В понедельник 15 октября дешифровщики фотографий идентифицировали советские ракеты средней дальности СС-4 (кодовое название НАТО «Сандал»). По данным американской разведки, эти ракеты могли нести боеголовки с ядерным зарядом в 3 Мт, весившие 1,36 т, на расстояние до 2000 км. В пределах их дальности были Даллас, Новый-Орлеан, Атланта и столица США Вашингтон. Пока уточнялась расшифровка снимков, новость о том, что через несколько дней на Кубе будут готовы к действию наступательные ракеты, передавалась наверх по административной лестнице.
Во вторник 16 октября в 8. 00 специальный помощник президента по вопросам национальной безопасности Мак-Джордж Бунди сообщил Кеннеди плохие новости. В этот же день президент вызвал к себе группу сотрудников администрации. Эта группа образовала Исполнительный комитет Национального совета безопасности, который должен был помочь президенту найти способ ликвидировать угрозу. На первом заседании большинство видели только одно средство — удар по ракетным базам с воздуха. Кеннеди хотел заручиться международной поддержкой любых действий и получить более определенные данные от разведки. У-2 снова отправились в воздушное пространство Кубы.
В последующие дни расшифровщики аэрофотоснимков отмечали продвижение в строительстве площадок и установку ракет. Восемнадцатого октября они идентифицировали площадки для запуска баллистических ракет средней дальности СС-5 (кодовое название НАТО «Скин»). Считалось, что СС-5 могут нести боеголовки в 5 Мт и имеют дальность 3520 км. Ракеты могли достигнуть территории всех 48 прилежащих штатов, за исключением некоторых областей на севере Калифорнии, Орегона и штата Вашингтон.
Кубинский ракетный кризис был продолжением поединка между советским премьером Никитой Хрущевым и президентом Джоном Кеннеди, в котором обе стороны использовали абсолютное оружие того времени — баллистические ракеты с ядерным зарядом. Впервые Кеннеди и Хрущев встретились в Вене в 1961 году, вскоре после американского фиаско в бухте Кочинос. Главным вопросом, который они обсуждали, было присутствие войск США в Европе и, в частности, в Берлине. Хрущев хотел, чтобы они убрались.
Хрущев, сын шахтера, ветеран большевистской революции, уцелевший в сталинских чистках, и закоренелый коммунистический бюрократ был настойчив, непримирим и груб. Кеннеди, сын богатого капиталиста, получивший элитарное образование, стоял на своем, сохраняя при этом хорошие манеры. Кеннеди покинул Вену потрясенным, но непобежденным. Хрущев уехал с убеждением, что Кеннеди можно оскорблять и шантажировать.
Вечером в понедельник 22 октября 1962 года в телевизионном обращении к американскому народу президент Кеннеди сообщил новость о ракетном кризисе и ответил на хрущевскую демонстрацию силы.
Добрый вечер, сограждане. Правительство, как оно и обещало, продолжает внимательно наблюдать за ростом советского военного присутствия на острове Куба. За последнюю неделю не подлежащие сомнению данные позволили установить, что на этом потерявшем свободу острове оборудуется ряд площадок для наступательных ракет. Эти базы не могут иметь никакой иной цели, кроме обеспечения возможности ядерного удара по Западному полушарию.
Кеннеди описал площадки для ракет СС-4 и рассказал, что они могут долететь не только до Вашингтона, но и до Панамского канала, Мехико и Центральной Америки. Он сказал, что ракеты СС-5 могут поразить цели на севере до Гудзонова залива включительно и на юге до столицы Перу Лимы. Это, по его мнению, создавало угрозу не только для Соединенных Штатов, но и для всего Западного полушария.
Кеннеди изложил план действий, содержавший семь пунктов. Его ключевым элементом было установление военно-морским флотом карантина вокруг Кубы, что было блокадой, обычно рассматриваемой как элемент военных действий. Соединенные Штаты собирались повысить уровень военной готовности, просить поддержки Организации Американских Государств и ООН и потребовать от Советского Союза убрать свои ракеты с Кубы.
