В скором времени Департамент торговли и мануфактур был сделан одним из ключевых подразделений Министерства финансов. С. Ю. Витте благодаря неограниченному доверию императора Александра III удалось добиться увеличения его штатов с 87 до 152 человек, а числа отделений с 11 до 1626. Целенаправленное и разностороннее руководство промышленным развитием страны требовало должного финансирования. За один 1893 год бюджет департамента был увеличен с 3,6 млн до 5 млн руб. 5 июня 1900 года департамент был реорганизован и стал называться «Учреждения Министерства финансов по части торговли и промышленности». В его составе были образованы четыре отдела: торговли, промышленности, торгового мореплавания и учебный. Их курировал товарищ министра финансов — Владимир Иванович Ковалевский, правая рука С. Ю. Витте во всех делах промышленности и торговли.
B. И. Ковалевский отличался большим талантом организатора, работоспособностью и редким даром убеждения, совершенно необходимым в трудных переговорах с купцами и фабрикантами. Интересный собеседник, он досконально знал промышленность и банковское дело, высказывал любовь к сельскому хозяйству. Он мог кого угодно обворожить медовыми речами, хотя некоторые собеседники чувствовали в нем двоедушие27.
Владимир Иванович пережил бурную молодость. Он привлекался к суду и даже сидел в Петропавловской крепости за то, что пустил к себе переночевать С. Г. Нечаева, когда после убийства студента И. И. Иванова тот бежал из Москвы и скрывался некоторое время в Петербурге.
C. Ю. Витте ценил В. И. Ковалевского едва ли не выше всех своих подчиненных как толкового, высокообразованного, талантливого специалиста и умного человека, хотя иронизировал над его бурными романами с женщинами.
Брак В. И. Ковалевского с Е. Н. Лихутиной завершился разводом. В конце 1890-х годов, будучи уже немолодым человеком, Владимир Иванович сблизился с Е. А. Шабельской — писательницей и хозяйкой небольшого театра в Петербурге. Затем он влюбился в М. И. Благосветлову, которая и стала его женой. Желая отомстить неверному любовнику, Шабельская предъявила к оплате векселя с бланком (обязательством платежа. — С. И.) и подписью В. И. Ковалевского на большую сумму — 150 тыс. руб. В. И. Ковалевский заявил, что векселя подложные (что и выяснилось весной 1903 года в результате экспертизы, проведенной в Департаменте полиции), но, чтобы не доводить дело до суда, согласился заплатить по ним треть суммы. Судебного процесса и громкого скандала избежать не удалось. В. И. Ковалевскому было предложено подать в отставку с поста товарища министра финансов, что он и сделал в ноябре 1902 года. Так министр финансов лишился самого дельного из всех своих сотрудников. С 1906 по 1916 год В. И. Ковалевский был председателем Русского технического общества. Умер он 1 ноября 1934 года в звании заслуженного деятеля науки и техники РСФСР, присвоенном ему в 1928 году в связи с 80-летием со дня рождения.
Чем конкретно занималось подразделение, управляемое В. И. Ковалевским? Об этом могут рассказать его финансовые сметы. Самой крупной расходной статьей департамента в 1893 году были пособия акционерным обществам (1,9 млн руб.), которые составили 39 % от общей суммы его годового бюджета (4,9 млн руб.). К ней примыкало несколько мелких статей того же характера: пособие Обществу добровольного флота (600 тыс. руб.); возвращение владельцам русских паровых судов пошлин, уплаченных за проход судов через Суэцкий канал (205 тыс. руб.); пособие на устройство и содержание склада русских товаров в Бухаресте (10 тыс. руб.); суммы на «воспособление развитию русского каботажа в Приамурском крае» (4 тыс. руб.).
Десять лет спустя подобные расходы, взятые все вместе, несколько уменьшились в относительном измерении, составив 31 % сметы. Пособия акционерным компаниям из бюджета министерства перестали выдаваться вообще, а по смете расходов на «Общие меры по развитию промышленности и торговли» проводились суммы, выданные мореходным предприятиям: упоминавшееся пособие Добровольному флоту, плата за содержание пароходных рейсов и возврат пошлин, взимаемых за прохождение русских паровых судов через Суэцкий канал.