Епископы избирались митрополитами, от которых зависел диоцез, им подавался список из трех имен, составленный по решению коллегии, в которую входило духовенство и знать города. Епископ должен был быть старше тридцати пяти лет, быть женатым не больше чем один раз, и если его жена была еще жива, она должна была уйти в отдаленный монастырь, где и находилась на содержании прелата. Мирянин мог быть избран после подготовки, длившейся три месяца (в IV в.), во время которой он получал указания. В IX в. этот срок был уже равен десяти годам, впрочем, это правило не применяли. Епископ, посвящающий в сан, подтверждал, что новый епископ досконально знает Священное Писание. Можно предположить, что нередко патриарх, император или митрополит пытались навязать своего кандидата. В ранний период епископы были выходцами из духовенства патриарха или митрополита, начиная с VIII в. среди них появляется большое число игуменов (аббатов) монастырей или простых монахов. Вплоть до XIII в. среди епископов можно найти много весьма просвещенных людей: Иоанн Мавропод, епископ Евхаитский, Феофилакт Охридский, который комментировал Гомера, многие другие фигурируют среди лучших ученых византийского мира. Начиная с XIV в., с триумфом исихазма, монахи и набожное невежество захватили епископские престолы, исключив возможность занимать их простым священникам.
Епископ обладал властью над духовенством и некоторым числом монастырей своего диоцеза. Он не мог заниматься светскими делами, но отвечал за финансовое управление церковной собственностью. Он был главным человеком в городе начиная с VII в., но не имел обыкновения жить там, несмотря на императорские приказания, так как епископы предпочитали пребывать в Константинополе, особенно это касается митрополитов, которые, таким образом, принимали участие в управлении церковью и могли получать императорские милости. Епископ нес ответственность за проповедь в своем диоцезе, и ему часто напоминали, что он должен принимать участие в периодических заседаниях провинциальных синодов и уважать указы своего митрополита — явный знак стремления рядовых епископств к автокефалии.
Духовенство делилось на несколько уровней иерархии: чтец должен был быть не моложе двадцати лет, диакон и иподиакон — двадцати пяти, священник — тридцати, диакониса — пятидесяти. Брак священника, который был строго регламентирован в ранние века, постепенно стал обычаем. В конце IX в. допускалось, чтобы священник женился через два года после своего рукоположения. Лев VI запретил эту практику, но женатые священники могли продолжать вести свою супружескую жизнь. Институт диаконис восходит к первым векам христианства. Это посвященные женщины, либо хранящие обет безбрачия, либо вдовы, у которых был только один муж: помощницы священников, они руководили крещением женщин, они обучали оглашенных, надзирали за женской частью храма во время службы. Диаконисы исчезли в XIII в. вместе с процедурой крещения взрослых.