Итогом экономического и административного развития некоторых византийских монастырей стало строительство настоящих монастырских объединений; существующий до сих пор Афон — наиболее известное из них. Объединением первых скитов там управлял прот («первый»), который, при помощи совета, мог быстро и успешно защищать автономию Святой Горы. Со временем скиты вошли в большие монастыри, по мере того как они расширялись, и совет Афона в маленькой столице Каресе, в котором были представители от каждого монастыря, становился все более и более значимым. Он мог созвать на собрания сто двадцать четыре монаха. Он получал ежегодный пенсион, выделявшийся императором, и распределял его между монастырями. Только он мог дать разрешение приобрести или построить что-либо на Афоне, независимо от ранга кандидата. Совет старался мирным путем урегулировать все споры, которых становилось больше с ростом монастырей (в XI в. в Лавре насчитывалось семьсот монахов). Он постоянно занимался защитой независимости Афона от светской администрации и церковной иерархии. В конце концов он пытался, по мере возможности, сохранить дух аскезы, утрачиваемый из-за требований материального управления многолюдными общинами. О других монастырских сообществах, намного менее известных, чем Афон, свидетельствуют письменные документы или сохранившиеся археологические находки. Это монастыри горы Латрос в Малой Азии, всего их двенадцать, сообщество Каппадокии и, наконец, монастыри Метеоры над долиной Пеней, в Фессалии.
Латинская оккупация большей части империи была периодом упадка греческих монастырей, и сократившиеся ресурсы империи, восстановившейся полвека спустя, очень сильно ограничили возможность создания новых императорских монастырей. Начиная с этого периода все значительные монастыри были основаны частными лицами (Св. Феодоры, Бронтохион, в Мистре, Св. Иоанна Предтечи в Меникее, в Македонии), даже если впоследствии греческие императоры и сербские или валашские князья и жаловали им какие-то дары и льготы. Так, в случае с Афоном, где в XIII, XIV и XV вв. появились новые строения (католикон, или главная церковь, Св. Павла, построен монастырь Пантократор, монастырь Дионисия, восстановлен Кутлумуш), были пышно отреставрированы уже существовавшие монастыри (Хиландар, Руссикон). Прот в XIII в. стал значительной личностью, ему уже не требовалась инвеститура ни от митрополита, ни от патриарха. Ситуация поменялась в 1312 г.: Андроник II решил подчинить прота константинопольскому патриарху, как и большинство монастырей империи, автономия которых часто приводила к беспорядку. Но в качестве компенсации прот Афона был поставлен выше, чем самые значительные представители церковной иерархии и получил абсолютную власть над монастырями Святой Горы, кроме Лавры, самой могущественной из них. Это было признание: некоторые патриархи, как это уже было сказано, и большая часть епископов были выходцами из афонских монастырей.
Восстановление иерархии произошло, когда власть игуменов и тех, кто исполнял монастырские службы, ослабла, им в помощь был назначен постоянно действующий совет, с которым они должны были консультироваться по всем вопросам монастырского управления. Именно тогда некоторые монастыри ввели правило «идиоритмия», позволявшее монахам жить в одиночестве, находясь внутри монастыря, не принимая участия в общих делах, кроме литургии и использования трапезной по большим праздникам. Но такой порядок появился только в XVI в. Со стороны же греческие монастыри в течение долгого времени напоминали большие сельскохозяйственные угодья.
Постоянная работа администрации, которая могла принимать иную форму в зависимости от меняющихся обстоятельств бурной жизни, в течение одиннадцати веков управление единого главы, абсолютного монарха, спасало Византийскую империю от анархии: это дает ей значительное преимущество перед другими «государствами» Средневековья. Но сильно ошибается тот, кто считает, что жизнь этого государства была подобна работе огромной машины, состоящей из пяти более или менее взаимозависимых деталей, пяти великих служб, развитие которых мы только что кратко описали (финансы, правосудие, дипломатия, армия и церковь), постоянно вспоминая о воле императора, избранника Божьего. Император, в конце концов, приходил к власти при помощи некой группы, настоящей клиентелы, которая поддерживала его своей политической властью, а если было необходимо, то с помощью военных сил она входила в его двор. Позднее эта группа могла стать для императора преградой, но для него было слишком опасно избавляться от нее. Она была, впрочем, серьезной опорой правителя, так как под ее контролем находились канцелярии, но она могла составлять планы и помимо них, становясь для императора эффективным политическим оружием, давала ему огромную свободу действий (Х.-Г. Бек). Восшествие на престол Василия I (867 г.) — яркая иллюстрация роли клиентелы. Ничем не примечательный бедняк, Василий I родился недалеко от Адрианополя (Эдирне), в византийской Македонии. Он отправился в Константинополь в поисках удачи, надеясь поступить на службу к могущественному человеку. Случай привел его в церковь Св. Диомеда на окраине Константинополя, где он связал себя античным обрядом братания (adelphopoiia) с хранителем (paramonarios), будущим экономом Святой Софии, который нашел его заснувшим на каменной скамье. Он помог Василию войти в свиту некого Феофила, комита стен, благодаря посредничеству своего брата, врача, чиновника высокого ранга, который был очень близок к власти (Михаил III). Затем он был назначен протостратором — главой императорских конюшен, и по долгу службы у Василия появились личные связи с императором, который увез его с миссией на Пелопоннес. Там Василий становится объектом внимания одной богатой вдовы, крупной землевладелицы, которая тем же обрядом adelphopoiia соединяет его со своим сыном и вручает ему значительную сумму денег на реализацию его стремлений. Вернувшись в Константинополь богачом, Василий вкладывает деньги, полученные от своей покровительницы, в покупку земли в родной Македонии. Он входит в клиентелу императора Михаила III, соперничающую с клиентелой его первого покровителя. Вместе с ним в этой клиентеле были личности с безвестными именами, это Имерий, Хейлас, Карсас, которые не входили в придворную иерархию, хотя и числились среди чиновников. Они играли значительную роль в политической жизни благодаря своему слабому хозяину, родственнику их детей и основному арендодателю их земель. Внутри этой группы Василий скоро обзавелся собственными клиентами, среди которых были его брат Мариан, болгарин Петр, Иоанн Халдий, Константин Токсарас и даже зять императора. Благодаря им он отстраняет от власти и убивает всемогущего Варду, дядю императора. Василий коронуется как соправитель (866 г.). Он покидает императорскую клиентелу и становится главой своей собственной группы. Наконец, чтобы избежать судьбы, которую ему приготовил Михаил III, начавший его ненавидеть, он доверил своим друзьям убийство императора во время одного из пиршеств во дворце Святого Маммы. Существование таких клиентел, объединенных со своими покровителями более или менее прочной связью, точно засвидетельствовано в начале IX в. или раньше. Иногда, как в Константинополе, так и в провинции, они принимают вид семейного клана. Они создаются и разрушаются в интересах их участников, часто они играют определяющую роль в восшествии императоров на престол или в их свержении и в том, как действует правительство. Набираемые в основном не из служащих, подобные связи позволяют неизвестным восходить по ступеням социальной лестницы. Такое повышение в принципе открыто для любого гражданина империи: император Василий I (867–886 гг.) — самый яркий пример этого.