресты офицеров вермахта или гражданских служащих, работавших на Пенемюнде, были следствием доносов, написанных фон Брауном или кем-либо из его коллег. Из всего этого можно сделать вывод, что фон Браун и его товарищи были пешками в хитроумной игре, которую Гиммлер вел против генералов вермахта, и он, конечно же, был заинтересован в том, чтобы защитить фон Брауна и его людей и использовать их при случае еще раз.
Прочные связи фон Брауна с немецкой армией и с его начальником и учителем Вальтером Дорнбергером были разорваны после акции, осуществленной подполковником вермахта графом Клаусом фон Штауфенбергом. Этот немецкий офицер служил в Тунисе, и там его автомобиль наехал на мину. Штауфенберг потерял левый глаз, правую руку и два пальца на левой руке. После выписки из госпиталя его назначили начальником штаба к генералу Фридриху Фромму, командующему резервной армией. Граф фон Штауфенберг давно разочаровался в политике нацистов и считал, что во всех неудачах вермахта повинен Гитлер. По должности он регулярно появлялся в ставке фюрера «Волчье логово», где докладывал о пополнении армий, воевавших на восточном фронте. Двадцатого июля 1944 года фон Штауфенберг вошел в зал, где Гитлер проводил совещание. Вскоре подполковник извинился и вышел, оставив свой кожаный портфель на полу возле стола. Через несколько секунд раздался сильнейший взрыв. В результате один из участников совещания погиб, а несколько были тяжело ранены, еще трое скончались от ран уже в госпитале. Адольф Гитлер — главная цель покушения — отделался ожогами, несколькими неглубокими ранами и ушибами. Кроме того, у фюрера лопнули перепонки и оказалась временно парализованной правая рука.
Сообщники Штауфенберга в Берлине, тоже офицеры вермахта, могли попытаться захватить власть, но в решающий момент у них сдали нервы. К концу этого дня офицеры СС арестовали всех заговорщиков, включая Штауфенберга, и казнили их во дворе тюрьмы.
Начальник Штауфенберга — генерал Фромм — клялся, что ничего не знал о готовящемся покушении, но ему никто не поверил, и он тоже был арестован. Выполнять обязанности Фромма Гитлер поручил Генриху Гиммлеру. В результате рейхсфюрер СС возглавил резервную армию и отдел вооружений, а вместе с этим отделом и программу разработок ракетного оружия, которой руководили Вальтер Дорнбергер и Вернер фон Браун.
Прежде чем Гиммлер успел разобраться со своими новыми обязанностями, вермахт вознамерился урвать себе лакомый кусок. С этой целью армейские чиновники решили прибрать к рукам военные предприятия на Пенемюнде, поскольку они не являлись собственностью армии, а принадлежали государству. Первого августа 1944 года заводы Пенемюнде были переименованы в компанию «Электромеханише Верке» (EKW). Генерал-майор Вальтер Дорнбергер чувствовал, что теряет контроль над программой разработок ракет, которой отдал 12 лет жизни. Поэтому он стал на время главой промышленной компании. Дорнбергер был человеком разумным и понимал, что одному ему не справиться. Ему нужны были надежные люди, которые знали бы толк в технике, менеджменте и производстве. Вскоре один из самых известных служащих EKW, Вернер фон Браун, стал де-факто руководителем всех работ, связанных с созданием ракет.
Гиммлеру не удалось подчинить своему ведомству заводы и исследовательские лаборатории Пенемюнде, но под его началом оставался завод «Миттельверк», на котором производились ракеты «Фау-2».
В начале сентября 1944 года Гиммлер сумел отстранить генералов вермахта от руководства испытаниями ракет «Фау-2», назначив главным режиссером этого действа своего заместителя генерал-лейтенанта СС Ганса Каммлера. Этот генерал совершенно не подходил на эту роль, поскольку был по профессии архитектором и прославился в Третьем рейхе проектированием и строительством зданий концлагеря Аушвиц-Биркенау (Освенцим). Каммлер не только строил. Именно он разработал проект, по которому сровняли с землей варшавское гетто после восстания его жителей. Ганс Каммлер руководил строительством подземного завода «Миттельверк», на котором производились ракеты «Фау-2». Итак, в сентябре 1944 года Каммлер руководил первым успешным запуском ракеты в сторону Лондона. Чуть позже огневая мощь ракет А-4 обрушилась не только на Англию, но и на другие страны Западной Европы.
На следующий день после обстрела Лондона одна из центральных газет рейха вышла со следующим заголовком на первой полосе: «Оружие возмездия-2 в действии против Лондона». С подачи пропагандистского ведомства Пауля Геббельса с этого дня ракета А-4 получила новое имя — V-2 (от сокращенного немецкого слова vergelfungswaffe) или «Фау-2». Именно под таким названием эта баллистическая ракета вошла в историю.
Через несколько лет, когда фон Браун уже жил в США, но еще не получил американского гражданства, он рассказал о своей реакции на использование ракеты «Фау-2». «Вновь прибывшие на Пенемюнде не могли понять нашей неудовлетворенности и пессимизма. После целой серии поражений вермахта они восклицали: „Вы должны быть счастливы и гордиться своим детищем „Фау-2““. Это единственное оружие, которое нашим противникам не остановить. Это успех. Ракеты громят Лондон каждый день».
«Это успех, — говорили мы, но не так восторженно и добавляли совсем тихо: — Но мы обстреливаем свою же планету».
Вернер фон Браун продолжал руководить конструкторским отделом на Пенемюнде, и однажды наступил день испытания новой ракеты — А-9. Эту ракету для того, чтобы придать ей значимость, не меньшую, чем имела ракета А-4, позже стали называть А-4b. Новая ракета имела такой же корпус, что и А-4, но больший размах стабилизаторов на хвосте. Эти стабилизаторы должны были позволить ракете приближаться к цели не сверху, а двигаясь горизонтально над поверхностью Земли. Новый аппарат имел вдвое большую дальность полета и время полета 17 минут. Двадцать четвертого января 1945 года ракета А-9 (А-4b), запущенная с Пенемюнде, набрала скорость 4320 км/час. И хотя ей не удалось благополучно приземлиться, это был фактически первый, хотя и беспилотный, сверхзвуковой самолет.
Следующим шагом в ракетостроении должна была стать ракета А-10. По замыслу фон Брауна, это должна была быть ракета-носитель для ракеты А-9. После достижения скорости 4320 км/час А-9 должна была отделиться от А-10 и, продолжив полет самостоятельно, достичь скорости 10 080 км/час, а затем вернуться и мягко приземлиться. За 40 минут полета двухступенчатая ракета А-9/А-10 могла перенести 454 кг груза на расстояние 4000 км, равное расстоянию от Северной Европы до Нью-Йорка. Однако ракета А-10 осталась только на чертежах, и ее производство так и не началось.
В голове фон Брауна уже рождались конструкции более мощных ракет — А-11 и А-12, которые могли доставить А-9 и даже тридцатитонную А-10 на околоземную орбиту. Но зимой 1944–45 года вся Германия уже была в руинах, и эти новые конструкции так и остались мечтами. Более того, могли быть уничтожены и ракеты А-4, причем вместе с теми, кто их создал.