Приблизительно в то же время как был арестован Гиммлер, в руки Союзников попало с полдюжины ключевых фигур из состава Главного управления СС, которые должны были организовать «подземную партизанскую войну» на территории Шлезвиг-Гольштейна, оккупированного британцами. 17 мая в окрестностях местечка Аренхольц был задержан сам Ганс Прюцман. В последние дни войны Прюцман решил, что ему уготована участь связного между Дёницем и Гиммлером. Его даже не интересовало, что Дёниц не собирался сотрудничать с Гиммлером, а потому в связном не было никакой необходимости. Прюцман оставил руководство «Вервольфом» — он больше не являлся каким-то официальным лицом. Очевидцы рассказывали, что он был растерян и не знал, что делать. Его больше не волновала судьба «Вервольфа».
5 мая Прюцман произнес Гиммлеру прощальную речь, не лишенную сентиментальных интонаций, после чего отбыл в неизвестном направлении. До последнего момента он надеялся, что ему вместе с рейхсфюрером СС удастся бежать на подводной лодке или самолете, но этим надеждам не было суждено сбыться. Захваченный британцами, он быстро был разоблачен как бывший глава «вервольфов». Поначалу Прюцман пытался убедить Союзников, что еще в 1944 году передал эту должность бригадефюреру CA Зибелю, который в то время выполнял функции общего инспектора по подготовке защиты рейха. Но Прюцману не поверили. Тогда ему ничего не оставалось, как добровольно уйти из жизни. Он, подобно Гиммлеру, проглотил ампулу с цианидом.
В то время как сам Прюцман оказался вместе с Гиммлером в Шлезвиг-Гольштейне, большая часть его бюро во главе с Зибелем отступала на юг, намереваясь закрепиться в Альпах. Кто-то из отдельных служащих бюро, например Опландер, был замечен в Праге, где слонялся без дела, ожидая инструкций к действию. Было в том что-то символическое, что большая часть руководства «Вервольфа» пошла по иному пути, нежели Прюцман, не только с географической, но и мировоззренческой точки зрения. Отступавшие вместе с Зибелем офицеры СС даже не допускали мысли о сдаче противнику и перемирии с ним. Они разработали особую стратегию, которую хотели приспособить к новым условиям, в которых оказалась Германия. По сути, она напоминала теоретические построения известного бразильского партизана Карлоса Маригелы, который полагал, что надо постоянно провоцировать ненависть между местным населением и угнетателями. Так вот: сохранившие преданность национал-социализму офицеры «Бюро Прюцмана» полагали, что, отступив в Альпы, они могли создать там базу, которая со временем способствовала бы политическому возрождению нацизма. Этот план завершался идеей о национальном восстании, что стало бы поводом для войны между Востоком и Западом. Но этих «вервольфов» ждала менее завидная судьба. По пути следования им удалось создать отряд из 75 человек. Этот отряд решил отбить у американцев небольшое речное судно. Во время нападения почти весь отряд был перебит превосходящими силами американцев.