Багато сумнівів викликає й правомірність застосування поняття «партизанський рух» щодо діяльності радянських партизанських загонів. Деякі з подібних формувань дійсно виникли в результаті ідеологічно вмотивованої ініціативи щирих радянських патріотів. Однак у цілому радянські партизанські загони являли собою не повстанські формування, а диверсійні підрозділи, створені з ініціативи силових структур радянської держави й цілком підпорядковані центральному командуванню. Ними керували та забезпечували постачання з-за лінії фронту, і діяльність цих формувань обумовлювалася не позицією й інтересами населення, а наказами керівництва.
30 червня 1941 р. для підготовки партійних організацій до роботи в підпіллі була створена спеціальна оперативна група ЦК КП(б)У, яка відповідала за комплектування підпільних партійних органів. Ключову роль відводили підпільним обкомам. Зазвичай до їх складу призначали 3—5 осіб із числа місцевих партійних керівників. Вони мали керувати підпіллям і відповідали за розгортання боротьби проти окупантів на певній території. У разі провалу першого секретаря хтось із територіальних секретарів мав очолити обком. Подібним був принцип комплектування міськкомів і райкомів партії.
На практиці, однак, було складно дотриматися запланованої стрункої партійної ієрархії комітетів і груп. Проблемою було те, що переважна більшість комуністів, яких залишали на окупованій території, не мала жодного досвіду нелегальної роботи. Через розгубленість і паніку перших днів війни сформувати партійне підпілля в західних областях УРСР до окупації не вдалося взагалі. Так само в дуже складних умовах відбувалася підготовка до переходу на нелегальне становище в Житомирській, Кіровоградській, Миколаївській та Одеській областях.
Обкоми та райкоми компартії лівобережних областей зазвичай встигали ґрунтовніше підготувати підпільні комітети до роботи. Окрім розв’язання кадрових питань, готували також матеріально-технічну базу: створювали запаси зброї, боєприпасів, продовольства, технічних засобів пропаганди. Ретельність підготовки не давала жодних гарантій ефективної роботи створюваних підпільних органів. Успіх насамперед залежав від особистих якостей місцевих керівників та правильного підбору виконавців. Якщо на Чернігівщині, попри втечу багатьох місцевих партійних функціонерів, для підпільної роботи в тилу ворога все ж залишилася принаймні частина керівного ядра довоєнного обкому на чолі з М. Попудренком і С. Коротковим, то на сусідній Сумщині керівництво партійного підпілля втекло за наближення німецьких військ, залишивши партизанські загони, що формувалися в області, без зв’язку й засобів до існування. Те саме відбувалося в Запорізькій, Сталінській та інших областях.
В офіційних виданнях радянської доби вказано, що протягом червня-жовтня 1941 р. було створено 23 підпільні обкоми КП(б)У 685 міськкомів і райкомів, 4316 підпільних організацій і груп, які налічували у своєму складі понад 26 000 комуністів. У таємній на той час довідці ЦК КП(б)У про організацію підпільних партійних організацій і партизанських загонів на території УРСР станом на 10 жовтня 1941 р. названі суттєво відмінні цифри — 5500 комуністів та близько 1000 комсомольців.
Переважна більшість учасників комуністичного підпілля, залишених на окупованій території, загинула, була ув’язнена чи зреклася подальшої боротьби вже в перші місяці війни. У період із вересня 1941 р. до липня 1942 р. було розгромлено партійне підпілля в Києві, обласні та значну частину районних комітетів у Харківській, Дніпропетровській, Одеській, Кіровоградській, Полтавській областях, на окупованій території Донбасу. «Основними причинами арештів і провалів у діяльності підпільних організацій, — відзначав у звіті Харківський обком, — були зрада й порушення конспірації».
Окрім централізовано створюваної мережі комуністичного підпілля, в Україні діяли підпільні групи, які виникали спонтанно. Учасниками таких груп були радянські патріоти (не обов’язково з числа комуністів), які відчували обов’язок чинити опір окупантам і були готові ризикувати життям заради власних ідеалів. Здебільшого до складу таких груп входила прокомуністично налаштована молодь, інколи підлітки чи майже діти (є дані навіть про участь 11-річних дітей).
