Для армии, находившейся в походе, увеличивалось количество религиозных обрядов. Пение Трисвятого в лагере звучало утром и вечером, солдаты исповедовались перед сражением, а крест и ковчег несли от Константинополя. Речь императора, когда он обращается к войскам, это речь проповедника: «Я уверен, что вы оправдаете те надежды, которые я возложил на вас. Как верные поданные моей власти и граждане и защитники народа ромеев, вы вернетесь победителями, и вы будете встречены нами с радостью и ликованием. И для того чтобы вы знали, как я о вас беспокоюсь и забочусь о вашем спасении, вот то, что я вам посылаю — святая вода, символы любви к нам Христа [следует длинный список реликвий]. Эта вода, когда вас окропят, придаст вам силы при посредничестве Неба, поскольку я верю, что как Христос, Господь наш, обновил человеческое естество кровью и водой, которые истекли из Его раны, так же и окропление святой водой добавить вам силы и отваги в битве с врагом. Пусть Всемогущий Господь обратит свой взор на вас, пусть Он сделает ваш путь легким, пусть Он пошлет своего ангела направлять ваши стопы, защищать вас и сохранить вас здоровыми и невредимыми. Так вы вернетесь победителями, достойными вечной хвалы в следующих поколениях, и наше величие, исполненное радости, будет украшено вашими подвигами. Пусть будет над вами заступничество Богородицы, бестелесных сил и всех святых мучеников. Аминь». Это финал длинной речи, обращенной Константином VII к армии Востока, которая шла выступать против Хамданидов Тарса. Она была прочитана войскам стратигом в 958 г.
Непоправимые военные поражения, нанесенные империи во второй половине XI в., предопределили тот переворот, который произошел в организации обороны, и показали истощение, а значит, и провал системы, которую испытывали в течение по меньшей мере двух веков. Фемы были разделены, титул стратега упразднен, и мало-помалу все вернулось к существовавшему раньше набору иностранных наемников. Но еще долго продолжались попытки избежать опасности и уменьшить бремя, которое означало для государства содержание войсковых соединений, не включенных в регулярную армию. С конца XI в. византийское правительство прибегло, если можно так сказать, к организации новых государственных земель, которые сосуществовали с «военными землями», а затем и заменили их. Эти земли назывались пронии, крупная земельная собственность, на которую были возложены обязательства, связанные с военной службой. Новые пожалования, сделанные крупным собственникам, повлекли за собой обязательство для пользовавшихся ими проходить военную службу, приводя некоторое количество солдат, набранных среди крестьян. Из пожизненных пожалований они впоследствии становятся наследственными, и византийское правительство вплоть до своего падения ведет непрекращающуюся борьбу против прониаров, с тем, чтобы доходы от владений, которые были им доверены за службу, не уменьшались. Эти воинственные аристократы, которые отправлялись на войну по императорскому созыву, безусловно, укрепляли вооруженные силы империи в период Комнинов, но очень быстро показали себя неспособными обеспечить надежную оборону, несмотря на поддержку наемников. Михаил VIII располагал армией примерно в 20 000 человек, из которых 5000 были скованы службой в гарнизонах. Андроник II в начале XIV в., когда прониары откупались от военных обязательств, связанных с их землями, выплатой налогов, набирал новых наемников. Он поместил во Фракии корпус кавказских аланов численностью в 16 000 человек, которые служили до этого ногайским монголам, для того чтобы послать их против турок, которые их обратили в бегство. Затем из-за сербской и турецкой угроз он нанимает каталонский корпус альмугаваров Роже де Флора, который после гибели своего начальника опустошил Грецию. Иоанн VI Кантакузин в середине XIV в. восстановил армию, составленную из прониаров, наемников и войск, предоставленных его турецким союзником султаном de Kotyalion, но вскоре он не мог защитить границы из-за отсутствия денег для набора новых войск. Имперская армия отныне включала в себя только кадровый состав и несколько отрядов. Корпуса охраны, которые еще в XI в. принимали активное участие в битвах, в XIII в. стали парадными войсками, которые обеспечивали поддержание порядка во дворце.
Высшее командование было представлено в этот период великим доместиком, которому помогал великий аднумиаст, генеральный интендант, великим друнгарием стражи, в чьи обязанности входила охрана военных лагерей, протостратором, который управлял армией, коноставлом, который командовал наемниками и великим стратепедархом, ответственным за вооружение и снабжение войск. Все они были знатью, либо верной, либо связанной узами родства с правящей династией.