Окрім голоду, міста пережили «атаку» епідемічних хвороб. Так, у 1942 р. захворюваність на висипний тиф зросла порівняно з 1940 р. у 75 разів, черевний тиф — у 12 разів, дифтерит — у 18 разів. Прогресування цих хвороб посилювалося через запровадження системи платної медицини (якою через відсутність грошей місцеві жителі не могли користуватися) та часткове знищення наявних медичних закладів.
Унаслідок високої смертності від голоду, холоду й хвороб, великого відтоку міського населення в села, виїзду на роботу в Німеччину, масових розстрілів тощо населення українських міст катастрофічно скоротилося: у Києві — з майже 900 000 до 180 000, у Дніпропетровську — з 550 000 до 187 000, у Полтаві — зі 130 000 до 90 000, у Вінниці — з 96 000 до 35 000 тощо.
Формування системи безпеки в окупованій Україні. Проблема колабораціонізму
Створення системи безпеки на окупованих землях СРСР А. Гітлер доручив керівникові СС Г. Гіммлеру й підпорядкованій йому Центральній службі безпеки Рейху (РСХА). Ще на початку червня 1941 р. керівництво поліції безпеки (СП), служба безпеки (СД) і командування вермахту досягли домовленості про створення спеціальних груп (айнзацгруп), які мали діяти на окупованій території одразу ж після проходження фронту. Загалом було сформовано чотири айнзацгрупи — «А» (для Прибалтики), «Б» (для Білорусії), «Ц» (для північної та центральної частини України), «Д» (для Бессарабії, Південної України, Дону, Кубані та Кавказу). Кожна група складалася з чотирьох або п’яти айнзацкоманд і зондеркоманд. Групи налічували 500—1000 осіб, а команди — 100—200 осіб. Головним завданням айнзацгруп було гарантування так званої політичної безпеки на окупованих територіях — як у зоні бойових дій, так і в тилу. «Фахівці» з цих підрозділів мали «очищувати» територію від євреїв, комісарів, комуністів, радянських агентів, співробітників НКВС, партизанів, підпільників тощо. Усі накази на знищення «небажаних елементів» мали надходити безпосередньо від рейхсфюрера СС Г. Гіммлера або керівника Головного управління поліції й безпеки Рейху Р. Гейдріха.
Однак, окрім винищення євреїв, комісарів чи комуністів, до поняття «безпека» в нацистському розумінні цього слова мала належати й охорона військових та цивільних об’єктів, боротьба з підпіллям, стягнення продовольчих контингентів із населення, боротьба з криміналітетом тощо. Відповідно, з моменту встановлення цивільної окупаційної адміністрації в Україні було створено специфічну систему безпеки. Тут діяли відділення німецької державної таємної поліції (гестапо). У містах було створено відділки кримінальної поліції (кріпо), у яких поряд із німецькими криміналістами працювали також колишні радянські (або польські в Західній Україні) фахівці, які знали місцевий кримінальний світ і часто продовжували виконувати свої обов’язки й під час окупації.
Охорону громадського порядку, адміністративних органів, військових об’єктів тощо забезпечувала німецька охоронна поліція (шуцполіцай, або шупо) та німецька поліція порядку (орднунгсполіцай, або орпо). Також до охоронної роботи були залучені надані вермахтом підрозділи польової жандармерії, охоронні дивізії (№ 444,213,454,403), окремі охоронні полки (№ 4, 46, 57) та війська союзників Німеччини — угорців, румунів, словаків, італійців.
Уже восени 1941 р. окупаційна влада зіткнулася з браком військ та поліції для несення охоронної служби й підтримання елементарного порядку на окупованих територіях. З метою запобігання хаосу та безладдя в окупованій Україні (як і в інших регіонах СРСР) німці почали формувати відповідні служби з місцевого населення та військовополонених для забезпечення порядку й охорони.
Спершу було організовано так звану Службу порядку, яка підпорядковувалася німецькій поліції порядку. Ця служба не мала сталого обмундирування, використовувала як форму радянський військовий одяг або цивільне вбрання. Служба порядку (у народі називана поліцією) лише в 1942—1943 рр. отримала застарілі зразки форми загальних СС. Видимою відзнакою поліції була біла пов’язка з печаткою німецького військового або поліційного коменданта. В Україні налічувалося близько 170 000 співробітників Служби порядку.
