Приехав в Варшаву, Барклай оказался в одном городе с цесаревичем Константином, который с конца 1814 года являлся главнокомандующим Польской армией. Фактически цесаревич был наместником в Царстве Польском, но Барклай не состоял у него под командой, и это очень раздражало Константина.
Кроме того, 1-я армия насчитывала в своих рядах более 100 тысяч человек, а Польская армия была намного меньше, и это тоже уязвляло болезненно самолюбивого цесаревича.
Денис Давыдов писал об этом так: «Цесаревич, никогда не любивший Барклая, говаривал о нем: «Зачем у него такой большой штаб? Он, вероятно, хочет подражать Потемкину, но этот лишь по воле императрицы окружал себя во время войны с турками большою свитою затем, чтобы при заключении мира она не уступала свите турецкого паши».
В Варшаве Барклай начал часто болеть. Особенно давала себя знать болезнь, подхваченная им во время перехода через Кваркен. Он подумывал об отставке, об уходе на покой, но царь отказал ему в этом, и Барклай продолжал служить. Временами он мысленно возвращался к пережитому, чаще иного вспоминая прошедшую войну. Известно, что иногда работал над воспоминаниями, которые, к сожалению, не сохранились.
Вместе с тем Барклай продолжал огромную работу по организации жизни армии в мирных условиях.
К традиционным заботам главнокомандующего добавились и ранее ему неизвестные — поддержание оснащенности армии новыми видами вооружения, поощрение изыскательских и конструкторских работ, проводимых его офицерами.
Сослуживцем Барклая по 1-й Западной армии был один из первых конструкторов ракетного оружия — генерал-майор Александр Дмитриевич Засядко. Он учился в Артиллерийском и инженерном шляхетском кадетском корпусе, затем участвовал в Итальянском походе Суворова, в русско-турецкой войне 1806–1812 гг., в Отечественной войне 1812 года.
В 1815 году Засядко начал работы по созданию боевых зажигательных пороховых ракет трех калибров, сконструировал пусковые станки, позволяющие вести залповый огонь одновременно шестью ракетами, создал приспособления для наведения ракет на цель и разработал тактику боевого применения ракетного оружия.
Ракеты Засядко обладали хорошими баллистическими данными и имели дальность полета до трех верст.
Барклай присутствовал при испытании ракет Засядко и так охарактеризовал его деятельность в письме к талантливому инженеру: «Я с удовольствием видел особенные труды и усердие Ваше в открытии сего нового и столь полезного орудия, кои поставляют меня в приятный долг изъявить Вам за то истинную мою признательность».
К этому времени Барклай стал военачальником такого масштаба, что ему приходилось чаще задумываться о больших вопросах общественной жизни.
Его не могли не волновать положение крестьян, вопрос военных поселений, судьбы солдат, вышедших в отставку. Он размышлял над этими проблемами и видел теснейшую связь между крепостническим укладом России и аракчеевщиной, между палочной дисциплиной в армии и беспощадным подавлением в обществе даже малейших намеков на гражданские свободы.
Понимая все это, он все же оставался всегда верным слугой царя, но старался хотя бы в рядах 1-й армии сделать жизнь солдат достойной человека и преодолеть насилие, жестокость и произвол.
Наиболее концентрированно представления о долге командиров по отношению к подчиненным изложены были Барклаем в Инструкции, составленной в начале 1815 года после его приезда в Варшаву.
Наряду с требованием строгой дисциплины и добросовестного отношения к службе, Барклай настаивал на бережном отношении к людям, призывал воспитывать в них храбрость, выносливость, любовь к опрятности. «Кроткое и благородное обхождение начальников с подчиненными, — говорилось в Инструкции, — не вредит порядку, не расстраивает чинопочитания, но, напротив, рождает то истинное и полезное честолюбие, каковым всякий должен воодушевляться; уничтожение сих благородных чувствований чести унижает дух, отнимает охоту и вместо доверия к начальству рождает ненависть и недоверчивость».
Такое отношение к солдату было не просто прямой противоположностью насаждавшейся в русской армии палочной дисциплины, но воспринималось как открытый вызов «аракчеевщине» — цельной и законченной системе мер, вдохновителем и организатором которой был давний недоброжелатель фельдмаршала — Аракчеев.
Особенно обострились их отношения, когда Барклай заявил себя решительным противником любимого детища Аракчеева — военных поселений, которые Барклай почитал совершенно не годными и вредными.