Во время гражданской войны, вместе с родителями, братьями и сестрой, Михаил был эвакуирован в Югославию, где поступил в Белградский университет и окончил богословский факультет в 1925 году, зарабатывая на существование продажей газет. Горячо им любимый владыка Антоний оказался тоже заграницей и теперь стал Первоиерархом Зарубежной Церкви, и Михаил оставался с ним в контакте. В 1924 году в русской церкви в Белграде он был посвящен в чтецы самим Митрополитом, а через два года в Мильковском монастыре им же был пострижен в монахи и посвящен в иеродиаконы, причем с именем его дальнего родственника святителя Иоанна Тобольского. На Введение во Храм Пресвятыя Богородицы юный инок стал иеромонахом. В эти годы он был законоучителем в Сербской Государственной гимназии, а с 1929 года стал преподавателем и воспитателем в сербской семинарии Охридской епархии в городе Битоле, так называемой “Богословии” святого Иоанна Богослова. И тут впервые открылась его дивная жизнь.
3. Битольский праведник
Охридской епархией в то время управлял епископ Николай (Велимирович) — сербский Златоуст, известный проповедник, поэт и вдохновитель народно-просветительного движения. Он очень ценил и любил молодого иеромонаха Иоанна, не раз говоря: “Если желаете увидеть живого святого, пойдите в Битоль к отцу Иоанну”. И действительно, стало очевидным, что это был совершенно особенный человек. Он постоянно и беспрерывно молился, ежедневно служил Божественную литургию, строго постился, ел только один раз в день поздно вечером, никогда не гневался и с особой отеческой любовью вдохновлял студентов высокими христианскими идеалами. Студенты первыми обнаружили его великий подвиг аскетизма: они заметили, что он не ложится спать и что, когда все засыпали, он по ночам начинал ходить по общежитию, осеняя крестным знамением спящих; кому поправит одеяло, кого потеплее укроет, делая это, углубясь в Иисусову молитву. Наконец, убедились, что он не спал на кровати, и если засыпал, то только когда от изнеможения его сковывал сон во время земного поклона в углу под иконами. Шалуны даже кнопки клали ему под простыни, дабы убедиться, ляжет ли он на кровать. Много лет спустя он сам признался, что со дня его иноческого пострига он не спал лежа на постели.
Такое самоумерщвление очень редко, так как крайне тягостно. Великий основатель киновийных монастырей преп. Пахомий Великий, когда получал правила монашеского жития от Ангела, услыхал следующее по поводу сна: “Спать братия не должны лежа, но пусть устроят себе седалища с отлогими задниками и спят на них сидя” (правило 4).
На Охридском озере в монастыре преп. Наума находились чудотворные мощи преп. Наума Охридского, ученика и сподвижника-миссионера свв. Кирилла и Мефодия. Иеромонах Иоанн очень чтил этого Святого, который считается особенно скорым целителем душевнобольных. Со святой иконой преп. Наума он ходил по больницам и читал молитвы над больными, что делал впоследствии и в Китае над китайцами. За несколько дней до своей кончины он без всякой видимой причины снял со стены в своей домовой церкви в Сан-Франциско иконы преп. Наума и св. Иоанна Крестителя и положил на аналое посреди храма. Через несколько дней, увидав иконы, все поняли значение выноса этих икон — в канун памяти преп. Наума Владыка умер, а погребен был в день Рождества Иоанна Предтечи.
По просьбе местных греков и македонских прихожан служил он Божественную литургию на греческом языке и очень этим их к себе расположил. Его известность росла, и в 1934 году было решено возвести его в епископы. Но сам он был далек от этого: когда его вызвали в Белград, ему и в голову ничего подобного не приходило, как это видно из рассказа одной его знакомой по Югославии. Как-то встретившись с ним в трамвае, спросила, по какой причине он в Белграде, на что он ответил, что приехал в город, так как по ошибке получил сообщение вместо какого-то другого иеромонаха Иоанна, которого должны были посвятить во епископы. Когда же на другой день она опять его увидала, то он сообщил ей, что, увы, ошибка оказалась хуже, чем он ожидал, ибо именно его решили посвятить во епископа. Когда воспротивился, выставляя свое косноязычие, то ему коротко сказали, что и пророк Моисей имел такое же затруднение.
Посвящение состоялось 28–го мая 1934 года. Владыка был последним и самым великим из целого сонма епископов, посвященных митрополитом Антонием, и исключительно высокое уважение, которое этот маститый Иерарх имел к новому епископу, он выразил в письме к архиепископу Димитрию на Дальний Восток. Отказываясь от предложения уйти на покой в Китай, он писал: “Друг, я уже настолько стар и слаб, что не могу думать ни о каком путешествии, кроме путешествия на кладбище… Но вместо себя самого я, как мою душу, как мое сердце посылаю к Вам владыку епископа Иоанна. Этот маленький, слабый человек, почти ребенок с виду, является каким-то чудом аскетической стойкости и строгости в наше время всеобщего духовного расслабления!”