Бійцям Служби порядку спершу не видавали зброї (вони мали обходитися дерев’яними палицями). Згодом дозволили озброїти 10 % особового складу, і лише на зламі 1942—1943 рр. усі службовці отримали радянську трофейну зброю. Паралельно зі Службою порядку в сільській місцевості в 1942 р. було створено спеціальні загони, які мали стерегти врожаї від підпалів із боку радянських диверсантів і підпільників. Для охорони промислових підприємств німці створювали напіввоєнізовані формування з місцевого населення або колишніх військовополонених — веркшуци, бійці яких носили чорну уніформу й інколи мали при собі радянську трофейну зброю.
Важливі військові об’єкти, склади, залізниці, мости тощо охороняли спеціально сформовані з місцевого населення та колишніх військовополонених охоронні підрозділи (шуцманшафт, або шума), які підпорядковувалися охоронній поліції (шупо) і формувалися здебільшого в обсязі батальйонів. На території РКУ було сформовано 53 батальйони шуцманшафту. Ще 13 батальйонів шума (10 українських і 3 польські) було створено в дистрикті Галичина, 9 українських охоронних батальйонів організували в Білорусії й Прибалтиці з військовополонених українців. Загалом на службі в 72 українських батальйонах шуцманшафту перебувало 35 000 — 40 000 осіб. Окрім того, в Україні було сформовано два батальйони, підпорядковані СД, залізничну поліцію та пожежні частини, які також підпорядковувалися системі охоронної поліції. Загальна кількість усіх українських службовців шупо й СД (шуцманшафтбатальойни, батальйони СД, пожежники, залізнична поліція) становила 80 000 осіб.
Разом з українськими батальйонами шуцманшафту в Україні охоронні функції виконували батальйони, створені з росіян, донських та кубанських козаків, литовців, латишів, естонців, азербайджанців, узбеків, волзьких татар, башкирів та інших народів СРСР. У Криму німецькою та румунською адміністрацією було сформовано 8 батальйонів шуцмашафту з кримських татар та окрему гірсько-єгерську бригаду СС із татар (загалом до 15 000 осіб), яку використовували для боротьби з партизанами.
З проблемою формування поліцейських структур із місцевого населення України та військовополонених червоноармійців пов’язане надзвичайно складне питання колабораціонізму. Класично колабораціонізм визначають як співпрацю з окупантами громадян окупованої держави. Однак для України ця проблема в роки Другої світової війни набула специфічних ознак. Українці не мали власної повноцінної державності до війни й далеко не всі вважали себе громадянами СРСР. Жителів колишньої підпольської або підрумунської України, згідно з нормами міжнародного права, не могли вважати громадянами СРСР, бо таке громадянство було надане їм унаслідок анексії Радянським Союзом певних територій, хоча й польське та румунське громадянство українців не приваблювало, бо ці держави також свого часу окупували українські землі. Ще більше людей не вважали за доцільне зберігати лояльність до радянського режиму, який у довоєнний період відзначився репресіями проти українського народу. Тому щодо України термін «колабораціонізм» слід застосовувати з певними застереженнями. На відміну від Польщі, Франції, Голландії, Бельгії, Данії, Греції, Чехії, Росії, у нашій країні класичного колабораціонізму не існувало. Співпраця з окупантами українців, білорусів, литовців, латишів, естонців, грузинів, татар, вірмен чи азербайджанців була колабораціонізмом із радянської точки зору. Представники названих національностей, які співпрацювали з німцями або служили їм, не зраджували своїх держав, бо таких не існувало в природі. Водночас частина українців, які пішли на співпрацю з німецьким окупаційним режимом, діяла відверто на шкоду своїм співгромадянам: односельцям, сусідам, колегам, в’язням у німецьких таборах тощо, брала участь у каральних акціях проти мирного населення, у знищенні єврейських гетто, і це незаперечні факти.