„Така до 9 септември 1944 г. в България има 8 висши учебни заведения: Софийският университет, 3 висши икономически училища в София, Варна и Свищов, и столичните Висше техническо училище, Художествена академия, Музикална академия и Висше училище за телесно възпитание.“11 След 9 септември 1944 г. правителството реабилитира всички ученици, студенти и преподаватели, които са били отстранени по политически причини от буржоазната власт. Правата на българските евреи се възстановяват. МС с постановление решава българския държавен университет в Скопие, открит през войната, да се закрие. Неговите студенти и преподаватели в преобладаващата си част се вливат в структурите на Софийския университет „Климент Охридски“.12 След установяване на режима на ОФ се предприемат репресивни действия спрямо част от научния състав във висшите училища. Чистката силно занижава преподавателския капацитет. В същото време приема на студенти е завишен, което обстоятелство води до влошаване качеството на висшето образование.13 Започва коренна промяна във всички сфери включително и във висшето образование. Започва тотална държавна доминация. Издигат се лозунги, които трябва да покажат на масите, че новият строй е правилния.
„9. IX. 1944 г. е началото на нова епоха в историята на България, това е денят, в който тя под мъдрото ръководство на БКП започна строителството на новото социалистическо общество. Още в самото начало на това строителство беше ясно,. че науката е призвана да изиграе важна роля в изграждането на новия живот. Социализмът и науката са неотделими.“14 През май 1945 г. Висшият учебен съвет (ВУС) е възстановен, след 11-годишно прекъсване. Членовете му приемат т. нар. тезиси, с които рамкират българското образование.
В тезисите се изтъква, че „истинското демократизиране на висшето образование изисква при приемането на студентите да се държи сметка за социалното им положение и техните обществени и политически прояви.“ Този тезис за дълго време ще остане в практиката на Софийския университет.
ВУС приема да има вечерно и задочно обучение, както и да се открие аспирантски институт за подготовка на научни кадри.15 През пролетта на 1945 г. правителството се опитва да прокара идеята за децентрализиране на висшето образование. Но столичните висши училища се обявяват против изнасянето на завършени факултети в провинцията. Академичната общност подкрепя децентрализирането на висшето образование, но с изграждане на нови висши училища в провинцията, които постепенно да се утвърдят. Управляващите се вслушват в протеста на академичната общност и преустановяват своите планове.
ВУС по отношение на висшето образование приема, че трябва да се основат нови висши училища, трябва книгите с т. нар. профашистко съдържание да се изземат от библиотеките и достъпа до тях да бъде строго регламентиран. Книги с такова съдържание могат да се използват за научни цели. ВУС не е доволен от чистката в края на 1944 г. и излиза със становище, че се налага нова чистка. Започва ново прочистване, което довежда до отстраняването на много преподаватели и студенти от висшите училища. Мотивът естествено е профашистка дейност.16 Чистката сред преподавателите 1944–1946 г. засяга общо 80 професори, доценти и асистенти, като МНП разяснява, че те са уволнени заради своята преподавателска дейност и рестрикциите не засягат научните им занимания. Тази позиция на министерството идва след като академичната общност започва да изразява своето несъгласие от крутите мерки, които рязко снижават качеството и научния капацитет на висшето образование.17 В края на януари 1945 г. в университета приключва първият основен етап на вътрешна дефашизация. Негово съдържание е освобождаване на академичното тяло от реакционните в идеологическо отношение преподаватели, подмяна на ръководството на факултети и институти.
12
Колектив, История на Софийския университет „Климент Охридски“, унив. изд. „Климент Охридски“, С, 1988 г., с. 236
13
Дойчинов, Божидар, Промени в структурата на висшето образование в България (9 септември 1944 — 1948 г.), ист. прегл., 1991, № 1, с. 45
14
Дойчинов, Д., Развитието на Математическия факултет през периода 1944–1969 г., сп. Физ. — математ., 1969 г., кн. 3, с. 189–190
15
Колектив, История на Софийския университет „Климент Охридски“, унив. изд. „Климент Охридски“, С, 1988 г., с. 239–240
16
Дойчинов, Божидар, Промени в структурата на висшето образование в България (9 септември 1944 — 1948 г.), ист. прегл., 1991, № 1, с. 48–49
17
Колектив, История на Софийския университет „Климент Охридски“, унив. изд. „Климент Охридски“, С, 1988 г., с. 238