Результат Крестовых походов не сказался непосредственно на торговле империи. Вначале Крестовые походы даже привлекли новых покупателей и в то же время открыли дорогу западным кораблям в сирийские порты, закрытые в течение пяти веков. Константинополь перестал быть центральным рынком между Востоком и Западом. Несмотря на это, благодаря торговле с Севером и Востоком, столица в середине XII в. еще процветала, с ней мог сравниться только Багдад. В конце века упадок стал очевидным: расточительность Мануила I и военные неудачи в конце его правления опустошили казну. Соперничество между итальянскими факториями стало причиной постоянных беспорядков в Константинополе, которые требовали больших расходов на содержание товаров на складах. В столице возрастала враждебность по отношению к латинянам, которая вылилась в избиение «западных» в 1182 г. и сожжение их кварталов. Итальянцы в ответ разорили побережье империи и вскоре вновь появились в заливе Золотой Рог с прежними привилегиями и претензией, особенно венецианцы, контролировать не только экономическую деятельность империи, но и само государство: захват Константинополя латинянами в 1204 г. обозначил новую власть в торговой жизни империи — венецианскую. Никейская империя не располагалась на каком-либо крупном торговом пути, она отказалась от роскоши и, чтобы обеспечить свои собственные нужды, пришла к автаркическому правлению. Трапезундская империя, напротив, расположенная на перекрестке важных торговых путей из Персии и Армении, увеличила объем торговли в связи с ростом монгольской империи и, несмотря на бедность почв, процветала, так как смогла поддерживать достаточно высокие пошлины для караванов и генуэзских кораблей, которые продавали свои товары. Что касается императора Фессалоники, то он зависел от иностранных торговцев, эта позиция сделала его существование кратковременным.
Восстановление империи при Палеологах произошло благодаря генуэзцам: они добились права свободного доступа во все порты, и их фактория в Пере вскоре поглотила всю торговлю Константинополя, даже на Черном море, где они создали фактории в Каффе и Тане. Торговля полностью была сосредоточена в руках иностранцев. Венеция получила такие же привилегии, как и Генуя, но ее фактория была меньше и играла меньшую роль. Торговцы Пизы, Флоренции, Анконы, Нарбонны, Сицилии платили только 2-процентную пошлину на ввозимые или вывозимые товары, каталонцы — 3-процентную. Впрочем, поскольку иностранные торговцы должны были платить в портах Византии, куда они доставляли свои товары, ввозные пошлины, то в основном они предпочитали покупать восточные товары на Босфоре и потом перевозить их на Запад. Все же, кажется, в XIV в. морской греческий путь был еще очень значимым. Отмечают, что в этот период морские фактории в Фессалонике очень активны, но при этом забывают, что именно этот город был столицей. Напротив, известно, что греческие корабли конкурировали с иностранными, так как они не платили ввозные пошлины, а возможно, и пошлины на импорт. Но в этом последнем случае выгоды для них были очень малы, так как итальянские торговцы контролировали все свои порты. Греческий торговый флот стал использоваться в локальных интересах. Маленькие порты, как Месемврия или Монемвасия, имели несколько кораблей для своих нужд, торговцы хлебом покупали корабли, которые продавали в конце сезона. Весь экспорт постепенно перешел в руки иностранцев, и продукты из Фракии, например вино Мальвации, перевозились на итальянских кораблях.
Трапезундская империя практически не занималась морскими перевозками, так как ее порты были слишком плохо защищены от зимних бурь, Эпирский деспотат имел маленький флот.
Несмотря на строгий контроль со стороны византийской таможни, которая проверяла национальную принадлежность кораблей, водоизмещение и грузы кораблей в Пере и Константинополе, несмотря на пошлины и придирки турок в конце XIV в., когда они захватили азиатский берег Босфора, иностранные торговцы плавали в заливе Золотой Рог до 1453 г. и византийское правительство выдавало концессии накануне осады Константинополя новым иностранным факториям.