Закономірно, отже, що вже на третьому році свого правління, 10 листопада 1764 p., цариця підписала указ про відставку останнього гетьмана, про скасування гетьманського уряду і формування натомість Малоросійської колегії - імперської адміністративної структури для управління Гетьманщиною. Попри серйозні утиски й обмеження української автономії за Петра І, Гетьманщина на час сходження на трон Катерини II все ще суттєво відрізнялася від решти Імперії своїми Інститутами самоврядування, соціальним устроєм та адміністративною практикою - «малоросійськими правами та вольностями», які мали для кожного українця різне значення - залежно від його соціально-політичного становища, а проте для всіх були, як пише Когут, «колективним символом певних політичних, соціальних й адміністративних норм, обґрунтованих законом та історичною традицією».
Ці права та привілеї сформували досить міцну систему, яка глибоко вкорінилася в колективній свідомості суспільства. Жодні більші політичні або соціальні нововведення не могли відбутися без їх руйнування, а будь-які спроби далі інтегрувати Гетьманщину неминуче приводили до конфронтації з «малоросійськими правами та вольностями».
Фактично понад сто років Гетьманщина існувала як автономне державне утворення під сюзеренітетом царя - із власною зовнішньою політикою, військом, адміністративною, юридичною, податково-фінансовою системою, і навіть із митним тарифом, що стягувався на кордоні між Московією й Україною. Щоправда, в Гетьманщині постійно перебували московські загони, котрі трактувались, однак, як «іноземні союзні війська», тимчасом як Малоросійський приказ, що завідував у Росії українськими справами, був частиною Посольського приказу, себто тогочасного «МЗС».
Первіснo [пише з цього приводу Зенон Когут] московським аргументом на користь розташування воєвод в Україні був захист від іноземної агресії. Кожен воєвода командував гарнізоном російських військ і не мав права втручатися в справи місцевої адміністрації. Поступово воєводи почали виступати проти козацької адміністрації на боці міщан, заохочуючи їх звертатися зі своїми скаргами безпосередньо до російських чиновників.
Ліквідація української автономії, на думку п. Когута, складалася з двох етапів. Перший, що розпочався 1764 року скасуванням гетьманського уряду і впровадженням генерал-губернаторства, можна означити як підготовчий. Основні українські інституції на цій стадії залишались незайманими (крім уже згаданого гетьманства, а також формально незалежної Запорозької Січі, ліквідованої в 1775 p.), проте відбулась непомітна прив'язка їх до імперської бюрократії та, сказати б, індивідуальна «обробка» козацько-шляхетської верхівки.
У 1782 році розпочався другий етап, на якому було ліквідовано українську адміністративну, фінансову і судову системи, знищено рештки церковної автономії, покріпачено селян, розпущено козацькі війська і впроваджено загально-імперську військову повинність. Ці заходи було здійснено досить швидко, буквально за кілька років, але, як переконливо показує у своїй книзі п. Когут, «для повного сприйняття імперської соціальної структури українському суспільству знадобилося більш як півстоліття».
Лише в 1830-х роках, з остаточною кооптацією української шляхти у дворянство й закріпленням за козаками статусу спеціальних державних селян, з переважною русифікацією українського кліру та лівобережних міст (включно з Києвом, де ще в середині XVIII ст. ні євреї, ні росіяни не мали права на постійне оселення - українські купці й ремісники захищали таким, типово середньовічним, чином свої корпоративні інтереси), лише з ліквідацією Магдебурзького права й залишків інших «малоросійських вольностей та привілеїв» українське суспільство уподібнилося до загально-імперської станової структури.
Зрозуміло, що найактивніше опирались асиміляції верхні шари суспільства, які, за поняттями того часу, власне й були «народом». В окремому розділі - про Законодавчу комісію 1767-68 років, створену Катериною для підготовки імперських реформ, - Зенон Когут переконливо показує автономістські тенденції, що виявилися при виборах українцями своїх делегатів та формулюванні для них відповідних наказів. Лише залякуваннями, репресіями та арештами генерал-губернатор Рум'янцев зумів пом'якшити радикалізм українських вимог, проте й це не врятувало Законодавчу комісію від монаршого невдоволення і, врешті, розпуску.
Подальша асиміляція української шляхти відбувалася на шляху її максимальної кооптації в імперські структури, надання всій верхівці дворянського статусу, державних посад і щонайширших кар'єрних можливостей у масштабах імперії. Мовна, культурна та, особливо, релігійна спорідненість двох народів теж сприяла асиміляції. Найфатальнішою, однак, виявилась офіційна концепція двох гілок одного «руського» народу, розділеного підступними польськими впливами і возз'єднаного тепер під скіпетром мудрого самодержця. Погляд на Україну як інтегральну частину Російської унітарної держави зробив, за слушним зауваженням З. Когута, «будь-які форми українського партикуляризму, навіть аполітичного і нешкідливого, тотожними підступництву, якщо не зраді». А проте «малоросійський» партикуляризм так і не був до кінця викорінений. 1824 року генерал Олександр Михайловський, відвідавши Україну, писав: