1905-й год начался кровавым воскресеньем в Санкт-Петербурге, массовыми забастовками и стачками в крупных промышленных центрах и поражением русских войск в Мукденском сражении. В стране началась первая русская революция 1905–1907 гг.
В июне 1905 года на Черноморском флоте вспыхнуло вооруженное восстание на броненосце «Потемкин». Г. П. Чухнин с данными ему императором полномочиями «примерно наказать бунтовщиков» принял чрезвычайные меры и не допустил распространения восстания на другие корабли флота. Виновные были жестоко наказаны: руководители восстания расстреляны, сотни матросов пошли под суд, были сняты с постов и должностей старшие офицеры вплоть до флагманов.
Мало кто на флоте считал бунт матросов организованным выступлением. Г. П. Чухнин, располагая большей информацией, не питал иллюзий в отношении его инициаторов. В телеграмме управляющему Морским министерством от 6 ноября он сообщил: «Из предварительного дознания выясняется, что беспорядки в казармах имеют серьезный характер. Были подготовлены. Принимало участие несколько тысяч. Можно опасаться при подстрекательстве революционной партии повторения в худшем виде». Адмирал оказался прав, и летом и осенью 1905 года произошла серия мощных вооруженных выступлений матросов Черноморского флота.
Восстание на броненосце «Князь Потемкин Таврический» (14–24 июня 1905 года) застало командующего флотом в Петербурге, куда Чухнин убыл на обсуждение новой судостроительной программы. Экстренно вернувшись в Севастополь, он начал принимать все меры для поиска и захвата мятежного броненосца, отстранив от командования старшего флагмана Практической эскадрой вице-адмирала Кригера, упустившего «Потемкина» около Одессы. Под своим началом Г. П. Чухнин вновь вывел эскадру в море для решительного поиска восставших, однако «Потемкин» к этому времени уже прибыл для интернирования в Констанцу. Никакого, даже отдаленного сочувствия к командам, поднявшим красный флаг, Чухнин не испытывал. Отсюда быстрые и решительные действия по подавлению матросских выступлений.
Царский манифест «О свободах» 17 октября 1905 года и Всероссийская политическая стачка, прокатившаяся по всей стране, не обошли стороной и Севастополь.
Из воспоминаний современников об отношениях Григория Павловича Чухнина и П. Шмидта:
«… На Тихоокеанской эскадре П. Шмидт попал под покровительство контр-адмирала Г. П. Чухнина, бывшего сослуживца его дяди. Служба у мичмана и здесь не заладилась. Он кочевал с корабля на корабль, везде отвергаемый офицерскими коллективами. Только благодаря заботам Г. П. Чухнина он удерживался на службе и даже получил чин лейтенанта. Но, после очередного нервного припадка, когда лейтенанта Шмидта пришлось поместить в клинику, последовало его увольнение…
…Поддержка дяди, ставшего к этому времени сенатором, помогла Шмидту во время стоянки в Суэце эскадры Рожественского списаться с корабля по болезни и вернуться в Россию, где он получил назначение на Черноморский флот. Подобного «подарка» командующий флотом вице-адмирал Чухнин не ожидал. Как и когда-то на Тихом океане ему предстояло заниматься судьбой болезненного и неуживчивого офицера. Чухнин находит выход из положения, назначив Шмидта командиром отряда из двух устаревших миноносцев, базирующихся в Измаиле. Место тихое, должность необременительная, но самостоятельная, так что можно спокойно дожидаться конца войны. Но, Шмидту в Измаиле не сидится, он похищает отрядную кассу, в которой всего-то 2,5 тысячи золотых рублей, и отправляется «путешествовать» по югу России…
…Командующий Черноморским флотом адмирал Чухнин попытался разрешить ситуацию миром и даже послал по требованию Шмидта на «Очаков» для переговоров бывших однокашников лейтенанта по корпусу. Прибывших на корабль офицеров восставшие матросы взяли в заложники, а Шмидт пообещал вешать их на реях, если по кораблю откроют огонь. Чтобы обострить обстановку, Шмидт попытался взорвать транспорт «Буг», загруженный морскими минами. Возможных последствий этого он, видимо, не представлял. А пострадать могли не только корабли, находящиеся в бухте, включая и сам «Очаков», но и часть города. К счастью, команда «Буга» успела затопить свой корабль. Тогда Шмидт направил миноносец в атаку на корабли эскадры. Миноносец сразу же потопили залпом корабельных орудий. После этого вести переговоры с восставшими было бессмысленно, и Чухнин приказал открыть огонь шрапнелью по крейсеру. С крейсера в ответ успели сделать шесть безрезультатных выстрелов и прекратили сопротивление. Но, огнем с «Очакова» руководил уже не Шмидт. При первых выстрелах по крейсеру он перешел на стоящий у борта «Очакова» миноносец и попытался уйти в Турцию. Миноносец был подбит и захвачен. Находившегося на нем Шмидта, успевшего переодеться в матросскую робу, арестовали…».