В 601 году барометр истории опять пошел на «грозу». Фараон наконец собрался с силами для контрудара и дал бой армии Навуходоносора. Битва была жестокой, но никто не одержал окончательной победы. Халдеи ушли в Вавилон, где Навуходоносор начал полную реорганизацию армии. Иоаким же только этого и ждал, чтобы вернуться под крыло своего старого союзника Нехо. Навуходоносор не мог немедленно покарать иудейского царя, но по его приказу военные действия против Иудеи начали халдейские гарнизоны и подчиненные им союзные племена. Осенью 598 года внезапно скончался Иоаким, и престол перешел к его сыну Ехонии.
Семнадцатилетний царь стал править совместно со своей матерью Нехуштой и пытался следовать линии отца. Иеремия был очень низкого мнения об этом неудачливом царе; от настроений Иосии он был еще дальше, чем Иоаким, при нем в Иерусалиме безнаказанно совершались обряды в честь бога Таммуза и приносились жертвы «Царице неба».
В январе 597 года регулярные войска халдеев стояли уже под Иерусалимом, и в стан прибыл сам Навуходоносор. Весть об этом привела иудейский двор в замешательство. Иеремия настойчиво призывал царя и его мать торопиться просить мира. Видимо, и сам Ехония понял, что пришла пора сдаться на милость победителя. Осаждающие ждали несколько недель; они были хорошо осведомлены о развернувшейся в городе борьбе и надеялись на бескровную капитуляцию.
16 марта ворота Иерусалима открылись, и из них вышла процессия, состоявшая из царя, царицы и сановников Иудеи. Одетые в траурные одеяния, они вступили в халдейский лагерь. Навуходоносор принял их сурово, как изменников, но никого не казнил. Ехония был приговорен к отправке в качестве заложника в Вавилон. Вместе с ним должны были уехать его мать, жены и царедворцы. Иудейское царство было пощажено, однако во избежаний нового мятежа царь велел переселить в Вавилонию большую часть военачальников, гарнизон города, строителей, оружейных мастеров, а также почти всю знать и богатых людей. Таким способом Навуходоносор надеялся искоренить проегипетскую партию. 22 апреля караван переселенцев увели на север. В счет контрибуции Навуходоносор конфисковал храмовую казну и забрал из святилища драгоценности.
Формально царем Иудеи продолжал считаться Ехония, но править в Иерусалиме был поставлен третий сын Иосии, Маттания, который получил имя Седекии.. Это был слабый, не отличавшийся большим умом человек, который никогда не готовился стать монархом. Непосильное бремя власти свалилось на него в момент, когда страна переживала тяжелый кризис. Двор Седекии быстро наполнился новыми людьми; отправленных в Вавилон заменили «выходцы из народа»: отчаянные люди, ловкие проходимцы и фанатичные патриоты. Не имея никакого опыта в государственных делах, они, однако, сумели полностью забрать царя в свои руки. Египетские агенты легко проникли в их среду и снова принялись раздувать тлеющие угли мятежа.
Через два года после ухода халдейских войск царь Финикии и некоторые палестинские князья прислали к Седекии послов, чтобы убедить его отложиться от Навуходоносора. Робкий царь страшился рискованного шага и некоторое время противился уговорам. Более религиозный, чем братья, Седекия прислушивался к пророкам. Но и среди них не было единодушия: Анания поддерживал идею восстания, Иеремия видел в ней гибель.
Во время переговоров и совещаний Иеремия вышел на улицы города, неся на плечах ярмо вола и громогласно объявляя, что Бог отдал народы под власть Навуходоносора, а поэтому восстание против него бессмысленно и преступно. «Не слушайте своих пророков, — говорил Иеремия послам, — своих чародеев, сновидцев, гадателей по облакам и волхвов, которые уверяют вас, что вы не будете подчинены царю Вавилонскому, ибо они предсказывают вам ложь». Но когда Иеремия с ярмом пришел в храм, к нему приблизился пророк Анания и, сломав ярмо, заявил, что так будет сломлено иго Навуходоносора. «Да исполнит Ягве слова твои», — ответил ему Иеремия, однако тут же добавил, что только время их рассудит.
С полной безнадежностью смотрел теперь на вождей нации, готовясь уже только к плачевному финалу. Все чаще стал он обращаться мыслью к изгнанникам, уведенным в Вавилон. Ведь там их было около десяти тысяч: священников и пророков, писцов и книжников, военачальников и искусных мастеров — самый цвет Иудеи. Быть может, вдали от родной земли они призадумаются над тем, что случилось; разлука и изгнание смогут стать для них школой покаяния и истинного «богопознания». Плен поможет очистить их души, отвратить навсегда от язычества и привьет любовь к Закону Господню, которым они пренебрегали.