Опыт, накопленный Прюцманом на оккупированной Украине, а также хорошее знание Восточной Пруссии, откуда он был родом, предопределили решение Гиммлера. После того как немцы были изгнаны с территории СССР, а сам Прюцман остался не у дел, рейхсфюрер решил поручить ему создание «Вервольфа». При этом, сохраняя свой полицейский пост в Кенигсберге, он освобождался от каких-либо других поручений и заданий. Строительство партизанского движения из состава СС началось с создания так называемого «Бюро Прюцмана», которое располагалось в предместьях Берлина. Позже оно переехало в Рейнсбург, бывшую резиденцию Фридриха Великого, находившуюся северо-западнее немецкой столицы. Но долго пребывать в этом замке Прюцману было не суждено. Почти сразу же он начал колесить по всей стране, осуществляя инспекторские проверки.
В «Бюро Прюцмана» числился штандартенфюрер СС Карл Чирский, который в свое время отвечал за восточное направление в СД. Он был одним из тех людей, которые разрабатывали операцию «Цепеллин» — неудачную попытку создания повстанческого движения в тылу Красной Армии. Теперь навыки Чирского должны были пригодиться при обучении «вервольфов». Перевод на новую работу был также предопределен тем, что в СД Чирский повздорил с командиром эсэсовского «спецназа» — Отто Скорцени. Это сделало отношения между РСХА и «Вервольфом» еще более натянутыми. Когда конфликт перешел все мыслимые границы, Чирского заменили бригадефюрером СС Вальтером Опландером, который курировал протектораты Моравия и Богемия (Чехословакия).
Главными сотрудниками «Бюро Прюцмана» были: бригадефюрер-СА Зибель, отвечавший за общие вопросы обучения и техническое обеспечение (Инспектор Т); штандартенфюрер СС Гюнтер Д'Альквен, в свое время курировавший в Ваффен-СС вопросы военной пропаганды на Восточном фронте (штандарт «Курт Эггерс»); штандартенфюрер СС Коттхаус, ведавший кадровыми вопросами. Весной 1945 года к ним присоединилась фрау Майш, которой было поручено обработать «женский компонент» «Вервольфа». Приблизительно в то же время в «Бюро Прюцмана» появился генерал-лейтенант Юппе, что ознаменовало начало сотрудничества «вервольфов» с армейскими частями. Взглянув на биографии сотрудников бюро, можно заметить, что большинство из них работало на «восточном направлении», а стало быть, изначально основные действия «вервольфов» должны были быть направлены против Красной Армии.
На местах отряды «вервольфов» организовывались в строгом соответствии с военным делением Германии на военные округа (веркрайзе). Но весь контроль над формируемыми группками партизан находился исключительно у эсэсовско-полицейских чинов. Именно они осуществляли полномочия, отведенные им Гиммлером как шефом немецкой полиции. Каждый из соответствующих эсэсовцев в рамках свого веркрайзе должен был самостоятельно заниматься вербовкой, обучением и внедрением групп нацистских партизан в тыл противника. В рамках сотрудничества с вермахтом Прюцман привлекал некоторых армейских офицеров, которые должны были заняться строительством гражданских структур «Вервольфа», как бы сосредотачивающихся вокруг «военного ядра». Для этого каждая гражданская структура (НСДАП, CA, гитлерюгенд) должна была назначить специальных окружных уполномоченных, которые в тесной связке с эсэсовцами должны были помогать в построении гражданской части «Вервольфа». Учитывая хаос, царивший в Германии в 1945 году, кажется маловероятным, что подобные уполномоченные лица были вообще назначены.
Система разделения «Вервольфа» по военным округам имела свои плюсы и минусы. С одной стороны, очевидным преимуществом являлась тактическая инициатива, которая позволяла импровизировать в соответствии с местными условиями. С этой точки зрения структура «Вервольфа» была начисто лишена стандартных клише, которые в тоталитарной системе были обыденным явлением. В условиях, когда Германия потеряла территориальную целостность, это обстоятельство очень помогло нацистским партизанам. Но, с другой стороны, можно заметить, что «Бюро Прюцмана» было фактически изолировано от принятия решений на местах. Учитывая конфликт на самом верху, где противоборствующими сторонами оказались руководство «вервольфов» и РСХА, деятельность отрядов нацистских партизан изначально была обречена на неорганизованность и хаотичность.