Из-за многочисленных жалоб в 1296 г. Андроник II основал суд из двенадцати судей, которые избирались из представителей высшего духовенства и светских сановников, которые должны были выносить свое решение единодушно, их приговор подлежал немедленному исполнению даже императором. Хорошо принятый, этот суд исчез, вероятно, во время гражданской войны, в которой Андронику II противостоял его внук Андроник III (1321–1328 гг.). Последний после своей победы, поддерживаемый Иоанном Кантакузином и Алексеем Апокавком, предпринял реорганизацию государственного устройства. Следуя двойному принципу, который использовал его предшественник, он создал новый высший суд над всеми судами, состоящий из неподкупных людей, и предоставил церкви значительное положение в светских судах. В 1329 г. новый суд, состоящий из четырех юрисконсультантов, двух священников и двух мирян, верховных судей ромеев, был сформирован. Будучи разъездными судьями, они могли лишить власти любой суд, а их приговоры не имели права апелляции. По истечении восьми месяцев высшие судьи были изобличены в служебных нарушениях, они без всякого стыда принимали подарки, иногда даже от обеих сторон. Виновные были наказаны ссылкой, но сама судебная система продолжала существовать в том же виде до самого падения империи, меняясь только по практической необходимости: четыре судьи не могли участвовать во всех провинциальных процессах, поэтому приговор одного из них стал считаться достаточным. Потом была учреждена должность местного верховного судьи, подчиненного верховным судьям Константинополя, затем особых верховных судей, как, например, в Фессалонике, в Морее и на Лемносе. Отныне управление правосудием было централизованным, упрощенным и унифицированным, но находилось под надзором и под контролем церкви. Суд высших судей возглавлял епископ, часто участие в процессе принимал и второй епископ, поддерживая, противодействуя или замещая суд. Духовный суд, который находился в юрисдикции патриархата, играл все более и более важную роль. Те же изменения были отмечены и в провинции, где духовные суды обладали значительным влиянием. Официальным итогом этого, так сказать, захвата византийской церковью отправления правосудия стало назначение Мехмедом II в 1453 г. ответственным за гражданское судопроизводство греческого населения Геннадия Схолария, константинопольского патриарха: он был верховным судьей при последнем византийском императоре.
Управление судопроизводством в церкви всегда являлось важной обязанностью и патриархов, и епископов. Затянутое и децентрализованное исполнение судебных обязанностей церковью, вынуждавшее использовать специальный персонал, без четких отличий между судопроизводством государства и собственно церковным правосудием, могло привести только к тому, что церковные судьи обладали колоссальными знаниями в своей сфере. В патриаршем суде хартофилакс возглавлял дисциплинарное отделение и мог налагать на духовенство епитимьи и даже отлучать их от церкви. В гражданском суде он судил споры между священниками, а также участвовал в процессах, которые касались духовенства, особенно когда речь шла о завещаниях и наследстве, а это были самые распространенные дела. Ни один священник не мог благословить брак, не получив свидетельство хартофилакса об отсутствии каких-либо канонических препятствий для союза, уточняет Симеон Фессалоникийский, теолог XV в. Кроме того, хартофилакс исполнял функции значительного юридического советника, и с середины XIII в. ответы на те вопросы, которые ему задавали, становились для судов прецедентами. Епископальное правосудие в лице митрополита было автономным. Начиная с правления Юстиниана оно занималось гражданскими и уголовными делами священников епархии. Это касалось любых случаев, связанных с представителем духовенства или касавшихся дел, связанных с их компетенцией (брак, завещание). Епископским судом проводились и бесплатные заседания, если обе стороны соглашались прибегнуть к его правосудию. Епископский суд мог вмешаться, если с ним советовались, в местное судопроизводство или в императорский суд для того, чтобы предоставить или защитить какое-то дело, которое было ему доверено. В трудных случаях митрополиты советовались с патриархом, который посылал им настоящие рескрипты, становившиеся прецедентом. Таким образом, постепенно духовное судопроизводство, ограниченное по своему принципу духовными судебными делами, распространило свое влияние и на светский суд.