Резиденцією рейхскомісара України Е. Коха було обрано провінційне волинське містечко Рівне. Територія РКУ поділялася на 114 крайсгебітів, які об’єднували 431 район, а також 5 крайсгебітів міського типу (міста — Дніпропетровськ, Київ, Запоріжжя тощо) і 25 містечок окружного підпорядкування.
Східні області України: Чернігівська, Сумська, Харківська, Ворошиловградська (Луганська) й Сталінська (Донецька) — у момент повної німецької окупації території України перебували під управлінням військової адміністрації.
Територія української Галичини, згідно з декретом А. Гітлера від 17 липня 1941 р., переходила до складу Генерального губернаторства з центром у Кракові як п’ятий округ (дистрикт).
Частина українських земель, згідно з німецько-румунською угодою від 19 липня 1941 р., була передана Румунії під постійне (території, забрані Радянським Союзом у 1940 р.) або тимчасове (території, які розглядали як плату за участь у війні проти СРСР) управління. Ізмаїльська область УРСР та шість повітів Молдавської РСР, розташовані на західному березі Дністра, утворювали румунське губернаторство «Бессарабія» з центром у Кишиневі. Територія Чернівецької області України та деякі північні повіти Молдавії були об’єднані з Південною Буковиною в губернаторство Буковина (центр — Чернівці), а територія між Дністром та Південним Бугом (Одеська область, західні райони Миколаївської області, південні райони Вінницької області, східні райони Молдавської РСР) виділили в окремий регіон — губернаторство Трансністрія з центром в Одесі (керівник — професор Г. Алексяну). Трансністрія охоплювала 100 000 км2, з яких понад 80 % становили українські етнічні землі. Територія всіх трьох губерній поділялася на волості (пласти) й сільські громади (кошуки).
З березня 1939 р. українське Закарпаття перебувало під окупацією ще одного союзника гітлерівської Німеччини — Угорщини. 22 червня 1939 р. Державні збори Угорщини ухвалили закон «Про з’єднання Підкарпатських територій з угорською державою». На підставі цього документа з липня 1939 р. у Закарпатті почали запроваджувати цивільне управління. Головою адміністрації став спеціально затверджений для Закарпаття регентський комісар Підкарпатської території, який підпорядковувався й звітувався безпосередньо регенту М. Горті. З 7 грудня 1941 р. до березня 1944 р. посаду комісара обіймав доктор права В. Томчані. На території Закарпаття було створено три адміністративні одиниці — жупи: Ужанську (центр — Ужгород), Березьку (центр — Берегове), Мармароську (центр — Хуст). Жупи поділялися на округи (від 4 до 6 у кожній).
Ще на зламі 1940—1941 рр., щойно було затверджено план «Барбаросса», гітлерівці почали розробляти стратегічні плани економічної експлуатації майбутніх окупованих областей Східної Європи. Наприкінці лютого 1941 р. було завершено створення Економічного штабу «Ост», який очолив Г. Герінг. Практичні аспекти реалізації економічної політики на захоплених територіях СРСР рейхсмаршал авіації поклав на Г. Томаса. 21 лютого 1941 р. той видав наказ про створення Економічного штабу «Ольденбург», який мав розробити детальні механізми господарського керівництва та пограбування окупованих земель. Керівником штабу «Ольденбург» було призначено генерал-лейтенанта В. Шуберта. Штаб планував поділити все господарство окупованих областей на три групи: «М» — військова промисловість і транспорт, «Л» — продовольство й сільське господарство, «В» — сировинна й переробна промисловість, лісове господарство, фінансова та банківська сфери.
З метою економічної експлуатації захоплених територій Сходу нацисти створили так званий Східний економічний штаб. Він діяв при генерал-квартирмейстерстві головнокомандувача сухопутних військ безпосередньо в районі бойових дій. Коли територію передавали цивільній адміністрації, то, відповідно, до сфери її відповідальності переходили також питання економічного визиску. За господарським командуванням зберігалися лише функції безпосереднього забезпечення військ продуктами харчування.
Протягом окупації економічна політика зазнавала певного коригування залежно від ситуації на фронті, однак постійним залишався курс на тотальне вивезення всіх основних матеріальних цінностей і ресурсів із території України.
