Рекруты, желая того или нет, проходили обучение у офицеров вермахта, Ваффен-СС и ветеранов подразделений, которые участвовали в подавлении партизанского движения (преимущественно на территории СССР). Предпринималась даже попытка привлечь к обучению инструкторов из так и не возникшего в межвоенный период «Корпуса полевых смотрителей». Обычно инструктаж проводился прямо в подразделениях гитлерюгенда и Ваффен-СС. Это не устраивало Скорцени, и он проводил обучение в собственных диверсионных лагерях, которые располагались во Фриденхале, Нойштрелице и замке Тифенталь. Программа обучения будущих диверсантов была сформирована штурмбаннфюрером СС Эрхардтом, который в свое время активно участвовал в борьбе с белорусскими партизанами. Именно этот эсэсовский чин осуществлял связь между «Бюро Прюцмана» и Верховным командованием.
В основу учебных курсов для «вервольфов» (как ни парадоксально это прозвучит) был положен перевод советского «Руководства для партизана», написанного в начале войны. В Германии эта книга вышла под названием «Советы «вервольфу». В ходе этого скоротечного инструктажа будущие «вервольфы» изучали методы саботажа, азбуку Морзе, способы беспроволочной передачи информации, технологии убийств. К этим специфическим «дисциплинам» добавлялись усиленные тренировки, повышение выносливости. Женщины, завербованные в «Вервольф», проходили специальное обучение, чтобы действовать в качестве разведчиц. Им рекомендовалось устраиваться в оккупационные органы власти в качестве секретарш или обслуживающего персонала. Каждый будущий «вервольф» лишался всех персональных документов. Его личность фактически стирали. Это должно было помешать их идентификации контрразведке Союзников в случае провала. Этот шаг имел еще и психологическую сторону— человек как бы лишался личности, а став частью тайной организации, он жил только во имя выполнения своей цели. Собственно «вервольфами» рекруты становились после того, как подписывали бумагу, которая больше напоминала клятву. В ней рекрут просил принять его в «Вервольф». Он соглашался с тем, что любые его проступки карались смертью. В качестве таковых могли быть и попытка дезертировать, и сдача в плен противнику и т. д. Интересен тот факт, что второй стороной, подписавшей бумаги, являлся рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер. То есть «вервольфы» присягали на верность не Гитлеру, но непосредственно организации, давая «обет» национальному сопротивлению.
Несмотря на тот факт, что обучение было достаточно интенсивным, оно было явно недостаточным, так как продолжалось где-то от пяти дней до пяти недель. Рассмотрение всех обозначенных тем было переполнено сведениями, которые никак не подкреплялись практическими навыками. Контрразведка западных Союзников после первых контактов с «вервольфами» пришла к выводу, что подготовка была поспешной и крайне поверхностной. Впрочем, советская сторона не разделяла подобного убеждения. После того как органами НКВД на территории Украины, Белоруссии и Прибалтики было выявлено множество диверсантов, сложилось мнение, что их подготовкой занимались как минимум на протяжении всего последнего года войны. Сам же Прюцман полагал, что обучение «вервольфов» было явно неполным. По крайней мере, не настолько продуктивным, как оно виделось ему в идеале. Он не раз жаловался Скорцени, что навыки, которые «вервольфы» получали от эсэсовских инструкторов, не были доскональными. В ответ руководитель нацистских коммандос подчеркивал, что, учитывая сжатые сроки и предельную перегруженность инструкторов, было бы очень сложно ожидать другого результата.
В большинстве случаев более-менее профессиональную диверсионную подготовку получали только руководители групп «вервольфов». Нередко в дальнейшем они сами готовили своих подчиненных. Когда в марте 1945 года представители армейской разведки прибыли к лагерь подготовки «вервольфов» близ города Штеттин, то с удивлением отметили, что наблюдался существенный недостаток профессионально обученных инструкторов. В результате к группам «вервольфов» было решено прикомандировать несколько офицеров-разведчиков, которые смогли бы провести партизан в советский тыл. Были и другие случаи, которые подтверждали общую тенденцию. В судетском городке Кааден офицеры артиллерийской батареи только после окончания учебных курсов с изумлением узнали, что готовили отряд «вервольфов», состоящий из девушек.