Найбільш відомим прикладом такої організації була «Молода гвардія», прославлена в однойменному романі А. Фадєєва. Коли керівники партійного підпілля, залишені в Краснодоні, утекли з коштами, призначеними для забезпечення підпільників, а ті, хто залишився, узагалі не виявляли жодної активності (про це, звісно, не йдеться в романі), місцеві патріоти-комсомольці об’єдналися для боротьби з окупантами. Відомо також про діяльність комсомольських підпільних груп у різних містах України: Ніжині (керівник — Я. Батюк), Малині (П. Тараскін і Н. Сосніна), Полтаві (Л. Убийвовк), Кривому Розі (М. Решетняк).
Обставини діяльності подібних груп були далекими від ідеального образу, тиражованого радянською мистецькою пропагандою після війни. Приміром, за свідченнями одного з учасників «Молодої гвардії», деякі герої-молодогвардійці, зокрема лідер організації (за версією А. Фадєєва) О. Кошовий, були не тільки підпільниками, а й злодіями та спекулянтами. О. Кошового насправді заарештували не через зраду, а цілком випадково, під час спроби перепродати вкрадені з німецької вантажівки продукти.
Здебільшого діяльність комсомольських груп була малоефективною. Окрім суцільної імпровізації й особистої відваги учасників, їм нічого було протиставити професійним діям німецької контррозвідки. Через відсутність будь-яких навичок конспірації молоді підпільники рідко діяли протягом тривалого часу й зазвичай гинули впродовж кількох тижнів після створення організацій.
Власну підпільну мережу формували радянські органи держбезпеки та внутрішніх справ. НКВС і НКДБ, відступаючи, просто залишили після себе підготовану в мирний час агентурну мережу. Серед найбільш відомих сьогодні розвідувально-терористичних формувань, заснованих органами держбезпеки, були групи І. Кудрі в Києві, В. Лягіна в Миколаєві, В. Молодцова (Бадаєва) в Одесі. Деякі з цих угруповань із часом ставали керівними центрами великих партизанських формувань.
Перебуваючи на окупованій території, спецгрупи органів держбезпеки не лише здійснювали розвідку, а й продовжували роботу за своєю основною спеціалізацією — вели боротьбу з «внутрішнім ворогом». Вони зазвичай уникали боїв, концентруючись, окрім розвідки, на терорі проти представників окупаційної адміністрації — німців та їхніх підсобників із місцевого населення.
Загалом за час відступу частин Червоної армії на схід (1941—1942 рр.) структури НКВС-НКДБ залишили на окупованій території понад 12 000 агентів. Ще близько 4000 осіб у перший період війни було перекинуто через лінію фронту. Втрати серед цієї краще законспірованої агентури були меншими, ніж із-поміж партійного підпілля. Але за відсутності надійного зв’язку з командуванням ефективність її роботи також не відзначалася високою результативністю.
Радянський партизанський рух (1941—1944 рр.)
Компартійні органи радянської України діяли в тісному контакті зі структурами НКВС-НКДБ, які мали виконували основну технічну роботу з організації боротьби на окупованій території. Уже 5 липня 1941 р. було створено Особливу групу при НКВС СРСР. Керівником групи був призначений П. Судоплатов — відомий радянський розвідник і терорист, організатор убивств Є. Коновальця й Л. Троцького. Після низки реорганізацій Особлива група була перетворена на самостійне 4-те (так зване партизанське) управління НКВС СРСР. З 14 квітня 1943 р., коли з НКВС було виділено народний комісаріат держбезпеки, 4-те управління було включене до складу НКДБ СРСР.
У прифронтових республіках та областях із цією ж метою 24 серпня 1941 р. були утворені 4-ті відділи НКВС-УНКВС з організації винищувальних батальйонів, партизанських загонів і диверсійних груп у тилу супротивника й керівництва їхньою бойовою й оперативною діяльністю. В Україні 4-те управління очолив заступник наркома внутрішніх справ УРСР Т. Строкач.