Осажденный турецкими, норманнскими и печенежскими завоевателями, Алексей I в период своего правления был сильно озабочен проблемой восстановления и сохранения военного аппарата империи. Великий дука, заменивший исчезнувшую должность друнгария флота, встал во главе единого флота, независимого от сухопутной армии, экипажи которого состояли из профессиональных моряков, происходивших с Кикладских островов, прибрежных районов Малой Азии и Греции. Они получали от Константинополя жалованье, а позднее стали оплачиваться из дохода проний, как и сухопутная армия. Престиж Византийской империи как могущественной морской державы снова был признан, впрочем только на небольшой период, поскольку Иоанн II Комнин (первая половина XII в.) решил, по словам хрониста, что «поскольку флот не должен действовать постоянно, то нет и необходимости регулярно выдавать ему суммы на содержание. Только в случаях потребности в нем ему следует выделять деньги из имперской казны». Личный состав был сокращенна византийское побережье оставлено, что повлекло за собой пиратские грабежи. Из-за продвижения армии сицилийских норманнов, которые взяли Корфу, обошли Пелопоннес, опустошили Фивы и Коринф, Мануил I в 1147 г. вынужден был позвать на помощь Венецианскую республику, которой он предоставил торговые привилегии. Но, кроме того, он построил огромный флот, приведя в порядок сохранившиеся корабли, к которым были прибавлены новые боевые единицы. «Покрытые лесами горы, — пишет автор, современник этих событий, — были оголены дровосеками, для того чтобы в морском флоте ромеев были биремы, маленькие и большие корабли, дромоны, транспортные и конвойные суда, а также все виды лодок, необходимых для состава флота». Корфу был отбит у норманнов — слабый результат по сравнению с задействованными силами. Новый императорский флот значительного размера был позднее собран тем же императором, который хотел воспрепятствовать обоснованию норманнов в Восточном Средиземноморье и укрепить там византийские позиции, однако войска, которые вез этот флот, погибли от голода и болезней около Дамиетты, в Египте. У византийского флота больше не было средств для поддержки амбициозных предприятий, отныне он был вынужден довольствоваться защитой морской торговли и охраной побережья от латинских и сарацинских пиратов. Каждая новая созданная фема обладала своим флотом поддержки, зависящим, как и все управление, от дуки, который, в свою очередь, подчинялся императору. Однако во время войны этот флот переходил под командование великого дуки, который во время мира возглавлял только константинопольскую эскадру. Отныне в Средиземноморье началась пора пиратства: византийские правители фем и даже сам император Алексей III Ангел (1195–1203 гг.) занимались пиратством без всякого стыда, так же как и иностранцы, в частности генуэзцы, испанские арабы, позднее венецианцы, которые останавливались только перед Константинополем, тогда защищенном несколькими маленькими судами (1204 гг.). Небольшой византийской империи, восстановленной в Никее, удалось вооружить несколько войсковых частей, особенно на побережье Эгейского моря. Именно они помогли впоследствии Михаилу VIII Палеологу, вернувшемуся в Константинополь, прикрыть малоазийское побережье, в то время как он перевооружал в портах столицы маленький флот с экипажами из гасмулов (дети греческих матерей и латинских отцов), оплачивавшийся из императорской казны. Но в течение долгого времени он оставался зависимым от генуэзских кораблей. Для того чтобы освободиться, император, который должен был защищать Константинополь, построил флот из ста кораблей, но, кроме этого, прибег и к помощи независимых генуэзских и сарацинских пиратов. Ему с трудом удалось добиться победы в битве с латинским флотом Негропонта, около порта Деметриас (1273 г.). Великий дука Ликарий все-таки еще мог тревожить латинские владения Аттики и Пелопоннеса. Это были последние экспедиции последних византийских морских сил, так как флот Михаила VIII был распущен двенадцать лет спустя Андроником II по финансовым причинам: «Триремы остались пустыми в бухте Золотого Рога, — писал хронист Григора, — рассеянные там и здесь, они гнили, трескались и садились на мель в море, кроме нескольких, — число их было мало, — которые продолжали выполнять некоторые задачи и оставались на службе, без сомнения в ожидании лучших дней». Уволенные экипажи поступили на службу к врагам империи, например к латинянам и туркам.