Епископ Гранвелла, верный министр короля, должен был стать Мехельнским архиепископом с двумя архиепископами в качестве помощников, а также примасом Нидерландов. Благодаря этому Нидерланды становились независимой церковной провинцией без связей с Кельном и Реймсом, которым прежде подчинялись. При каждом епископе должны были находиться два представителя Инквизиции для надзора за католическим вероисповеданием населения. В Государственном совете намеревались дальше проводить в жизнь планы короля.
Эти нововведения содействовали бы процветанию католической церкви и духовенства, но для народа олицетворяли ужасы испанской Инквизиции. План создания новых епископатов повсюду вызвал сопротивление, и многие города отказались принять вновь назначенных епископов (среди них Антверпен и Босх… в Брабанте!). Гранвелла выработал план, по которому новые епископы могли быть также аббатами или прелатами, и доходы аббатства тогда переходили бы к новому епископу.
Оппозиция активизировалась: прелаты хотели остаться на своих местах и сохранить доходы аббатств. Пришли в движение также и генеральные штаты. Прелаты как члены духовного сословия в штатах поддержали оппозицию в нидерландском национальном, антииспанском духе. Были опасения, что теперь епископы, креатуры короля, займут все места в штатах и ослабят оппозицию. По этому пункту интересы дворянства совпали с интересами сословий и духовенства. Раньше сан епископа получали выходцы из знатных дворянских семей, теперь эта привилегия у дворянства была отнята! Противостояние городов, духовенства и штатов поддержала высшая аристократия, и в первую очередь граф Эгмонт и принц Оранский. На землях принца находилось много владений норбертинских аббатств. Он всегда поддерживал добрые отношения с прелатами, и они часто гостили в замке Бреда. Их отсутствие на заседаниях штатов сильно ослабило позицию принца, а вместе с ним и высшего дворянства. Из-за сопротивления прелатов, а также благодаря вмешательству Рима, план Гранвеллы был отложен на многие годы. Отношения Оранского и Гранвеллы сильно осложнились тем, что последний (кардинал с 1561 г.) в непокорности духовенства и сословий не без оснований увидел влияние Оранского.
Оранский и Эгмонт не были привлечены к обсуждению реорганизации в Государственном совете, но внешне все выглядело так, будто они несли за нее ответственность. То же самое произошло при рассмотрении весьма щекотливого вопроса о выводе из Нидерландов испанских войск. Принц упорно возражал против подобной практики: в июле 1561 г. они с Эгмонтом отправили королю резкое письмо, в котором требовали обсуждения всех дел на пленарном заседании совета. Ответа не последовало, и оппозиция усилилась. Друг Оранского Филипп де Монморанси, граф Горн, теперь уже в Государственном совете стал на сторону Оранского и Эгмонта, и они втроем противостояли планам короля об использовании специального отряда кавалерии в войне против французских гугенотов. После этого от Гранвеллы и правительницы — с 1559 г. Маргариты Пармской — поступила жалоба Филиппу: Оранский и его друзья вызывают беспорядки в стране.
Вильгельм и его коллеги в Государственном совете вынесли дело об аббатствах и кавалерийском отряде на собрание рыцарей ордена Золотого Руна, в результате чего королю Франции было отказано в любой помощи в его борьбе против гугенотов на том основании, что это вызовет неодобрение и раздражение германских князей. В событиях видна рука Оранского: благодаря его браку с Анной Саксонской, дочерью покойного курфюрста Морица, в августе 1561 г. усилилось влияние гессенских и саксонских родственников.
Из собрания рыцарей Золотого Руна в мае 1562 г. образовалась лига дворян, которая под предводительством принца выступала против Гранвеллы и абсолютистской политики короля. От ее имени Оранский потребовал на Государственном совете созыва Генеральных штатов. В этом оппозиционном движении, в основном направленном против всемогущего Гранвеллы, Оранский являлся руководящей фигурой и в качестве таковой был признан как друзьями, так и врагами.
Правительница и Гранвелла опасались, что Оранский и его друзья будут противостоять правительству и королю, применяя насильственные методы. Недовольство короля выразилось в том, что он не послал принца в качестве своего уполномоченного на рейхстаге во Франкфурте, который собрался по поводу избрания Максимилиана II. После этого Вильгельм совершил вызывающий поступок — отправился туда по собственной инициативе и оставался там до декабря, вел переговоры с германскими делегациями об участии рейхстага в борьбе против религиозных преследований.