Высшее образование, распространенное в главных культурных центрах Римской империи, постепенно концентрировалось в Константинополе. Александрия, Афины, Бейрут, Антиохия, Газа, Цезария в Палестине, Нисибин, Сиракузы, Рим, возможно, еще были в IV и V вв. центрами, специализировавшимися в какой-либо отрасли образования. В Александрии — астрология, геометрия и медицина, в Бейруте — право, в Нисибине — медицина, но под влиянием церкви, чья мощь возрастала, к этим светским учреждениям добавились школы теологии, например в Александрии и Нисибине. Изучение античной литературы, изначально предполагавшее изучение поэтов, риторов и историков, которые выбирались в качестве нравственных примеров учителями-христианами, объяснявшими, что поэзия Гомера — это хвала нравственности, в VI в. из-за враждебного отношения церкви и распространения невежества в империи сократилось до простого цитирования классиков и формальной ссылки на их авторитет. Афинская школа была закрыта, школа в Бейруте, разрушенная вследствие землетрясения, не была восстановлена. Усилия, предпринятые Юстинианом для поддержки изучения литературы, медицины и права в Риме после византийского завоевания, как во времена Теодориха, были безуспешны, так как аристократия бросила старую столицу империи, стерев ее с экономической карты, растеряв ее традиции.
В 425 г. в Константинополе усилиями Феодосия II появилась некая разновидность образовательного учреждения, названного Аудиторией, которая включала в себя многочисленные помещения и была расположена на южной стороне Капитолия. В этом государственном учреждении был 31 преподаватель, десять — по греческой грамматике, десять — по латинской, пять — по греческому красноречию, три — по латинскому, два — по праву, один — по философии: они образовывали закрытую корпорацию со своими привилегиями и правилами. Известно, что это образование было полностью христианизировано в V в. и перешло в следующий век, однако неизвестно, при каких условиях. Новая государственная высшая школа была создана в IX в. кесарем Вардой, советником Михаила III (842–867 гг.), который доверил ее управление Льву, прозванному Математиком, выходцу из Фессалоники, получившему образование в Константинополе, потом на острове Андрос, и очень уважаемому за «широту знаний». Также он был профессором в средней школе при монастыре Сорока Мучеников, куда он был назначен самим императором Феофилом (829–842 гг.). Новое учреждение давало общее образование: философию, риторику, арифметику, геометрию, астрономию, музыку; грамматика и латинское красноречие больше не входили в программу обучения в столице. С VII в. греческий язык стал официальным языком империи. Это образование, без сомнения, достаточно скромное, сохранилось в течение всего X в. Оно было заменено новым учебным заведением, созданным Константином IX Мономахом в 1045 г. Оно чем-то напоминало Аудиторий V в. и состояло из двух кафедр: отделение права было расположено в монастыре Святого Георгия в Манганах, другое, возможно по философии, — рядом с площадью Августион. Известна только организация первого: им управлял большой чиновник, называемый номофилаксом, его заработная плата составляла 288 золотых номисм, не считая натуральной части, шелковых одежд и различных подарков; он назначался пожизненно. Обучение в этом учреждении было бесплатным, и правила запрещали студентам давать что-либо номофилаксу, что не мешало им все же делать это. По окончании обучения студенты правового отделения могли стать адвокатами или нотариусами. Другая кафедра давала энциклопедическое образование, которое проявлялось в объяснении греческих античных текстов, по их содержанию ученики задавали вопросы, также они изучали не литературные темы, например землетрясения, дождь, молнии и ураганы. Поставленная проблема открывала дискуссию между профессором и его студентами. Также были распространены письменные работы, которые учитель критиковал и исправлял. Во главе этих отделений стояли знаменитые литераторы: Иоанн Ксифилин, Константин Лихуд, Михаил Пселл, Иоанн Италик, Евстратий из Никеи. Но секция философии была сокращена в XII в. патриархатом после осуждения Иоанна Италика за рационализм. После него Михаил Анхиал возглавил эту секцию до того, как стать патриархом.
С другой стороны, кажется, что патриархальная школа стала более активной, начиная с правления Алексея I. Одной новеллой этого императора (1107 г.) в столице были созданы три новых должности профессоров: Евангелия, апостолов (или актов и посланий) и псалмов. Названия вводят в заблуждение, так как Михаил Италик, профессор Евангелия, в первой половине XII в. преподавал, наряду со священными текстами, математику, то есть арифметику, геометрию, астрономию и музыку, а также механику, оптику, медицину и философию. Каковы же были отношения между этой патриаршей школой и средними школами (при церквях и монастырях) Диаконисы, Святого Петра, Сорока Мучеников, Святого Феодора Сфоракия, Святого Павла и Богоматери в Халкопратеях? Патриарх всегда вмешивался в назначение директора, и студенты часто участвовали в выполнении обязанностей духовенства. Можно предположить, что эти школы готовили будущих слушателей курсов по теологии в Святой Софии.