Научные изыскания по минералогии были еще менее популярны, чем по ботанике; если можно так сказать, их уничтожили оккультные труды — книги, которые появились в последний период существования империи, например «О камнях», описывали прежде всего магические свойства минералов и особенно драгоценных камней.
Химия как предмет теоретического изучения появилась в III в. до н. э. и связана с именем Страбона — философа и ученого, автора ложного четвертого тома «Метеорологии» Аристотеля; он старался объяснить химические процессы (ферментация, коагуляция, гниение, окисление) через соединение или разъединение веществ. Известный в Константинополе с VI в., он сумел своими первыми сочинениями покорить Запад, где они были переведены на Сицилии в XII в. Аристиппом, а в следующем веке Гийомом де Мербеке. В начале XIV в. Феодор Метохит сумел доказать ошибочность приписывания этого произведения Аристотелю. Однако византийцы больше, чем работой Страбона, интересовались практическими аспектами применения химии в металлургии, производстве тканей, медикаментов, стекла и т. д., о чем свидетельствуют многочисленные околонаучные сочинения с элементами оккультизма.
Как и в случае с другими науками, вклад византийцев в медицину состоит в основном в сохранении классического наследия. Однако был достигнут некий прогресс в вопросах санитарии, которые постоянно занимали государство и церковь: открывались госпитали, преподавалась медицина, регламентировались рецептура и хранение лекарств. Оривасий из Пергама — личный врач и друг императора Юлиана — во второй половине IV в. составил медицинский сборник («Synagogai»), тесно связанный с трудами Гиппократа и Галена, включил в него цитаты из работ других древних авторов, которые без него были бы забыты. Этот сборник стал основой для последующих трудов. Аэций из Амиды, официальный врач эпохи Юстиниана, получивший образование в Александрии, стал знаменитым благодаря главе по офтальмологии, которая вошла в его энциклопедию по медицине из 17 томов, основанной на трудах Архигена и Галена (II в.). Его молодой современник — Александр из Тралл — брат математика и архитектора Анфимия, отличался независимостью взглядов, основанных на личном опыте. Его сочинения по патологии и терапии были хорошо известны, как и монографии по глазным болезням, лихорадкам и кишечным паразитам. Последний из четырех известных врачей — Павел Эгинский, который в VII в., плененный арабами, остался в Александрии. Именно своими трактатами о болезнях и их лечении, основанными на работах Галена и Оривасия, он стал признанным мэтром на Западе. Его работы по хирургии и акушерству оказали большое влияние на арабскую медицину. После него были известны Стефан Афинский, Иоанн Александрийский, его ученик, который жил во времена арабского владычества; фригийский монах Мелетий, автор учебника по анатомии; Лев Математик, который, помимо прочего, написал «Краткое пособие по медицине»; Феофан Нонн (X в.) — компилятор сочинений Оривасия, Аэция Амидского, Александра из Тралл и Павла Эгинского; Михаил Пселл — автор справочника по болезням и нескольких юмористических стихов о чесотке, которой он болел; Симеон Сиф, написавший в XI в. словарь о целебных свойствах элементов. Последним выдающимся врачом школы Галена стал Иоанн Актуарий (официальный врач) в XIV в. Его исследования, частично связанные с его личным клиническим опытом, известны благодаря трем крупным сочинениям: первое называется «Метод лечения» и касается диагностики, патологии, терапии и фармакопеи, второе посвящено моче и сыграло главную роль в средневековой урологии, третье занимает важное место в истории легочных заболеваний и психопатологии. Он первый описал трихину, паразита человеческого кишечника, которого смог обнаружить. Как и в астрономии, в период упадка в изучении медицины в Константинополь были привезены многочисленные персидские сочинения, которые были переведены на греческий язык. Медицинской практикой еще длительное время, как в столице, так и в провинции, занимались еврейские врачи. Однако знания древности были распространены в Италии, Испании и Франции, а также на Среднем Востоке. Врач был и дантистом: крупные медики посвящали несколько страниц своих трудов болезням зубов и десен и способу их лечения (удаление, опиливание, мази и другие лекарства). Здоровье животных, предназначенных не для питания человека, а для перевозок, работы на полях, было предметом постоянной заботы как в армии, так и в деревне. Две компиляции X в. — «Иппиатрика» и, более поверхностное, «Геопоника» — содержат знания древних ветеринаров о лечении болезней и питании животных (лошади, собаки, быки, бараны, гуси, свиньи). Фармакология была частью медицины, и византийцы добавили к знаниям, собранным Никандром, Диоскоридом и Галием, сведения о лекарствах, заимствованные у арабов и персов. Авторы рассуждали о них либо в общих учебниках по медицине, либо в книгах о диетах. Таким образом, ссылались на Оривасия и особенно на сочинения Симеона Сифа. Сиф — первый, кто упомянул восточные пряности гвоздику и мускатный орех, а также конопляное семя. Некоторые авторы, например Гиерофил в XII в., описали режим питания по временам года, врачи составляли, наконец, рецепты, по которым они могли самостоятельно готовить лекарства. Наиболее полное собрание лекарственных веществ принадлежало Николаю Мирепсу в XIII в.: из 2656 рецептов, которые оно содержит, примерно 150 заимствовано из Салерны, остальные восточного происхождения. За ним следует Иоанн Актуарий, две книги которого посвящены приготовлению лекарств. Затем в фармакологии, как и в других специальностях, начинает преобладать персидское влияние, кроме того, стараются копировать и компилировать уже известные тексты.