Под руководством принца, постепенно признанного во всех городах, в 1572 г. началось рождение Нидерландской республики. Очень важным было принятие принцем кальвинизма. Нельзя утверждать, что это произошло исключительно по политическим мотивам. Еще до 1568 г. чувствовалась перемена в религиозных взглядах Оранского. Тесное общение с кальвинистскими теологами и политиками подготовило это событие. Нас не должно удивлять, что влияние лютеранского воспитания принца при брюссельском дворе быстро исчезло. По его поведению после 1563 г. становится ясно, что постоянное общение со своей семьей, родственниками первой жены, посещения других родственников и озабоченные письма матери не остались без следа. Переписка принца в этот период показывает его религиозную позицию, не лишенную истинной набожности. Из переговоров о браке с Анной Саксонской можно сделать вывод, что его католические убеждения были очень нетвердыми и вера не была связана с католической церковью. Тяжелые времена после июня 1566 г., когда он жил в Антверпене, частые беседы с кальвинистскими и лютеранскими проповедниками и купцами, в определенном смысле позиция политического отмеживания лютеран, видимо, сделали актуальной для его политики вопросы религии. Высказывание принца в сентябре 1566 г., что самым важным для него является не церковная догма, а искренняя вера в Бога, раскрывает перед нами человека, который внутренне не чувствует потребности ни в одной форме вероисповедания, но мыслит как глубоко верующий человек.
Только когда судьба принесла ему тяжелые испытания, последовали внутренний перелом и осознание божественного промысла. В июне 1567 г. Вильгельм пишет ландграфу Гессенскому: «Мы от всего сердца стремились укрепить нашу душу и совесть, читая и перечитывая святое Божественное Писание и здесь и за пределами нашего нидерландского графства и владений…» Он искал религиозного разъяснения и даже выразил желание, чтобы в Гессене ему в этом помог лютеранский пастор Целль из Трейезы. Целль, вероятно, не приехал. Известно, что в это время в Дилленбургском замке находился кальвинистский теолог, друг адмирала Колиньи л'Уазелер. Приготовления к военной кампании, вероятно, прервали беседы принца о лютеранской религии с гессенским ландграфом. Вместо него с 1568 г. установился прямой контакт с гугенотами, Колиньи, Фридрихом III Пфальцским, немецкими и фламандскими теологами в Гейдельберге и с его прежним сподвижником Филиппом Марниксом Сент-Альдегонде, которого ему «одолжил» курфюрст, ван Везенбеке, чей брат еще в 1558 г. организовал кальвинистские общины на Нижнем Рейне. Подготовка Эмденского синода (1571 г.), союз всех нидерландских тайных кальвинистских общин и провинциальный Бедбургский синод, являющийся важным для военных приготовлений к борьбе за религиозную свободу, побудили к прямому сотрудничеству принца и кальвинистов. Между тем в местах поселения фламандских и нидерландских изгнанников — Рейнской области, в Вестер-вальде и Курпфальце — были основаны тайные кальвинистские общины. Оранский часто беседовал с их представителями. Установление в 1571 г. Эмденским синодом тесной связи между религиозной свободой и политической борьбой подтверждает, что принц уже тогда нашел путь к кальвинистским взглядам. В 1537 г., вероятно, еще до октября 1537 г. он официально и торжественно (в Дельфте или Дордрехте) перешел в кальвинизм.
Характерной для религиозной позиции принца являлась терпимость по отношению к католикам и лютеранам, которая имела и политические причины: после 1572 г. почти 90 % нидерландского населения исповедовало католицизм; такие важные помощники Оранского, как граф Хоогштратен, Антуан де Лален, Пауль Бюис не были кальвинистами. Свобода вероисповедания считалась непременным условием для того, чтобы добиться сотрудничества всех нидерландцев и германских лютеранских принцев. Для политического развития терпимость представляла собой необходимость, для Оранского же она являлась внутренним убеждением, возникшим еще задолго до борьбы. Для политического и военного развития было очень важно, что принц в 1568 г. вступил на путь кальвинизма, хотя из-за этого постепенно оборвалась связь с лютеранскими принцами и друзьями.