Многочисленные города располагались вдоль Нила и у рукавов его дельты: Сиене (Асуан) — пограничная крепость, расположенная точно над знаменитыми порогами, Омб (Ком), Аполлонос (Идфу), Фивы (Эль-Аксар) — столица Верхней Фиваиды, страны коптов и их монастырей, центр, противостоящий эллинизму, который так никогда и не смог укорениться здесь так же глубоко, как на севере; Копт (Кифт), одновременно крепость и важный центр торговли, здесь начинается дорога к Большому Оазису, Герму (Усмун), Антиное (Ансина), столице Фиваиды Энгисте («самой близкой к Александрии»), Оксиринху (Аль-Бахназа), известному своими архивами, путь оттуда вел в Малый Оазис, Арсинойт (Эль-Файюм), расположенный западнее Нила, на краю плодородного Файюмского оазиса, который орошался ответвлением Нила, создающим здесь озеро Мерис, древний город Мемфис (Менфе), важный коптский центр, Вавилон, который арабы в VII в. сделали своей столицей (Аль-Фустат), Пелузий (Пелузия) — этот порт и крепость находился на пересечении сегодня уже пересохшего восточного рукава Нила и моря; и, наконец, Александрия, второй морской город империи. С севера этот крупный город защищал маленький остров Фарос, длинный прямоугольник на узкой косе, которая отделяет друг от друга два естественных порта и большую лагупу озера Мареотис, служившую внутренним портом для речной торговли благодаря каналам, которые соединяли ее с западным рукавом дельты, с Канопой. Однако Александрия была также труднодостижима и с юга, так как она располагалась между озером и морем. Кроме того, этот порт был связан через Нил, а затем через вади Тумилат и его канал пресной воды с Клисмой, стоящей на Красном море. Хаджи (Святой) — Менас, построенный в V в. на десять километров юго-западнее столицы, на могиле святого, у края пустыни, стал центром достаточно оживленного паломничества, из-за этого город достиг значительных размеров в VII в., и даже в VIII в. в период владычества арабов.
Египет, наследник многовековой культурной традиции, не мог принять принудительного византийского единообразия. Наследственное противодействие коптов, потомков древнего египетского населения; религиозное сопротивление египетских монофизитов против правительственного православия, представленного в Александрии патриархом, быстро ставшим реальным главой провинции, принудительные меры, предпринятые Константинополем, который никогда не мог выбрать между строгой и снисходительной тактикой поведения, против евреев, бывших слишком многочисленными, и против язычества, еще сильного здесь, — вот основные проявления неприязни, которую местное население испытывало по отношению к центральной власти. Эти глубокие чувства были только усилены опасностями, пришедшими извне, и частично связаны с географическим положением провинции, которая не имела естественных границ со своими соседями: блеммии и нобады неоднократно завоевывали Большой Оазис, персы занимали эту территорию больше десяти лет, наконец, арабы обосновались здесь в середине VII в., для того чтобы никогда больше не покидать эту территорию.
Как и на большинстве византийских территорий, в Египте было чрезвычайно смешанное население: к коптам, грекам и многочисленным евреям Нижнего Египта и Александрии нужно добавить арабов (например, в Файюме), индусов, нубийцев, эфиопов, латинян, а также представителей всех тех многочисленных стран, которые имели торговые связи с этой провинцией. Окончание периода византийского влияния не стало для провинции экономическим или культурным кризисом. В Египте, как и в Сирии, большая часть населения постепенно приняла ислам.
Византийская администрация разделила Египет на четыре провинции: с севера на юг — две Фиваиды, к западу от дельты — Аркадия, две Августамникеи и два Эгиптои — к востоку от дельты; в диоцез, который получил свое название в IV в., были включены две Ливии: Нижняя Ливия и Верхняя Ливия.