В глазах многих американских политических лидеров план Кеннеди был слишком осторожным, слабым и не соответствующим ситуации. За два часа до публичного выступления президент встретился с двумя десятками ведущих конгрессменов, чтобы сообщить им о советской угрозе и о своем ответе на нее. Хотя они оказали ему поддержку, некоторые из них полагали, что подход Кеннеди демонстрирует слабость, и выступили за немедленный воздушный налет. Они продолжали наблюдать за Кеннеди, ожидая дальнейших проявлений малодушия.
Американцы мрачно готовились к неопределенному будущему. Каждую неделю вой сирены извещал об учебной воздушной тревоге, хотя непонятно было, какой в этом толк, если ракеты будут лететь со скоростью тысячи километров в час. Школьники старательно учились укрываться, как будто это могло бы их спасти, а те немногие, кто построил укрытия от радиоактивных осадков, делали в них запасы продовольствия. НАСА было приведено в замешательство сообщением газеты «Хантсвилл таймс» о том, что Вернер фон Браун был одним из немногих предусмотрительных американцев, позаботившихся об укрытии для своей семьи.
Вначале Хрущев отреагировал на план Кеннеди с яростью, назвав морскую блокаду разбоем и безрассудными действиями загнивающего капитализма. Стало ясно, что он недооценил своего соперника.
Кризис достиг своей высшей точки утром в среду 24 октября. Двадцать советских торговых судов приблизились к отряду американских военных кораблей. Они остановились, затем один за другим повернули обратно. Государственный секретарь Дин Раск сказал: «Мы смотрели друг другу в глаза, и, я думаю, противник дрогнул». В течение нескольких последующих дней капитаны советских кораблей позволяли проводить досмотр судов, чтобы получить возможность зайти на Кубу.
Хрущев и Кеннеди начали обмениваться посланиями по частным и официальным каналам, а в моменты наибольшего напряжения и посредством выступлений по радио. В 18 часов в пятницу 26 октября (в 13. 00 следующего дня по московскому времени) Кеннеди получил письмо от Хрущева, который предлагал сделку: он прикажет демонтировать и вывести ракеты с Кубы, если Соединенные Штаты согласятся не нападать на остров. Когда уже был составлен ответ, пришло второе послание от Хрущева. В нем было дополнительное условие. Хрущев хотел, чтобы ракеты «Юпитер», размещенные в Турции, были выведены оттуда. Хотя с точки зрения Хрущева и с исторической точки зрения это был честный обмен, Кеннеди не мог принять это предложение, потому что могло создаться впечатление, что он поддался шантажу. По совету Генерального прокурора Роберта Кеннеди президент принял предложение, сделанное в первом письме и проигнорировал второе. В 20. 05 в субботу 27 октября Кеннеди направил Хрущеву послание, в котором выражал свое согласие и настаивал на заключении окончательного соглашения. Отказ означал бы нападение США на Кубу.
На следующий день в 9 часов утра московское радио передало послание Хрущева Кеннеди, которое было передано также и через другие каналы. В послании советского премьера содержалась брань в адрес Кеннеди за его роль в кризисе, однако оно выражало окончательное согласие на разрешение конфликта.
После этого Кеннеди дал указание проводить разведывательные полеты на небольшой высоте, чтобы следить за выводом советских ракет. Он приказал директору ЦРУ Джону Мак-Коуну прекратить диверсии против Кубы. В последней, секретной, части соглашения, положившего конец ракетному кризису, по договоренности Роберта Кеннеди с советским послом Добрыниным предусматривался вывод ракет «Юпитер» из Турции. Вывод должен был занять 4–5 месяцев, и, как заявил Роберт Кеннеди Добрынину, если СССР разгласит эту договоренность, то она будет аннулирована. Президент Кеннеди был столь же решителен по отношению к своим генералам, которые противились выводу «Юпитеров». «Эти ракеты будут убраны оттуда до 1 апреля, раз нам нужно их убрать», — сказал он.