“Когда человек снабдит душу свою Словом Божиим, — учил преп. Серафим Саровский, — тогда исполняется он разумением того, что есть добро и что есть зло,” и таким образом смысл подвига оправдывается на деле именно распознанием, где правда и где ложь. Так и Владыка показал подлинность своего подвига, когда трезво показал соблазн в Московской Патриархии и этим спас массу православных русских людей, соблазненных советской “русскостью”, и вывел, подобно Моисею, на свободу верных сынов Зарубежной и грядущей Руси.
В конце войны со стороны Московской Патриархии были сделаны усиленные уговоры и давления на русское заграничное духовенство с целью подчинения патриарху Алексию, преемнику Сергия, которого Сталин поставил в патриархи, желая использовать религиозные чувства русского народа, чтобы приостановить стихийный переход населения к немецким войскам как освободителям от ненавистного коммунистического ига. К 1939 году Православная Церковь внешне была почти уничтожена; несмотря на предательское “сергианство”, на много миллионов верующих на свободе оставалось лишь несколько иерархов. А тут вдруг выборы патриарха! Везде демонстрировался документальный фильм о выборе патриарха, бьющий на национальное чувство верующих. В Китае все иерархи, кроме владыки Иоанна, соблазнились “сергианством” и перешли в Церковь в СССР, вопреки клятве, данной Зарубежному Синоду. Весной 1946 года Владыка подвергался особенно сильному давлению и угрозам как со стороны своего правящего архиерея архиепископа Виктора, так и со стороны назначенного быть экзархом патриарха Алексия на Дальнем Востоке митрополита Нестора, на что владыкин ответ был прост, ибо ему все было ясно: “Я подчиняюсь Заграничному Синоду, и как он мне укажет, так я и должен поступать”. После долгого военного перерыва пришел Указ Архиерейского Синода о возведении епископа Иоанна в Архиепископы с непосредственным его подчинением Архиерейскому Синоду. Когда архиепископ Виктор “отстранил” архиепископа Иоанна своим указом и запретил его в священнослужении, то владыка Иоанн, вместо того чтобы покинуть собор, возшел на амвон и сказал молящимся, что он отстранен архиепископом Виктором за то, что остался верен присяге, данной Зарубежному Синоду, которую они оба приносили. Он говорил: “Я подчинюсь этому указу в том лишь случае, когда мне докажут Священным Писанием и законами любой страны, что клятвопреступление есть добродетель, а верность клятве есть тяжкий грех”. И отслужил полностью всю литургию. Народ заступался за Владыку, а он в пламенных проповедях разъяснял своей пастве, почему Зарубежная Православная Церковь не признает давления Московской Патриархии и этим спас от советской каторги шесть тысяч душ. К августу 1946 года советские граждане и духовенство перестали посещать кафедральный собор, и Китайское Национальное Правительство и городские власти признали архиепископа Иоанна главой Шанхайской епархии Зарубежной Православной Церкви.
С приходом к власти коммунистов, русские в Китае были принуждены вновь бежать, большинство из них — через Филиппинские острова. В 1949 году почти пять тысяч беженцев из Китая находилось в лагере Международной Беженской организации на острове Тубабао в Филиппинах. Жили в палатках при самых примитивных условиях. Владыка и тут был сердцем всего. Тут же были помещены все дети приюта, были и старики, и больные. Жили постоянно под угрозой страшных ураганов, так как этот остров находится на пути сезонных тайфунов, которые дуют через эту часть Тихого океана. Во время двадцатисемимесячного периода жизни русских в лагере остров только раз претерпел тайфун, который переменил курс и обошел остров. Когда русские спрашивали местных филиппинцев об опасности тайфунов, то те отвечали, что нечего беспокоиться, ибо “ваш святой человек каждую ночь обходит весь ваш лагерь и осеняет крестным знамением со всех четырех сторон”. Все знали Владыку, знали его как человека Божиего. Известен был случай, как Владыка в Маниле исцелил больного сына одного очень высокопоставленного человека.
Характерную картину описывает Г. Ларин: “Будучи лидером церковного района, где находилась церковь, жили священники, монахини и Владыка, я иногда сопровождал Владыку в город Гюан, где в филиппинском госпитале находились тяжелобольные русские, которых Владыка навещал, раздавая карманного размера евангелия и небольшие иконы. В одну из таких поездок, войдя в русскую палату, мы услышали доходившие до нас издалека болезненные крики. На вопрос Владыки о причине этих криков, русская сестра милосердия сказала, что это безнадежно больная, которую, как беспокоящую своим криком больных, положили в прилегающий к этому зданию бывший американский военный госпиталь. Владыка немедленно решил пойти к больной, но русская сестра посоветовала не ходить ввиду того, что от нее исходит дурной запах. “Это ничего не значит,” — сказал Владыка и быстрыми шагами пошел к больной. Я последовал за ним. От больной действительно исходил неприятный запах. Подойдя к ней, Владыка положил на голову крест и стал молиться. Я отошел. Долго молился Владыка, затем исповедывал больную и причастил. Когда мы уходили, она уже не кричала, а тихо стонала. Прошло некоторое время. В один из приездов в госпиталь, едва мы въехали на джипе во двор, как из госпиталя выскочила какая-то женщина и бросилась к ногам Владыки. Это была “безнадежно” больная, о которой молился Владыка”.