Свой первый корабль, канонерскую лодку «Манджуръ», Г. П. Чухнин получил в командование 24 ноября 1886 года. Свои принципы Г. Чухнин не оставил и на этом корабле, о чем можно судить по записи в его дневнике: «Сегодня надел в 8 утра рабочее платье и полез в котлы осмотреть их лично… По вскрытии горловины заднего котла нашел: наслоений соли нет, но трубки все как бы выкрашены желтой глиной. Это осадки сайгонской воды, и видно, что котлы совершенно не чищены, вопреки моему приказанию, ни на походе, ни во время стоянки на якоре…Наружная грязь доказывает, что механик недостаточно часто заходит в кочегарное отделение». Вот вам редкий пример исполнения служебного долга…
Качества военного моряка Г. П. Чухнина, его практический опыт по управлению кораблем, обучению личного состава развивались под влиянием талантливых командиров, каковыми являлись В. Г. Басаргин, Ф. К. Авелан и С. П. Тыртов, ставших впоследствии известными адмиралами. Старший офицер фрегата капитан-лейтенант Г. П. Чухнин был неутомим с первого до последнего дня каждой кампании: вставал вместе с командой раньше всех офицеров на корабле, ложился последним, проверив все службы и убедившись в полной исправности всего корабля. В течение дня лично наблюдал за всеми работами, производимыми на корабле, показывал унтер-офицерам, как производить такелажные и другие работы.
В 1886 года в служебной деятельности Чухнина начался новый этап – командование кораблями. 24 ноября 1886 года Г. П. Чухнин назначен командиром канонерской лодки «Манджуръ», строившейся в Копенгагене, в 1887 года привел ее в Кронштадт. Блестяще оборудованная, в полной боевой готовности и отлично испытанная в Балтийском море, канонерская лодка «Манджуръ» в сентябре 1888 года вышла в поход на Дальний Восток. В 1888–1890 гг. Г. П. Чухнин находился в кампании в морях Тихого океана. Был строгим и требовательным командиром, научил офицеров лодки ходить по китайским, корейским и японским шхерам без лоцманов и отказывался от лоцмана во время заходов в порты.
1 января 1890 года Г. П. Чухнин получил чин капитана 1-го ранга. 30 апреля 1890 года кампания завершилась и «Манджуръ» прибыл во Владивосток. За это время был собран большой материал по осмотру островов Сиамского залива, бухт и портов китайского берега от Фу-чау до Шанхая. Через два года Г. П. Чухнина назначили командовать броненосной батареей «Не тронь меня» на Балтийском флоте, в мае 1892 года – крейсером 1-го ранга «Память Азова». Г. П. Чухнин получил приказ привести крейсер с Дальнего Востока на Балтику для ремонта и представления корабля на императорском смотре в Кронштадте. Г. П. Чухнин привел корабль в Кронштадт 16 октября 1892 года и представил его на смотр «в самом блестящем виде». Во время нахождения корабля в ремонте Г. П. Чухнин командовал 12-м флотским экипажем в Петербурге.
21 августа 1893 года корабль «Память Азова» после ремонта вышел из Кронштадта в Копенгаген, где Александр III провел смотр кораблю, после чего путь его лежал в Тулон. По пути следования присоединился к эскадре контр-адмирала Ф. К. Авелана, шедшей на торжества по случаю заключения франко-русского союза. До конца ноября 1894 года корабль находился в составе эскадры. В это время началась война между Японией и Китаем, в которой первая была инициатором конфликта. России пришлось стягивать на Дальний Восток морские силы, чтобы обезопасить свои восточные границы. Для усиления Тихоокеанской эскадры из Пирея на Дальний Восток вышел отряд кораблей в составе крейсера «Память Азова» с минными крейсерами «Всадник» и «Гайдамак». Отряду российских кораблей пришлось выдержать суровые испытания – в декабре в Индийском океане попали в зону сильнейших штормов. В этом трудном переходе ярко проявилось морское и командное мастерство Григория Павловича Чухнина. В феврале 1895 года отряд присоединился к эскадре.
Вот как рассказывает М. Д. Жуков о походе эскадры адмирала Г. П. Чухнина:
«…Эскадра отправлялась из Порт-Артура в Кронштадт для капитального ремонта и перевооружения. Она состояла из двух броненосцев – «Наварин» и «Сисой Великий» и трех крейсеров – «Адмирал Корнилов», «Дмитрий Донской» и «Владимир Мономах». Вести их поручили младшему флагману Тихоокеанской эскадры адмиралу Чухнину. День ухода эскадры был назначен на 12 декабря 1901 года. Адмирал Чухнин распорядился, чтобы в Артуре были приняты запасы на весь поход, чтобы не приобретать их в заграничных портах и не переплачивать лишних денег. Начались проводы: Артур в честь отбывающих на родину моряков устраивал празднества, бал сменялся балом…