Кінцевою метою економічної політики нацистів в окупованій Україні мало стати її перетворення на «житницю Європи». Однак місця для українців у цій «житниці» не залишалося. Аналіз директив і наказів імперського міністра промислового й сільського господарства Г. Бакке свідчить про те, що кінцевою метою була організація в Україні масштабного голоду, який призвів би до максимального винищення міського та сільського населення регіону, а відтак відкривав би необмежені можливості для німецької колонізації українських земель.
Намагаючись зберегти тотальний контроль над сільським господарством України, нацисти заборонили розділяти колгоспні землі та майно, перейменувавши колгоспи на громадські господарства (громгоспи). Керівниками цих колективних сільськогосподарських підприємств на рівні районів призначали присланих із Німеччини «фахівців». Уже на середину весни 1942 р. в Україну прибуло 7613 німецьких окружних і районних сільськогосподарських керівників (ландвіршафтфюрерів). Нацисти запланували в травні-червні 1942 р. вилучити в селян, обмолотити й вивезти до Німеччини 1,3 млн т зерна з врожаю 1941 р. (цей урожай селяни зібрали самотужки й розділили між собою під час проходження фронту). На 1943 р. норми для України зростали. Г. Герінг вимагав, щоб Україна забезпечила продовольством «усю східну армію» й водночас дала для Рейху не менш ніж 3 000 000 т зернових.
З метою максимально ефективної експлуатації українського сільського господарства нацисти залучили до справи приватні німецькі компанії. Головним приватним гравцем на українському ринку стало Центральне торговельне товариство «Схід» («Централь-Ост»), що офіційно займалося заготівлею та збутом сільськогосподарської продукції. «Централь-Ост» заснувало в Україні 11 дочірніх компаній зі 130 філіями в усіх регіонах. Товариство встановило контроль над 31000 громадських господарств (колгоспів), 1875 державними господарствами (радгоспами), 900 МТС, 72 станціями рослинництва, 17 насіннєвими підприємствами.
Завдяки організованому грабунку українського сільського господарства Україна перетворилася на основну продовольчу базу гітлерівської Німеччини. 1942 року поставки з України забезпечили потреби вермахту й рейху в хлібі на 80 %, у м’ясі та м’ясопродуктах — на 83 %, у жирах рослинного й тваринного походження — на 74 %. Протягом років окупації з України було забрано 23 000 000 т зернових і борошна, 2 000 000 т картоплі, овочів і фруктів, 100 000 т бобових, 610 000 т соняшникового насіння, 35 000 т масла, 4500 т меду, 155 000 т цукру, 10 000 т повидла, 320 000 000 яєць, 5000 т бавовни, 7000 т вовни, 55 000 т коноплі та льону, 250 000 л пива, 70 000 л спирту, 7 600 000 голів великої рогатої худоби, 9 300 000 свиней, 7 000 000 овець і кіз, 59 200 000 голів домашніх птахів, З 300 000 коней, 6000 т риби тощо. З машинно-тракторних станцій України німецькі окупанти та їхні союзники вивезли 56 128 тракторів і 24 128 комбайнів. Під час відступу німці, румуни та угорці знищили 230 000 сільськогосподарських споруд, спалили 18 000 000 гектарів посівів, 114 000 гектарів садів і виноградників.
Плануючи перетворити Україну на цілком аграрний регіон після своєї евентуальної перемоги, гітлерівці на початку війни прагнули повністю знищити її промисловий потенціал. Однак через півтора місяці війни, до початку серпня 1941 р., більш-менш адекватним лідерам гітлерівської держави ставало дедалі зрозуміліше, що «бліцкріг» уже провалився. Відтак постало питання про можливе використання української промисловості й кадрового потенціалу. 5 серпня 1941 р. А. Розенберг підписав розпорядження про запровадження системи обов’язкової трудової повинності для жителів східних окупованих областей. Усі працездатні громадяни віком від 15 до 65 років мали стати на облік у конторах так званих бірж праці. Це дозволило нацистам отримати реєстр наявних кваліфікованих робітників і фахівців промислового виробництва.